Testy amplifikacji kwasów nukleinowych (NAAT) do diagnozowania infekcji chlamydią gardła i odbytu oraz rzeżączką

W drugiej połowie lat 90-tych badania w kierunku infekcji Chlamydia trachomatis i Neisseria gonorrhoeae zostały zrewolucjonizowane przez wprowadzenie testów amplifikacji kwasu nukleinowego (NAAT), które osiągają większą czułość niż tradycyjne metody hodowlane dzięki wykładniczej replikacji kwasu nukleinowego tych organizmów. Próbki pobrane do NAAT są łatwiejsze w transporcie, a NAAT umożliwiają pobranie mniej inwazyjnych próbek do badań (tj. moczu lub wymazów z pochwy pobranych przez pacjentki w przypadku kobiet zamiast wymazów z cewki moczowej lub kanału szyjki macicy). Pomimo nieco wyższych kosztów, testy te okazały się preferowane przez pacjentów (ponieważ próbki można pobierać mniej inwazyjnie), przez klinicystów (zarówno ze względu na łatwość pobierania, jak i zwiększoną czułość) oraz umożliwiają rozszerzone badania przesiewowe zarówno w tradycyjnych badaniach klinicznych ustawieniach i w miejscach o zasięgu, w których zwykle nie przeprowadzano testów w przeszłości.

Testy NAAT zostały dopuszczone przez FDA do badania próbek narządów płciowych (wymazy z szyjki macicy i cewki moczowej u mężczyzn oraz mocz), ale skuteczność testów NAAT nie została odpowiednio oceniona w diagnostyce zakażeń C. trachomatis i N. gonorrhoeae występujących w miejscach narządów płciowych z odbytu lub gardła narażenie. Rosnąca liczba osób heteroseksualnych może angażować się w aktywność seksualną ustno-płciową lub odbytniczą, zwłaszcza nastolatków i młodych dorosłych, którzy mogą postrzegać takie ekspozycje jako mniej ryzykowne w odniesieniu do ciąży i chorób przenoszonych drogą płciową (STD) niż stosunek prącia z pochwą. Ekspozycja gardła i odbytu, często bez użycia prezerwatyw, jest stosunkowo powszechna wśród MSM. Niedawna demonstracja odradzających się chorób przenoszonych drogą płciową i niebezpiecznych praktyk seksualnych wśród mężczyzn uprawiających seks z mężczyznami (MSM), w tym zakażonych ludzkim wirusem niedoboru odporności (HIV), stanowi szczególnie silny imperatyw zdrowia publicznego dla potrzeba starannej oceny NAAT z próbkami gardła i odbytnicy.

Głównym celem tego badania jest porównanie wydajności trzech NAAT, które są dostępne w handlu do testowania próbek z gardła i odbytu w kierunku infekcji C. trachomatis i N. gonorrhoeae z kulturą, obecnie wybraną metodą i między sobą. Aby zarejestrować odpowiednią liczbę osób z takimi infekcjami, badanie będzie prowadzone przez okres 3 lat w klinice STD i dwóch klinikach zajmujących się HIV w Birmingham, AL. Rejestracja będzie ograniczona do osób, które są w grupie wysokiego ryzyka zakażenia C. trachomatis narządów płciowych lub N. gonorrhoeae lub które podają historię kontaktów seksualnych ustno-płciowych lub odbytniczych. Zostaną podjęte wysiłki, aby zrównoważyć rejestrację osób heteroseksualnych i MSM, ale ograniczenia zasobów wymagają, aby wielkość próby była oparta na połączeniu tych podgrup.

Nie istnieje odpowiedni standard kryteriów dla infekcji gardła lub odbytnicy ze względu na prawdopodobną, ale słabo zdefiniowaną, niską czułość obecnego standardu hodowli. Na szczęście 3 NAAT wykorzystują różne cele molekularne C. trachomatis i N. gonorrhoeae oraz metody amplifikacji kwasu nukleinowego. Włączając do badania wszystkie 3 testy NAAT plus hodowlę, można wykorzystać kombinację wyników hodowli i testu NAAT lub dwóch testów NAAT, aby wykorzystać prawdopodobną niezależność błędów testowych wśród prawdziwie niezainfekowanych osobników w celu skonstruowania bardziej zadowalających standardów kryterialnych dla zakażenia w celu oszacowania i porównania ich wrażliwości i specyficzności. Drugorzędnym celem badania będzie porównanie tego podejścia metodologicznego, wykorzystującego tradycyjne statystyczne i kliniczne podejście epidemiologiczne, z alternatywnymi metodami, które były szerzej stosowane, ale mocno krytykowane przez statystyków i epidemiologów klinicznych, oraz z nowszymi metodami zaprojektowanymi w celu sprostania tej krytyce i być bardziej efektywne niż tradycyjne metody statystyczne.