ClinSeq: badanie pilotażowe badań klinicznych na dużą skalę w zakresie sekwencjonowania medycznego

• KRYTERIA PRZYJĘCIA:

grupa A

Rekrutacja i zapisy do Grupy A zakończone. W przeważającej części te same kryteria włączenia i wyłączenia oraz uzasadnienia dotyczyły kohort A1, A2 i A3, ale odnotowano wyjątki dla niektórych kryteriów. Ogólnie kryteria te obejmowały:

-Kryterium 1 (A1): 25% uczestników tej kohorty ma rozpoznaną chorobę wieńcową (CAD), którą definiuje się jako: zawał mięśnia sercowego, niemy zawał mięśnia sercowego, umieszczenie stentu, rewaskularyzację, 50% lub więcej blokada tętnicy, wapń

uzyskać wynik wyższy niż 95 centyl w oparciu o wiek, płeć i rasę (korzystając z kalkulatora MESA na stronie www.mesa-nhlbi.org/Calcium), lub silny wywiad rodzinny w kierunku CAD wraz z osobistą historią fenotypu biochemicznego potencjalnie związanego z CAD, takiego jak podwyższone

lipoproteina (a) (Lp(a)).

• Uzasadnienie: Ponieważ początkowo badanym fenotypem docelowym była CAD, niezwykle ważne było uwzględnienie minimalnej liczby uczestników z udokumentowaną chorobą.

  • Kryterium nr 2 (A1 i A2): Osoby kwalifikujące się do tego badania muszą być niepalące w momencie rejestracji, dla naszych celów zdefiniowane jako osoba, która nie paliła regularnie w ciągu ostatnich 12 miesięcy (Wilson i in., 1998 ).

• Uzasadnienie: Ponieważ nasze badanie pierwotnie miało na celu identyfikację genetycznych podstaw CAD, wykluczyliśmy osoby palące, ponieważ jest to istotny, znany czynnik ryzyka CAD.

  -Kryterium nr 3 (A1 i A2): Osoby bez CAD muszą mieć 45-65 lat, a osoby z CAD muszą mieć 35-65 lat.

• Uzasadnienie: Wybraliśmy nasz przedział wiekowy na podstawie przejawów naszego docelowego fenotypu. Wybraliśmy dolną granicę tego odcięcia, aby rekrutować kohortę, której pomiary zwapnienia tętnic wieńcowych (CAC) wahają się od prawidłowych do chorych, i wykazano, że nieprawidłowe CAC jest rzadkie poniżej tego wieku (Janowitz, Agatston, Kaplan i Viamonte , 1993). Dolna granica przedziału wiekowego

został rozszerzony w przypadku uczestników CAD, aby umożliwić włączenie osób ze szczególnie ciężką osobistą lub rodzinną historią chorób sercowo-naczyniowych. Wybrano górną granicę wieku 65 lat, aby umożliwić badanie podłużne uczestników.

-Kryterium #4 (A3): Osoby muszą być w wieku 18-65 lat.

• Uzasadnienie: Podobnie jak w przypadku kohorty A1 i A2, wybrano górną granicę wieku 65 lat, aby umożliwić badanie podłużne uczestników. Jednak w przeciwieństwie do kohort A1 i A2 wybrano niższą granicę wieku wynoszącą 18 lat, ponieważ nie jesteśmy już głównie zainteresowani fenotypem choroby sercowo-naczyniowej.

  -Kryterium nr 5 (wszystkie kohorty): Badani muszą mieszkać w obszarach metropolitalnych DC i Baltimore lub regularnie podróżować do CRC w celu obserwacji lub być gotowi podróżować do NIH w razie potrzeby w celu uczestnictwa w protokole na własny koszt (z wyjątkiem niektórych uczestników z CAD, którzy mieli bardzo przekonującą osobistą lub rodzinną historię chorób i zgodziliśmy się pokryć koszty ich transportu, posiłków i zakwaterowania w przypadku wizyt klinicznych, ponieważ nie mogliby oni w inny sposób uczestniczyć).

• Uzasadnienie: Kryterium to ma na celu zminimalizowanie niechęci badanych do udziału w bieżących czynnościach badawczych, takich jak badania pomocnicze i powrót w celu otrzymania wyników badań genetycznych.

  -Kryterium nr 6: Krewni pierwszego stopnia zarejestrowanych uczestników ClinSeq nie kwalifikują się, chyba że należą do grupy B.

• Uzasadnienie: Osoby te dzielą średnio 50% swoich genów w loci autosomalnych, co prawdopodobnie zmniejsza moc badania, takiego jak ClinSeq, z naciskiem na powszechne choroby.

  • Kryterium nr 7: Osoby, które są bezpośrednio zaangażowane w gromadzenie i analizowanie danych klinicznych i genotypowania, w tym główny badacz, pomocniczy badacz, personel ClinSeq zajmujący się pacjentami na poziomie klinicznym (taki jak pielęgniarka, doradca genetyczny itp.) .), a personel NISC zaangażowany w generowanie i analizowanie danych sekwencji nie kwalifikuje się.

• Uzasadnienie: Udział tych osób może stanowić konflikt interesów (COI) i prowadzić do zdarzeń niepożądanych (AE).

  -Kryterium nr 9: Osoby, które zostały już włączone do innego badania, które zapewnia sekwencjonowanie genomu lub egzomu, takiego jak badanie GENE-FORECAST (14-HG_0048), nie kwalifikują się.

• Uzasadnienie: Podane przez nas wyniki nie będą już potrzebne uczestnikowi. Ponadto wyniki nie będą już dla uczestnika nowością, co czyni je niekwalifikującymi się do wszystkich badań społecznych i behawioralnych, których celem jest zrozumienie wpływu zwrotu wyników. Ponieważ poważnie ogranicza to ich udział w projekcie, proponujemy wykluczenie tych uczestników.

  -Kryterium 11: Dorośli, którzy nie mogą lub mogą stać się niezdolni do wyrażenia zgody, są wykluczeni z tego badania.

• Uzasadnienie: Ponieważ badanie ma na celu poznanie sposobu podejmowania decyzji o wyrażeniu zgody, ich postaw i wykorzystania wyników testów osobistych, osoby te są wykluczone z projektu.

Następujący uczestnicy kwalifikują się do projektów związanych z celami 1A-C i 2:

• Cel 1A: Uczestnicy kwalifikujący się do tego projektu muszą mieć ukończone 18 lat i w ciągu ostatnich sześciu miesięcy otrzymać wynik genetyczny, który można uzasadnić medycznie.

  --Uzasadnienie: wywiady i ankiety można przeprowadzać tylko z osobami, które uzyskały wynik, ponieważ interesują nas ich doświadczenia.

• Cel 1B: Rekrutacja i gromadzenie danych są zakończone. Kryteria kwalifikacyjne obejmowały: (1) wyrażenie zgody na projekt ClinSeq w latach 2012-2018, (2) ukończenie badania podstawowego oraz (3) ukończone 18 lat.

• Cel 1C: Rekrutacja i gromadzenie danych są zakończone. Kwalifikacja do włączenia do tego projektu opierała się na: (1) posiadaniu negatywnego raportu z wtórnego wyniku dostępnego z analizy danych sekwencji egzomu oraz (2) wyrażeniu zgody na udział w randomizowanym badaniu kontrolnym zwrotu wyników.

  • Uzasadnienie: Do badania włączono tylko uczestników z negatywnymi wynikami wtórnymi, ponieważ projekt początkowo koncentruje się wyłącznie na zwrocie tych wyników.

Cel 2: Rekrutacja i gromadzenie danych są zakończone. Uczestnicy kwalifikujący się do tej grupy mieli wariant zainteresowania zidentyfikowany w genie / genach związanych z cukrzycą lub innymi chorobami metabolicznymi związanymi z metabolizmem glukozy.

--Uzasadnienie: Jesteśmy zainteresowani zrozumieniem, czy określone warianty genetyczne mają konsekwencje fenotypowe, dlatego posiadanie wariantu jest wymagane do włączenia danych podmiotu do naszego zbioru danych.

Grupa B

Rekrutacja i zapisy do Grupy B zostają zamknięte. Kwalifikacja do grupy B różniła się od grupy A. Wymagane uprawnienia do grupy B:

-Kryterium nr 1: Posiadanie krewnego zapisanego do grupy A

--Uzasadnienie: Za włączeniem krewnych do grupy B badania przemawiały dwa powody. Po pierwsze, chcieliśmy zainicjować standardowe podejście do opieki nad znanymi jednostkami chorobowymi. Na przykład klinicznie wskazane jest przeprowadzenie badań rodzinnych krewnych osób z rodzinną hipercholesterolemią w celu zidentyfikowania osób o wysokim ryzyku wystąpienia tego zagrażającego życiu zaburzenia. Drugim było to, że możemy

czasami potrzebne były dodatkowe dane genetyczne dotyczące rodzin, aby pomóc nam ustalić, czy wariant genetyczny jest powiązany z fenotypem choroby (zarówno w przypadkach, gdy mieliśmy pewne dowody na związek między wariantem a chorobą, a więc podejrzewano, że wariant powoduje chorobę, oraz w przypadkach gdzie mieliśmy niewiele dowodów na istnienie takiego związku lub nie mieliśmy ich wcale, więc wariant może powodować chorobę).

-Kryterium nr 2: wiek powyżej 18 lat, chyba że badany fenotyp dotyczy dzieci

--Uzasadnienie: Wykluczyliśmy dzieci, chyba że choroba wywołuje objawy w dzieciństwie, ponieważ obawiamy się, że takie badania genetyczne mogą stanowić zagrożenie dla tych dzieci bez znanych korzyści.

KRYTERIA WYŁĄCZENIA:

Brak wykluczenia, ponieważ rekrutacja i rejestracja są zamknięte.