与基因型相关的性染色体异常的内分泌、代谢、心血管和免疫学方面 (EMKISCA)
性染色体的内分泌、代谢、心血管和免疫学方面
对 160 名性染色体异常患者和 160 名匹配对照的观察性研究。 血液、脂肪、肌肉、皮肤、口腔交换、尿液将被收集并分析 DNA、RNA 和甲基化模式。 目标是将基因型和表观遗传变化与性染色体异常患者的表型相关联。
患者参与问卷调查、骨骼 dexa 扫描、肝脏纤维化扫描、睾丸超声和血液，将分析器官特异性血液工作以及免疫学和凝血成分。
研究概览
详细说明
背景：最普遍的 SCA 是 Klinefelter 综合征（KS；47，XXY）、47，XXX、47，XYY 和特纳综合征（TS；45，X），患病率为每 100,000 名活产婴儿 85-250、84、98 和 50 人男孩/女孩，分别。 大多数 SCA 可能患有一系列疾病，包括先天性畸形、代谢疾病、高促性腺激素性腺功能减退症和不孕症、自身免疫性疾病和精神疾病。 然而，导致这些表型的遗传机制在很大程度上是无法解释的。 这些表型被认为是由 DNA 甲基化和 RNA 表达的改变引起的。 与对照组相比，已发现 KS、47、XXX 和 TS 患者外周血样本中的甲基化组和转录组发生了变化。 现在开始发现这些基因。 SHOX，位于X和Y染色体的假常染色体区域，逃避X-失活，因此相当于性染色体的数量。 SCA 中 SHOX 表达的改变与这些患者的身高改变有关。
假设：
- 与核型正常女性和男性相比，SCA 的甲基化组和转录组发生了改变，并且可以看到不同 SCA 亚组的独特甲基化谱和 RNA 表达谱。
- 甲基化谱和 RNA 表达谱显示时间变化。
- DNA 甲基化谱和 RNA 表达谱是组织特异性的。
3. SCA 患者的表型和疾病风险增加与 RNA 表达和 DNA 甲基化谱的改变有关。
材料：血液、脂肪、肌肉、皮肤、口腔交换区、尿液，将从 60 名克兰费尔特、60 名特纳综合征患者、20:47、XXX 和 20:47、XYY 和 80 名男性和女性匹配对照中收集。
方法：
使用全基因组亚硫酸氢盐测序 (WGBS) 分析 DNA 甲基化。 基因组 DNA 将在 Illumina Novaseq 系统上进行亚硫酸氢盐转化和测序。 软件管道 MethylStar 的序列数据预处理器。 使用R进行分析。
基因表达分析 (RNA) RNA 将被清洗和测序，序列深度为 3000 万个读数。 使用 FastQC（质量控制）、HISAT2（作图）和 featureCounts（基因表达）处理序列数据。 将在 R 中分析基因表达的差异。
提取的活组织检查将被解离为单个细胞来自这些单个细胞的RNA将被单独测序。 对于 miRNA 分析，我们将分离小的非编码 RNA 并通过下一代测序对其进行分析。 染色质重塑可以通过组蛋白在 DNA 链上留下的“足迹”进行分析。 使用染色质免疫沉淀 (CHIP) 结合医学深度测序 (chIPseq) 的单一测定，沿着整个 X 染色体绘制足迹图。
基因型-表型关联分析与加权相关网络分析 (WGCNA) 我们将揭示基因行为的模式，并将它们划分为基因相互依赖的模块。 这些模块之后将与临床数据相关联，从而能够识别与表型关联最强的“中枢”基因。
这些基因模块和基因表达数据本身，可以进一步包含在使用人工智能的“深度表型分析”中。但可能会导致对没有 SCA 的患者的类似疾病有更深入的了解。 使用 SCA 作为疾病模型并识别与代谢综合征、先天性心脏病或精神疾病等合并症相关的 DNA 甲基化和 RNA 表达的变化，可以增加对这些疾病的总体了解，并可能改善其他患者群体的治疗类似的疾病。
此外，数据收集将扩大我们的生物样本库，并将支持未来关于 SCA 的研究项目。
研究类型
注册 (估计的)
联系人和位置
学习联系方式
- 姓名：Lukas O Ridder, MD
- 电话号码：+45 25337447
- 邮箱：Lukrid@clin.au.dk
学习地点
-
-
Region Midt
-
Aarhus、Region Midt、丹麦、8000
- 招聘中
- Aarhus University Hospital
-
接触：
- Lukas O Ridder, MD
- 电话号码：0045 25337447
- 邮箱：Lukrid@clin.au.dk
-
接触：
- Claus Gravholt, Prof.
- 邮箱：claus.gravholt@clin.au.dk
-
-
参与标准
资格标准
适合学习的年龄
接受健康志愿者
取样方法
研究人群
描述
纳入标准：
- 参与者必须有性染色体异常
排除标准：
-
学习计划
研究是如何设计的？
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
|---|---|
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克氏综合征
患者 47，XXY n=60
|
将获得活组织检查。
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特纳综合征
患者 45，X n=60
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将获得活组织检查。
|
|
47、XXX
患者 47，XXX n=20
|
将获得活组织检查。
|
|
47、XYY
患者 47，XYY n=20
|
将获得活组织检查。
|
|
男性控制
男性对照 n=80
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将获得活组织检查。
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|
女性对照
女性对照 n=80
|
将获得活组织检查。
|
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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表观遗传变化与表型有关
大体时间：2.5 年
|
表观遗传变化与表型有关
|
2.5 年
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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特纳综合征的免疫学变化
大体时间：2年
|
特纳综合征患者的免疫特性可能发生了改变
|
2年
|
合作者和调查者
调查人员
- 研究主任：Claus Gravholt, Prof、Aarhus University Hospital
出版物和有用的链接
一般刊物
- de Vos WM, Tilg H, Van Hul M, Cani PD. Gut microbiome and health: mechanistic insights. Gut. 2022 May;71(5):1020-1032. doi: 10.1136/gutjnl-2021-326789. Epub 2022 Feb 1.
- Roulot D, Degott C, Chazouilleres O, Oberti F, Cales P, Carbonell N, Benferhat S, Bresson-Hadni S, Valla D. Vascular involvement of the liver in Turner's syndrome. Hepatology. 2004 Jan;39(1):239-47. doi: 10.1002/hep.20026.
- Gravholt CH, Chang S, Wallentin M, Fedder J, Moore P, Skakkebaek A. Klinefelter Syndrome: Integrating Genetics, Neuropsychology, and Endocrinology. Endocr Rev. 2018 Aug 1;39(4):389-423. doi: 10.1210/er.2017-00212.
- Berglund A, Viuff MH, Skakkebaek A, Chang S, Stochholm K, Gravholt CH. Changes in the cohort composition of turner syndrome and severe non-diagnosis of Klinefelter, 47,XXX and 47,XYY syndrome: a nationwide cohort study. Orphanet J Rare Dis. 2019 Jan 14;14(1):16. doi: 10.1186/s13023-018-0976-2.
- Gravholt CH, Juul S, Naeraa RW, Hansen J. Prenatal and postnatal prevalence of Turner's syndrome: a registry study. BMJ. 1996 Jan 6;312(7022):16-21. doi: 10.1136/bmj.312.7022.16.
- Elsheikh M, Hodgson HJ, Wass JA, Conway GS. Hormone replacement therapy may improve hepatic function in women with Turner's syndrome. Clin Endocrinol (Oxf). 2001 Aug;55(2):227-31. doi: 10.1046/j.1365-2265.2001.01321.x.
- Gravholt CH, Poulsen HE, Ott P, Christiansen JS, Vilstrup H. Quantitative liver functions in Turner syndrome with and without hormone replacement therapy. Eur J Endocrinol. 2007 Jun;156(6):679-86. doi: 10.1530/EJE-07-0070.
- Ahmed S, Spence JD. Sex differences in the intestinal microbiome: interactions with risk factors for atherosclerosis and cardiovascular disease. Biol Sex Differ. 2021 May 17;12(1):35. doi: 10.1186/s13293-021-00378-z.
- Org E, Mehrabian M, Parks BW, Shipkova P, Liu X, Drake TA, Lusis AJ. Sex differences and hormonal effects on gut microbiota composition in mice. Gut Microbes. 2016 Jul 3;7(4):313-322. doi: 10.1080/19490976.2016.1203502. Epub 2016 Jun 29.
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (估计的)
研究完成 (估计的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
与本研究相关的术语
其他相关的 MeSH 术语
其他研究编号
- EMKI SCA
计划个人参与者数据 (IPD)
计划共享个人参与者数据 (IPD)？
药物和器械信息、研究文件
研究美国 FDA 监管的药品
研究美国 FDA 监管的设备产品
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