重症急性呼吸系统疾病患者病原体快速分子检测的临床影响：一项务实试验 (CIRT-RMT-SARI)

社区获得性肺炎是急诊科 (ED) 就诊的最常见原因之一，可由病毒和细菌病原体引起。 清楚地了解可能的病原体对于快速采取适当的抗病毒或抗生素治疗至关重要。 由于病毒性和细菌性病原体的临床症状难以区分，病毒性呼吸道感染患者通常被低估，而更有可能使用不必要的抗菌药物。 CAP 的主要细菌原因已有详细描述，其中肺炎链球菌是所有年龄段中最重要的病原体。 最近的研究和我们之前的工作表明，20% 至 30% 的 CAP 与病毒相关的 CAP 有关。 因此，准确、及时地确定与 CAP 相关的传染原的实验室检测非常重要。 有多种测试可用于检测病毒性呼吸道病原体。 快速抗原检测可用于甲型和乙型流感以及呼吸道合胞病毒 (RSV)，但这些检测的敏感性和特异性较低。

使用聚合酶链反应 (PCR) 方法检测传染源 RNA 或 DNA 的分子诊断测试提高了检测临床样本中病毒和细菌病原体的能力，但技术上具有挑战性且耗时。 灵敏的即时护理 (POC) 分子检测方法的出现使得呼吸道病毒感染的快速诊断成为可能。 FDA 已开发并批准了一种 POC 系统，可实现实时 PCR 过程自动化，并将样品制备、扩增、检测和分析集成到一个完整的过程中。 初步研究表明，这种 POC 多重 PCR 系统可以识别出先前低估的 ED 呼吸困难患者的病毒或非典型感染。 尽管可以获得高度准确的病毒检测结果，但停止降级抗生素仍然引起担忧，因为涉及细菌和病毒病原体的多种微生物感染在老年人中很常见。 因此，能够指导精准抗生素处方的CAP理想病原体诊断工具应包括以下三个特征：第一，包括CAP常见的病毒和细菌病原体；第二，包括细菌病原体的常见耐药基因；以及最后，操作简单、周转时间短、精度高。

最近开发了这种诊断工具。 BIOFIRE® FILMARRAY® 肺炎面板可检测 18 种细菌（11 种革兰氏阴性细菌、4 种革兰氏阳性细菌和 3 种非典型细菌）、7 种抗生素耐药性标记物以及 9 种引起肺炎和其他下呼吸道感染的病毒。 目标细菌包括醋酸钙-鲍曼不动杆菌复合体、阴沟肠杆菌、大肠杆菌、流感嗜血杆菌、产气克雷伯菌、产酸克雷伯菌、肺炎克雷伯菌群、卡他莫拉菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌、粘质沙雷氏菌、金黄色葡萄球菌、链球菌乳杆菌、肺炎链球菌, 化脓性链球菌。 七种抗生素基因包括 ESBL (CTX-M)、碳青霉烯酶 (KPC、NDM、Oxa48-like、VIM、IMP、甲氧西林耐药性 (mecA/mecC 和 MREJ)。 非典型病原体包括嗜肺军团菌、肺炎支原体和肺炎衣原体。 这些病毒包括甲型流感、乙型流感、腺病毒、冠状病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、人类鼻病毒/肠道病毒、人类偏肺病毒，甚至中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）。 Filmarray系统是美国FDA的系统，将样品制备、核酸提取纯化、扩增、检测和分析集成到一个简单的系统中，只需2分钟的上手时间，总运行时间约为1小时。 目前，支气管肺泡 (BAL) 样样本的总体敏感性和特异性分别为 96.2% 和 98.3%，痰样本的敏感性和特异性分别为 96.3% 和 97.2%。

在本研究中，我们的目的是评估对肺炎病原体进行 POC 分子检测并结合降钙素原检测对因严重急性呼吸道疾病而到急诊室就诊的老年患者的影响。 我们将在两个城市医疗中心的急诊室进行前瞻性队列研究。 将通过以平行方式比较实验队列与随机选择的对照组来评估临床影响。 除了POC分子检测外，我们还会对这些患者进行降钙素原检测。 通过高度灵敏的 POC 分子检测，定植病原体的检测可能会大大增加。 PCT 是降钙素的前体，由甲状腺 C 细胞和肺 K 细胞组成型分泌。 在健康个体中，PCT 通常检测不到（低于 0.01 ng/mL）。 当受到内毒素刺激时，全身实质组织迅速产生PCT。 与 C 反应蛋白不同，PCT 对无菌炎症或病毒感染没有反应。 多项随机对照试验表明，降钙素原水平低于 0.25 µg/L 可以指导决定停用抗生素或提前停止治疗。 此外，降钙素原水平低于 0.1 µg/L 可能表明存在定植。 我们假设新的诊断方法将更好地指导抗生素治疗并最终改善患者的治疗结果。