Impacto clínico de las pruebas moleculares rápidas para patógenos en pacientes con enfermedades respiratorias agudas graves: un ensayo pragmático (CIRT-RMT-SARI)

La neumonía adquirida en la comunidad se encuentra entre los motivos más comunes de visitas al departamento de emergencias (SU) y puede ser causada por patógenos tanto virales como bacterianos. Una comprensión clara de los patógenos probables es esencial para la rápida institución de una terapia antiviral o antibiótica adecuada. Debido a los síntomas clínicos indistinguibles entre patógenos virales y bacterianos, los pacientes con infección respiratoria viral suelen ser infravalorados, mientras que es más probable que se administren agentes antibacterianos innecesarios. Las principales causas bacterianas de NAC están bien descritas, siendo Streptococcus pneumoniae el patógeno más importante en todos los grupos de edad. Estudios recientes y nuestro trabajo anterior demostraron que la NAC asociada a virus puede ser responsable del 20 al 30 % de la NAC. Por lo tanto, son importantes las pruebas de laboratorio que proporcionen una determinación precisa y oportuna de los agentes infecciosos asociados con la NAC. Se encuentra disponible una amplia gama de pruebas para detectar agentes respiratorios virales. Hay pruebas rápidas de antígenos disponibles para la influenza A y B y el virus sincitial respiratorio (VRS), pero estas pruebas tienen baja sensibilidad y especificidad.

Las pruebas de diagnóstico molecular que utilizan el método de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar ARN o ADN de agentes infecciosos han mejorado la capacidad de detectar patógenos virales y bacterianos en muestras clínicas, pero son técnicamente desafiantes y requieren mucho tiempo. La llegada de métodos sensibles de detección molecular en el punto de atención (POC) ha hecho posible el diagnóstico rápido de infecciones por virus respiratorios. La FDA ha desarrollado y aprobado un sistema POC que automatiza el proceso de PCR en tiempo real e integra la preparación, amplificación, detección y análisis de muestras en un proceso completo. Los estudios iniciales demostraron que dichos sistemas de PCR múltiple POC identificaban infecciones virales o atípicas previamente subestimadas en pacientes con disnea en el servicio de urgencias. A pesar de la disponibilidad de resultados de pruebas virales altamente precisos, la interrupción de la reducción de los antibióticos aún genera preocupación porque las infecciones polimicrobianas que involucran patógenos bacterianos y virales son comunes en los adultos mayores. Por lo tanto, una herramienta de diagnóstico de patógenos ideal para la NAC que pueda guiar la prescripción precisa de antibióticos debería incluir las tres características siguientes: en primer lugar, incluir una amplia gama de patógenos virales y bacterianos comunes para la NAC, en segundo lugar, incluir genes comunes de resistencia a los medicamentos para patógenos bacterianos, y Por último, operación sencilla con tiempo de respuesta rápido y alta precisión.

Esta herramienta de diagnóstico se ha desarrollado recientemente. El panel de neumonía BIOFIRE® FILMARRAY® además de pruebas para 18 bacterias (11 gramnegativas, 4 grampositivas y 3 atípicas), 7 marcadores de resistencia a antibióticos y 9 virus que causan neumonía y otras infecciones del tracto respiratorio inferior. Las bacterias objetivo incluyeron el complejo Acinetobacter calcoaceticus-baumannii, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, grupo Klebsiella pneumoniae, Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Estreptococo neumonía , Streptococcus pyogenes. Siete genes de antibióticos incluyen BLEE (CTX-M), carbapenemasas (KPC, NDM, tipo Oxa48, VIM, IMP, resistencia a la meticilina (mecA/mecC y MREJ). Los patógenos atípicos incluyen Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae y Chlamydia pneumoniae. El virus incluía influenza A, influenza B, adenovirus, coronavirus, virus parainfluenza, virus sincitial respiratorio, rinovirus/enterovirus humano, metapneumovirus humano e incluso coronavirus del síndrome respiratorio de Oriente Medio (MERS-CoV). El sistema Filmarray es un sistema de la FDA de EE. UU. que integra la preparación de muestras, la extracción y purificación de ácidos nucleicos, la amplificación, la detección y el análisis en un sistema simple que requiere solo 2 minutos de tiempo práctico, con un tiempo total de ejecución de aproximadamente una hora. Actualmente, la sensibilidad y especificidad generales para muestras de tipo broncoalveolar (BAL) son del 96,2% y 98,3%, respectivamente, y para las muestras de esputo una sensibilidad y especificidad del 96,3% y 97,2%, respectivamente.

En este estudio, nuestro objetivo es evaluar el impacto de la implementación de pruebas moleculares POC para patógenos de neumonía junto con pruebas de procalcitonina en pacientes de edad avanzada que acuden al servicio de urgencias con enfermedad respiratoria aguda grave. Realizaremos un estudio de cohorte prospectivo en los servicios de urgencias de dos centros médicos urbanos. El impacto clínico se evaluará mediante la comparación entre la cohorte experimental con una cohorte de control seleccionada al azar de forma paralela. Además de la prueba molecular POC, también probaremos la procalcitonina en estos pacientes. Con una prueba molecular POC altamente sensible, es probable que la detección de patógenos colonizados aumente considerablemente. La PCT es un precursor de la calcitonina que es secretada constitutivamente por las células C de la glándula tiroides y las células K del pulmón. En individuos sanos, la PCT normalmente es indetectable (por debajo de 0,01 ng/ml). Cuando es estimulada por una endotoxina, la PCT se produce rápidamente en el tejido parenquimatoso de todo el cuerpo. A diferencia de la proteína C reactiva, la PCT no responde a la inflamación estéril ni a la infección viral. Múltiples ensayos controlados aleatorios han demostrado que los niveles de procalcitonina inferiores a 0,25 µg/l pueden guiar la decisión de suspender los antibióticos o suspender el tratamiento tempranamente. Además, niveles de procalcitonina inferiores a 0,1 µg/l pueden indicar colonización. Presumimos que el nuevo enfoque de diagnóstico guiaría mejor el tratamiento con antibióticos y, en última instancia, mejoraría el resultado del paciente.