Клиническое влияние быстрого молекулярного тестирования на патогены у пациентов с тяжелыми острыми респираторными заболеваниями: прагматическое исследование (CIRT-RMT-SARI)

Внебольничная пневмония является одной из наиболее частых причин обращения в отделения неотложной помощи и может быть вызвана как вирусными, так и бактериальными возбудителями. Четкое понимание вероятных возбудителей имеет важное значение для быстрого назначения адекватной противовирусной или антибиотикотерапии. Из-за неразличимости клинических симптомов вирусных и бактериальных возбудителей состояние пациентов с вирусными респираторными инфекциями обычно недооценивается, тогда как с большей вероятностью назначают ненужные антибактериальные препараты. Основные бактериальные причины ВП хорошо описаны, при этом Streptococcus pneumoniae является наиболее важным возбудителем во всех возрастных группах. Недавние исследования и наша предыдущая работа показали, что вирусная ВП может быть причиной от 20 до 30% ВП. Поэтому важны лабораторные исследования, обеспечивающие точное и своевременное определение инфекционных агентов, ассоциированных с ВП. Для обнаружения респираторных вирусных агентов доступен широкий спектр тестов. Доступны быстрые тесты на антигены для гриппа А и В и респираторно-синцитиального вируса (РСВ), но эти тесты имеют низкую чувствительность и специфичность.

Молекулярные диагностические тесты с использованием метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) для обнаружения РНК или ДНК инфекционных агентов улучшили возможности обнаружения как вирусных, так и бактериальных возбудителей в клинических образцах, но являются технически сложными и трудоемкими. Появление чувствительных методов молекулярного обнаружения в местах оказания медицинской помощи (POC) сделало возможной быструю диагностику респираторных вирусных инфекций. Система POC, которая автоматизирует процесс ПЦР в реальном времени и объединяет подготовку проб, амплификацию, обнаружение и анализ в один полный процесс, была разработана и одобрена FDA. Первоначальные исследования показали, что такие системы мультиплексной ПЦР POC выявляют ранее недооцененные вирусные или атипичные инфекции у пациентов с одышкой в ​​отделении неотложной помощи. Несмотря на наличие высокоточных результатов тестирования на вирусы, прекращение деэскалации антибиотиков по-прежнему вызывает обеспокоенность, поскольку полимикробные инфекции, связанные с бактериальными и вирусными патогенами, часто встречаются у пожилых людей. Таким образом, идеальный инструмент диагностики патогенов ВП, который может определять точное назначение антибиотиков, должен включать следующие три функции: во-первых, включение широкого спектра как распространенных вирусных, так и бактериальных возбудителей ВП, во-вторых, включение общих генов лекарственной устойчивости бактериальных патогенов и наконец, простота эксплуатации, быстрота выполнения работ и высокая точность.

Такой диагностический инструмент был недавно разработан. Панель BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel плюс тесты на 18 бактерий (11 грамположительных, 4 грамположительных и 3 атипичных), 7 маркеров устойчивости к антибиотикам и 9 вирусов, вызывающих пневмонию и другие инфекции нижних дыхательных путей. Целевые бактерии включали комплекс Acinetobacter Calcoaceticus-baumannii, Enterobacter Cloacae, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, группу Klebsiella pneumoniae, Moraxella cataralis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Str. eptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae , Пиогенный стрептококк. Семь генов антибиотиков включают ESBL (CTX-M), карбапенемазы (KPC, NDM, Oxa48-подобные, VIM, IMP, устойчивость к метициллину (mecA/mecC и MREJ). К атипичным возбудителям относятся Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae и Chlamydia pneumoniae. Вирус включал грипп А, грипп B, аденовирус, коронавирус, вирус парагриппа, респираторно-синцитиальный вирус, риновирус/энтеровирус человека, метапневмовирус человека и даже коронавирус ближневосточного респираторного синдрома (MERS-CoV). Система Filmarray — это система FDA США, которая объединяет подготовку проб, экстракцию и очистку нуклеиновых кислот, амплификацию, обнаружение и анализ в одну простую систему, требующую всего 2 минут практического времени, с общим временем работы около одного часа. В настоящее время общая чувствительность и специфичность для бронхоальвеолярных (БАЛ)-подобных образцов составляет 96,2% и 98,3% соответственно, а для образцов мокроты чувствительность и специфичность 96,3% и 97,2% соответственно.

В этом исследовании мы стремимся оценить влияние внедрения молекулярного тестирования POC на возбудителей пневмонии в сочетании с тестами на прокальцитонин у пожилых пациентов, поступающих в отделения неотложной помощи с тяжелым острым респираторным заболеванием. Мы проведем проспективное когортное исследование в отделениях неотложной помощи двух городских медицинских центров. Клиническое воздействие будет оцениваться путем параллельного сравнения экспериментальной когорты со случайно выбранной контрольной когортой. В дополнение к молекулярному тесту POC мы также будем проверять на этих пациентах прокальцитонин. Благодаря высокочувствительному молекулярному тесту POC вероятность обнаружения колонизированных патогенов значительно увеличится. ПКТ является предшественником кальцитонина, который конститутивно секретируется С-клетками щитовидной железы и К-клетками легких. У здоровых людей ПКТ обычно не обнаруживается (ниже 0,01 нг/мл). При стимуляции эндотоксином ПКТ быстро вырабатывается паренхиматозной тканью по всему телу. В отличие от С-реактивного белка ПКТ не реагирует на стерильное воспаление или вирусную инфекцию. Многочисленные рандомизированные контролируемые исследования показали, что уровень прокальцитонина ниже 0,25 мкг/л может служить основанием для принятия решения о прекращении приема антибиотиков или досрочном прекращении терапии. Кроме того, уровень прокальцитонина ниже 0,1 мкг/л может указывать на колонизацию. Мы предполагаем, что новый диагностический подход позволит лучше направлять лечение антибиотиками и в конечном итоге улучшить результаты лечения пациентов.