A kórokozók gyors molekuláris tesztelésének klinikai hatása súlyos akut légúti betegségben szenvedő betegeknél: gyakorlati vizsgálat (CIRT-RMT-SARI)

A közösségben szerzett tüdőgyulladás a sürgősségi osztályon (ED) történő látogatások egyik leggyakoribb oka, és vírusos és bakteriális kórokozók is okozhatják. A lehetséges kórokozók világos ismerete elengedhetetlen a megfelelő vírusellenes vagy antibiotikus terápia gyors megkezdéséhez. A vírusos és bakteriális kórokozók között megkülönböztethetetlen klinikai tünetek miatt a vírusos légúti fertőzésben szenvedő betegeket általában alulértékelik, míg a szükségtelen antibakteriális szereket nagyobb valószínűséggel alkalmazzák. A CAP fő bakteriális okai jól leírtak, a Streptococcus pneumoniae a legfontosabb kórokozó minden korcsoportban. A legújabb tanulmányok és korábbi munkáink kimutatták, hogy a vírussal összefüggő CAP a CAP 20-30%-áért felelős. Ezért fontosak a laboratóriumi vizsgálatok, amelyek a CAP-hoz kapcsolódó fertőző ágensek pontos és időben történő meghatározását biztosítják. A vírusos légúti ágensek kimutatására tesztek széles skálája áll rendelkezésre. Gyors antigéntesztek állnak rendelkezésre az A és B influenza, valamint a légúti syncytia vírus (RSV) esetében, de ezek a tesztek alacsony érzékenységgel és specificitással rendelkeznek.

A polimeráz láncreakció (PCR) módszerrel végzett molekuláris diagnosztikai tesztek a fertőző ágensek RNS-ének vagy DNS-ének kimutatására javították a vírusos és bakteriális kórokozók klinikai mintákban történő kimutatásának képességét, de technikailag kihívást jelentenek és időigényesek. Az érzékeny pont-of-care (POC) molekuláris kimutatási módszerek megjelenése lehetővé tette a légúti vírusfertőzések gyors diagnosztizálását. Az FDA kifejlesztett és jóváhagyott egy POC-rendszert, amely automatizálja a valós idejű PCR-folyamatot, és egyetlen teljes folyamatba integrálja a minta-előkészítést, -amplifikációt, -detektálást és -elemzést. A kezdeti vizsgálatok kimutatták, hogy az ilyen POC multiplex PCR-rendszerek korábban alulértékelt vírusos vagy atipikus fertőzéseket azonosítottak ED-dyspniás betegekben. Annak ellenére, hogy rendkívül pontos vírusvizsgálati eredmények állnak rendelkezésre, az antibiotikumok deeszkalációjának abbahagyása továbbra is aggodalomra ad okot, mivel a bakteriális és vírusos kórokozókkal járó polimikrobiális fertőzések gyakoriak az idősebb felnőtteknél. A CAP számára ideális kórokozó-diagnosztikai eszköznek, amely az antibiotikumok pontos felírását segíti elő, ezért a következő három jellemzővel kell rendelkeznie: először, beleértve a CAP általános vírusos és bakteriális kórokozóinak széles skáláját, másodszor, beleértve a bakteriális kórokozók közös gyógyszerrezisztencia-génjeit, és végül, egyszerű kezelés gyors átfutási idővel és nagy pontossággal.

Egy ilyen diagnosztikai eszközt nemrégiben fejlesztettek ki. A BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia Panel plusz 18 baktériumot (11 Gram negatív, 4 Gram pozitív és 3 atípusos), 7 antibiotikum rezisztencia markert és 9 vírust tesztel, amelyek tüdőgyulladást és egyéb alsó légúti fertőzéseket okoznak. A célbaktériumok a következők voltak: Acinetobacter calcoaceticus-baumannii komplex, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae csoport, Moraxella catarrhalis, Proteus spp ptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae , Streptococcus pyogenes. Hét antibiotikum-gén közé tartozik az ESBL (CTX-M), a karbapenemázok (KPC, NDM, Oxa48-szerű, VIM, IMP, meticillinrezisztencia (mecA/mecC és MREJ). Az atipikus kórokozók közé tartozik a Legionella pneumophila, a Mycoplasma pneumoniae és a Chlamydia pneumoniae. A vírus közé tartozott az influenza A, az influenza B, az adenovírus, a koronavírus, a parainfluenza vírus, a légúti Syncytial vírus, a humán rhinovírus/enterovírus, a humán metapneumovírus és még a közel-keleti légzőszervi szindróma koronavírusa (MERS-CoV) is. A Filmarray rendszer az Egyesült Államok FDA-rendszere, amely a minta-előkészítést, a nukleinsav-kivonást és -tisztítást, az amplifikációt, a kimutatást és az elemzést egyetlen egyszerű rendszerbe integrálja, amely mindössze 2 perc gyakorlati időt igényel, és a teljes futási idő körülbelül egy óra. Jelenleg a bronchoalveoláris (BAL)-szerű minták összesített érzékenysége és specificitása 96,2%, illetve 98,3%, a köpetminták szenzitivitása és specificitása 96,3%, illetve 97,2%.

Ebben a tanulmányban arra törekszünk, hogy felmérjük a POC molekuláris tesztelésének hatását a tüdőgyulladás kórokozóira a prokalcitonin tesztekkel együtt olyan idős betegeknél, akik súlyos akut légúti betegségben jelentkeznek az ED-ben. Prospektív kohorsz vizsgálatot fogunk végezni két városi egészségügyi központ ED-én. A klinikai hatás értékelése a kísérleti kohorsz és a véletlenszerűen kiválasztott kontroll kohorsz összehasonlításával párhuzamosan történik. A POC molekuláris teszt mellett a prokalcitonint is teszteljük ezeken a betegeken. Egy nagyon érzékeny POC molekuláris teszttel valószínűleg nagymértékben megnő a kolonizált kórokozók kimutatása. A PCT a kalcitonin prekurzora, amelyet konstitutívan a pajzsmirigy C-sejtjei és a tüdő K-sejtjei választanak ki. Egészséges egyénekben a PCT általában nem mutatható ki (0,01 ng/ml alatt). Amikor az endotoxin stimulálja, a PCT gyorsan termelődik a test parenchymás szöveteiben. A C-reaktív fehérjével ellentétben a PCT nem reagál steril gyulladásra vagy vírusfertőzésre. Több randomizált, kontrollos vizsgálat kimutatta, hogy a 0,25 µg/l alatti prokalcitonin szint vezethet az antibiotikumok felfüggesztésére vagy a kezelés korai leállítására vonatkozó döntésre. Ezenkívül a 0,1 µg/l alatti prokalcitoninszint kolonizációra utalhat. Feltételezzük, hogy az új diagnosztikai megközelítés jobban irányítja az antibiotikum-kezelést, és végső soron javítja a beteg kimenetelét.