Impact clinique des tests moléculaires rapides pour les agents pathogènes chez les patients atteints de maladies respiratoires aiguës sévères : un essai pragmatique (CIRT-RMT-SARI)

La pneumonie communautaire fait partie des motifs les plus courants de visites aux urgences et peut être causée par des agents pathogènes viraux et bactériens. Une compréhension claire des agents pathogènes probables est essentielle pour la mise en place rapide d’un traitement antiviral ou antibiotique adéquat. En raison des symptômes cliniques impossibles à distinguer entre les agents pathogènes viraux et bactériens, les patients atteints d'une infection respiratoire virale sont généralement sous-évalués alors que des agents antibactériens inutiles sont plus susceptibles d'être administrés. Les principales causes bactériennes de la PAC sont bien décrites, Streptococcus pneumoniae étant l'agent pathogène le plus important dans tous les groupes d'âge. Des études récentes et nos travaux antérieurs ont montré que la PAC associée aux virus peut être responsable de 20 à 30 % de la PAC. Par conséquent, les tests de laboratoire permettant une détermination précise et rapide des agents infectieux associés au PAC sont importants. Un large éventail de tests est disponible pour détecter les agents respiratoires viraux. Des tests antigéniques rapides sont disponibles pour la grippe A et B et le virus respiratoire syncytial (VRS), mais ces tests ont une faible sensibilité et spécificité.

Les tests de diagnostic moléculaire utilisant la méthode de réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour détecter l'ARN ou l'ADN des agents infectieux ont amélioré la capacité de détecter les agents pathogènes viraux et bactériens dans les échantillons cliniques, mais sont techniquement difficiles et prennent du temps. L’avènement des méthodes de détection moléculaire sensibles au point de service (POC) a rendu possible un diagnostic rapide des infections virales respiratoires. Un système POC qui automatise le processus PCR en temps réel et intègre la préparation, l'amplification, la détection et l'analyse des échantillons en un seul processus complet a été développé et approuvé par la FDA. Les premières études ont démontré que de tels systèmes de PCR multiplex POC identifiaient des infections virales ou atypiques précédemment sous-évaluées chez les patients dyspnéiques ED. Malgré la disponibilité de résultats de tests viraux très précis, l’arrêt de la désescalade des antibiotiques suscite toujours des inquiétudes car les infections polymicrobiennes impliquant des agents pathogènes bactériens et viraux sont courantes chez les personnes âgées. Un outil idéal de diagnostic des agents pathogènes pour la PAC, capable de guider la prescription précise d'antibiotiques, devrait donc inclure les trois caractéristiques suivantes : premièrement, inclure un large éventail d'agents pathogènes viraux et bactériens courants pour la PAC, deuxièmement, inclure les gènes courants de résistance aux médicaments pour les agents pathogènes bactériens, et enfin, une opération facile avec un délai d’exécution rapide et une grande précision.

Un tel outil de diagnostic a été récemment développé. Le panel de pneumonie BIOFIRE® FILMARRAY® ainsi que des tests pour 18 bactéries (11 Gram négatif, 4 Gram positif et 3 atypiques), 7 marqueurs de résistance aux antibiotiques et 9 virus qui provoquent la pneumonie et d'autres infections des voies respiratoires inférieures. Les bactéries cibles comprenaient le complexe Acinetobacter calcoaceticus-baumannii, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, le groupe Klebsiella pneumoniae, Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, s agalactiae, Streptococcus pneumoniae , Streptococcus pyogenes. Sept gènes d'antibiotiques comprennent les BLSE (CTX-M), les carbapénémases (KPC, NDM, Oxa48-like, VIM, IMP, la résistance à la méthicilline (mecA/mecC et MREJ). Les agents pathogènes atypiques comprennent Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae et Chlamydia pneumoniae. Le virus comprenait la grippe A, la grippe B, l’adénovirus, le coronavirus, le virus parainfluenza, le virus respiratoire syncytial, le rhinovirus/entérovirus humain, le métapneumovirus humain et même le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV). Le système Filmarray est un système de la FDA américaine qui intègre la préparation des échantillons, l'extraction et la purification des acides nucléiques, l'amplification, la détection et l'analyse dans un système simple qui ne nécessite que 2 minutes de travail pratique, avec une durée totale d'exécution d'environ une heure. Actuellement, la sensibilité et la spécificité globales pour les échantillons de type broncho-alvéolaire (BAL) sont de 96,2 % et 98,3 %, respectivement, et pour les échantillons d'expectorations, une sensibilité et la spécificité de 96,3 % et 97,2 %, respectivement.

Dans cette étude, nous visons à évaluer l'impact de la mise en œuvre de tests moléculaires POC pour les agents pathogènes de la pneumonie en conjonction avec des tests de procalcitonine sur les patients âgés se présentant à l'urgence avec une maladie respiratoire aiguë sévère. Nous mènerons une étude de cohorte prospective dans les services d'urgence de deux centres médicaux urbains. L'impact clinique sera évalué par la comparaison entre la cohorte expérimentale avec une cohorte témoin sélectionnée au hasard de manière parallèle. En plus du test moléculaire POC, nous testerons également la procalcitonine sur ces patients. Avec un test moléculaire POC très sensible, il est probable que la détection d’agents pathogènes colonisés augmentera considérablement. La PCT est un précurseur de la calcitonine qui est sécrétée de manière constitutive par les cellules C de la glande thyroïde et les cellules K du poumon. Chez les individus en bonne santé, la PCT est normalement indétectable (inférieure à 0,01 ng/mL). Lorsqu'elle est stimulée par une endotoxine, la PCT est rapidement produite par le tissu parenchymateux dans tout le corps. Contrairement à la protéine C-réactive, la PCT ne répond pas à une inflammation stérile ou à une infection virale. Plusieurs essais contrôlés randomisés ont démontré que des taux de procalcitonine inférieurs à 0,25 µg/L peuvent guider la décision de suspendre le traitement antibiotique ou d'arrêter le traitement prématurément. De plus, des taux de procalcitonine inférieurs à 0,1 µg/L peuvent indiquer une colonisation. Nous émettons l'hypothèse que la nouvelle approche diagnostique guiderait mieux le traitement antibiotique et améliorerait finalement les résultats pour le patient.