Vývoj horizontálního klasifikátoru integrace dat pro neinvazivní včasnou diagnostiku karcinomu prsu (RENOVATE)
Toto je translační nezisková studie. Náš návrh se zaměřuje na vytvoření neinvazivního klasifikátoru horizontální integrace dat (HDI) pro včasnou diagnostiku rakoviny prsu s konečným cílem vyhnout se ve většině případů zbytečným biopsiím podezřelých případů, se kterými se setkáme během radiologického screeningu.
Ženy s radiologicky identifikovanými lézemi, BIRADS-3/4/5, menšími než 2 cm podle radiologického posouzení (tj. radiologické T1), budou zařazeny a vyzvány k darování vzorků periferní krve (35 ml) a vzorků moči (50 ml). Budou shromažďovány radiologické snímky i demografická a anatomickopatologická data.
Cílem tohoto projektu je vyvinout HDI klasifikátor umožňující časnou neinvazivní diagnostiku karcinomu prsu s podobnou přesností jako u biopsií prsu. Takový klasifikátor bude vyvinut na základě korelace mezi molekulárním profilem periferní krve (ctDNA, proteiny, exozomy) a moči (ctDNA) odebrané v T0 (výchozí hodnota, před diagnostickou biopsií) a bioptickou diagnózou. Hodnocení profilu periferní krve (ctDNA, proteiny, exozomy) a moči (ctDNA) ve dvou časových bodech pro diagnostikované karcinomy prsu pT1 (T0: výchozí stav, před biopsií; T1: po diagnóze karcinomu prsu pT1) nám umožní rozlišovat mezi nádorově a hostitelsky specifickými molekulárními změnami v souvislosti s přítomností/nepřítomností rakoviny prsu.
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Detailní popis
Východiska: Včasná diagnostika invazivního karcinomu prsu v současnosti spočívá na kombinovaném použití mamografie a ultrazvuku. Tyto přístupy jsou stále suboptimální, pokud jde o přesnost, a v případě radiologického podezření jsou nutné potvrzovací biopsie nebo testy z paměti. V poslední době se studie neinvazivních biomarkerů u rakoviny těší obrovskému zájmu, podporovanému pokrokem technologií a potenciálem pro včasnou detekci malignit. Žádná studie se však dosud nepokusila aplikovat simultánní hodnocení biologicky odlišných analytů a algoritmů charakterizujících data (radiomické přístupy) ke zvýšení přesnosti časné diagnostiky karcinomu prsu.
Hypotéza: K překonání současných omezení časné diagnostiky karcinomu prsu musí být kombinováno více biologických analytů se zdokonalením radiomických algoritmů. Celkovým cílem projektu je vyvinout klasifikátor horizontální datové integrace (HDI) umožňující včasnou neinvazivní diagnostiku invazivního karcinomu prsu s vysokou přesností.
Cíle: Cíl 1: Otestovat výkonnost pro diagnostiku malých invazivních karcinomů prsu a) ultrasenzitivního sekvenování nové generace na cirkulující nádorové DNA (ctDNA); b) proteomické čipy na bázi aptameru na plazmatických proteinech; c) algoritmy radiomikového strojového učení. Cíl 2: Vyvinout HDI klasifikátor založený na výše uvedených metodách s cílem snížit potřebu invazivních výkonů v časné diagnostice karcinomu prsu. Cíl 3: Zlepšit výkon klasifikátoru HDI integrací dalších potenciálně transformativních metod neinvazivní diagnostiky.
Experimentální design: Vzorky periferní krve a moči budou odebírány prospektivní kohortě 750 pacientek s radiologicky podezřelými malými lézemi prsu, které podstupují diagnostickou biopsii na Senologické diagnostické jednotce nemocnice San Martino. Ultrasenzitivní sekvenování nové generace (NGS) na plazmové ctDNA bude provedeno pomocí vlastního panelu s tagovanými amplikony, který jsme navrhli na kohortě 3 269 sekvenovaných případů rakoviny prsu z iniciativy GENIE. Ve spolupráci s Dana Farber Cancer Institute, Boston, budeme také používat nový protokol nazvaný bezbuněčná imunoprecipitace methylované DNA a vysoce výkonné sekvenování (cfMeDIP-seq) pro methylomovou analýzu malých množství ctDNA z plazmy a moči. Potenciální plazmatické proteiny související s rakovinou budou analyzovány pomocí SomaScan aptamer-base protein arrays ve spolupráci s Sidra Medical Center, Dauhá, Katar. Radiomic klasifikátor vyvinutý týmem Senology v průzkumné podskupině studie ASTOUND, sponzorované Univerzitou v Janově, bude trénován a testován na stejné kohortě. Posouzeny budou i další neinvazivní diagnostické metody. Na základě výsledků ctDNA, proteomiky a radiomiky bude pomocí pokročilých metod strojového učení generován klasifikátor HDI. Náš klasifikátor HDI bude nakonec podle potřeby integrován s dalšími prediktory a ověřen na naší kohortě.
Očekávané výsledky: 1. Posouzení výkonnosti nejmodernějších neinvazivních metodologií v kontextu časné diagnostiky karcinomu prsu. 2. Vývoj neinvazivního klasifikátoru HDI pro časnou rakovinu prsu. 3. Nové biologické poznatky o malých karcinomech prsu.
Vliv na rakovinu: 1. Zvýšení přesnosti časné diagnózy prsu oproti současným metodám. 2. Snížení potřeby opakování a invazivních testů při diagnostice rakoviny prsu. 3. Dlouhodobý vliv na úmrtnost na rakovinu prsu.
Typ studie
Zápis (Aktuální)
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Studijní místa
-
-
-
Genova, Itálie, 16132
- Ospedale Policlinico San Martino
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Pohlaví způsobilá ke studiu
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Písemný informovaný souhlas
- Léze prsu detekované digitální bilaterální mamografií
- Vhodné pro diagnostickou biopsii (tru-cut nebo VABB) podle běžné klinické praxe
- Schopnost a ochota splnit požadavky protokolu
Kritéria vyloučení:
- Předchozí anamnéza rakoviny, jakéhokoli typu
- Klinické nebo radiologické podezření na pokročilý nebo metastatický karcinom v době screeningu
- Známá anamnéza aktivních nebo léčených autoimunitních nebo manifestních chronických nebo sezónních a aktivních alergických poruch
- Závažné trauma nebo chirurgický zákrok v anamnéze během 24 týdnů před screeningem
- Anamnéza aktivního infekčního onemocnění, buď chronického nebo akutního, ale vyskytujícího se během 8 týdnů před screeningem
- Anamnéza známých akutních nebo chronických onemocnění srdce, ledvin nebo jater nebo akutních srdečních příhod
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: Diagnostický
- Přidělení: Nerandomizované
- Intervenční model: Sekvenční přiřazení
- Maskování: Žádné (otevřený štítek)
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / Arm |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Experimentální: Skupina rakoviny prsu fáze T1
Ženy s radiologicky identifikovanými lézemi, BIRADS-3/4/5, menšími než 2 cm podle radiologického hodnocení (tj. radiologickým T1), budou zařazeny a vyzvány k darování vzorků periferní krve a moči na začátku studie. Budou shromažďovány radiologické snímky i demografická a anatomickopatologická data. Pokud je biopticky potvrzen T1 karcinom prsu, pacientky podstoupí druhý odběr periferní krve a moči po primární operaci karcinomu prsu. |
odběr vzorků periferní krve a moči
odběr vzorků periferní krve a moči
|
|
Aktivní komparátor: Skupina benigních lézí prsu
Ženy s radiologicky identifikovanými lézemi, BIRADS-3/4/5, menšími než 2 cm podle radiologického hodnocení (tj. radiologickým T1), budou zařazeny a vyzvány k darování vzorků periferní krve a moči na začátku studie. Budou shromažďovány radiologické snímky i demografická a anatomickopatologická data. Pokud se biopticky potvrdí benigní léze, nebudou odebrány žádné další vzorky. |
odběr vzorků periferní krve a moči
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Vývoj HDI klasifikátoru umožňujícího včasnou neinvazivní diagnostiku karcinomu prsu s podobnou přesností jako u biopsií prsu
Časové okno: 5 let
|
Přesnost klasifikátoru horizontální integrace dat (HDI) při správné klasifikaci rakoviny prsu pT1 z benigních lézí (tj. neinvazivního adenokarcinomu prsu) vykazujících podobné radiologické znaky (tj. maximální průměr léze menší nebo rovný 2 cm).
Klasifikátor HDI je definován jako variabilní směs vlastností z různých radiomických analýz na základních mamografech a molekulárních analýz na periferní krvi (ctDNA metylace pomocí cfMeDIPSeq, proteiny využívající platformu SomaScan® Somalogic, miRNA sekvenování z exozomů) a moči (ctDNA metylace pomocí cfMeDIPSeq ) odebrané v T0 (výchozí hodnota, před diagnostickou biopsií).
Tento výsledek bude porovnán s přesností diagnostické biopsie na stejné kohortě pacientů.
|
5 let
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Přesnost klasifikátoru HDI
Časové okno: 5 let
|
Přesnost klasifikátoru HDI při zohlednění a po odstranění proměnných specifických pro hostitele posouzením stejných proměnných po operaci.
|
5 let
|
|
Analytická a klinická validita klasifikátoru HDI
Časové okno: 5 let
|
Analytická a klinická validita náhradních, levnějších metod pro měření stejných proměnných zahrnutých v HDI klasifikátoru (např. methylačně specifické PCR testy, ELISA eseje pro vybrané proteiny, kvantitativní real-time PCR pro miRNA).
|
5 let
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Gabriele Zoppoli, MD, PhD, Ospedale Policlinico San Martino
Publikace a užitečné odkazy
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Očekávaný)
Dokončení studie (Očekávaný)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- 4452
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .