Horisontaalisen tietojen integrointiluokituksen kehittäminen rintasyövän ei-invasiivista varhaista diagnosointia varten (RENOVATE)
Tämä on translatiivinen voittoa tavoittelematon tutkimus. Ehdotuksemme tavoitteena on luoda ei-invasiivinen Horizontal Data Integration (HDI) -luokittelu rintasyövän varhaiseen diagnosointiin, ja lopullisena tavoitteena on välttää useimmissa tapauksissa turhat biopsiat radiologisen seulonnan aikana havaituista epäillyistä tapauksista.
Naiset, joilla on radiologisesti tunnistettu leesiot, BIRADS-3/4/5, jotka ovat radiologisen arvioinnin mukaan alle 2 cm (eli radiologinen T1), otetaan mukaan ja kutsutaan luovuttamaan ääreisverinäytteitä (35 ml) ja virtsanäytteitä (50 ml). Radiologisia kuvia sekä demografisia ja anatomopatologisia tietoja kerätään.
Tämän projektin tavoitteena on kehittää HDI-luokitin, joka mahdollistaa rintasyövän varhaisen noninvasiivisen diagnoosin rintabiopsiaa vastaavalla tarkkuudella. Tällainen luokitin kehitetään perifeerisen veren (ctDNA, proteiinit, eksosomit) ja virtsan (ctDNA) molekyyliprofiilin korrelaation perusteella, joka on kerätty T0:ssa (perustaso, ennen diagnostista biopsiaa) ja bioptisen diagnoosin välillä. Ääreisveren (ctDNA, proteiinit, eksosomit) ja virtsan (ctDNA) profiilin arviointi kahdessa vaiheessa diagnosoiduissa pT1-rintasyövissä (T0: lähtötaso, ennen biopsiaa; T1: pT1-rintasyövän diagnoosin jälkeen) antaa meille mahdollisuuden erottaa kasvain- ja isäntäspesifiset molekyylimuutokset rintasyövän esiintymisen/puuttumisen yhteydessä.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Tausta: Tällä hetkellä invasiivisen rintasyövän varhainen diagnoosi perustuu mammografian ja ultraäänen yhteiskäyttöön. Nämä lähestymistavat ovat edelleen epäoptimaalisia tarkkuuden suhteen, ja radiologista epäilyä varten tarvitaan vahvistusbiopsia tai palautustestit. Viime aikoina syövän noninvasiivisten biomarkkerien tutkimus on saanut valtavasti kiinnostusta, jota on edistänyt teknologian kehitys ja mahdollisuudet havaita pahanlaatuisia kasvaimia varhaisessa vaiheessa. Mikään tutkimus ei kuitenkaan ole toistaiseksi yrittänyt soveltaa biologisesti erilaisten analyyttien samanaikaista arviointia ja datan karakterisointialgoritmeja (radiomiikkalähestymistapoja) varhaisen rintasyövän diagnoosin tarkkuuden lisäämiseksi.
Hypoteesi: Useita biologisia analyyttejä on yhdistettävä radiomiikan algoritmien tarkentamiseen, jotta voidaan voittaa varhaisen rintasyövän diagnoosin nykyiset rajoitukset. Hankkeen yleisenä tavoitteena on kehittää horisontaalinen dataintegraatio (HDI) luokitin, joka mahdollistaa invasiivisen rintasyövän varhaisen noninvasiivisen diagnoosin suurella tarkkuudella.
Tavoitteet: Tavoite 1: Testaa suorituskykyä pienten invasiivisten rintasyöpien diagnosoinnissa a) ultrasensitiivisellä seuraavan sukupolven sekvensoinnilla kiertävässä kasvain-DNA:ssa (ctDNA); b) aptameeri-emäs-proteomiikkajärjestelmät plasmaproteiineilla; c) radiomiikan koneoppimisalgoritmit. Tavoite 2: Kehittää edellä mainittuihin menetelmiin perustuva HDI-luokitin, jonka tavoitteena on vähentää invasiivisten toimenpiteiden tarvetta varhaisessa rintasyövän diagnosoinnissa. Tavoite 3: Parantaa HDI-luokittimen suorituskykyä integroimalla muita mahdollisesti transformatiivisia noninvasiivisen diagnoosin menetelmiä.
Kokeellinen suunnittelu: Perifeeriset veri- ja virtsanäytteet kerätään mahdolliselta 750 potilaan kohortilta, joilla on radiologisesti epäiltyjä pieniä rintavaurioita ja joille tehdään diagnostinen biopsia San Martinon sairaalan Diagnostics Senology Unitissa. Ultrasensitive Next Generation Sekvensointi (NGS) plasman ctDNA:lle suoritetaan käyttämällä mukautettua tagged-amplikonipaneelia, jonka olemme suunnitelleet 3 269 sekvensoidun rintasyöpätapauksen kohortille GENIE-aloitteesta. Meille tullaan myös soveltamaan uutta protokollaa, jota kutsutaan soluttomaksi metyloiduksi DNA-immunosaostukseksi ja korkean suorituskyvyn sekvensoinniksi (cfMeDIP-seq) yhteistyössä Bostonin Dana Farber Cancer Instituten kanssa pienten plasma- ja virtsan ctDNA-määrien metylomianalyysiin. Mahdollisia syöpään liittyviä plasmaproteiineja analysoidaan SomaScanin aptameeripohjaisten proteiinien avulla yhteistyössä Sidra Medical Centerin kanssa, Doha, Qatar. Genovan yliopiston sponsoroiman ASTOUND-tutkimuksen tutkivassa alaryhmässä Senology-tiimin kehittämä radiomiikan luokitin koulutetaan ja testataan samassa kohortissa. Myös muita noninvasiivisia diagnostisia menetelmiä arvioidaan. HDI-luokitin luodaan ctDNA:n, proteomiikan ja radiomiikan tuloksista käyttämällä kehittyneitä koneoppimismenetelmiä. HDI-luokittajamme integroidaan lopulta tarpeen mukaan muihin ennustajiin ja validoidaan kohortissamme.
Odotetut tulokset: 1. Huippuluokan ei-invasiivisten menetelmien suorituskyvyn arviointi varhaisen rintasyövän diagnoosin yhteydessä. 2. Varhaisen rintasyövän noninvasiivisen HDI-luokittajan kehittäminen. 3. Uudet biologiset oivallukset pienistä rintasyövistä.
Vaikutus syöpään: 1. Varhaisen rintojen diagnoosin tarkkuuden lisääminen nykyisiin menetelmiin verrattuna. 2. Muistutusten ja invasiivisten testien tarpeen vähentäminen rintasyövän diagnosoinnissa. 3. Pitkäaikainen vaikutus rintasyöpäkuolleisuuteen.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Genova, Italia, 16132
- Ospedale Policlinico San Martino
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Kirjallinen tietoinen suostumus
- Rintojen leesiot havaittu digitaalisella bilateraalisella mammografialla
- Kelpo diagnostiseen biopsiaan (tru-cut tai VABB) normaalin kliinisen käytännön mukaisesti
- Kyky ja tahto noudattaa protokollan vaatimuksia
Poissulkemiskriteerit:
- Aiempi syöpähistoria, kaikentyyppinen
- Kliininen tai radiologinen epäily edenneestä tai metastaattisesta syövästä seulonnan aikana
- Tunnettu aktiivinen tai hoidettu autoimmuunisairaus tai ilmeinen krooninen tai kausiluonteinen ja aktiivinen allerginen sairaus
- Suuri trauma tai leikkaushistoria 24 viikkoa ennen seulontaa
- Aktiivinen tartuntatauti, joko krooninen tai akuutti, mutta esiintynyt seulontaa edeltäneiden 8 viikon aikana
- Aiemmin tunnetut akuutit tai krooniset sydän-, munuais- tai maksasairaudet tai akuutit sydäntapahtumat
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Diagnostiikka
- Jako: Ei satunnaistettu
- Inventiomalli: Peräkkäinen tehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kokeellinen: Rintasyövän vaiheen T1 ryhmä
Naiset, joilla on radiologisesti tunnistettu leesiot, BIRADS-3/4/5, jotka ovat pienempiä kuin 2 cm radiologisen arvioinnin mukaan (eli radiologinen T1), otetaan mukaan ja kutsutaan luovuttamaan ääreisverinäytteitä ja virtsanäytteitä lähtötilanteessa. Radiologisia kuvia sekä demografisia ja anatomopatologisia tietoja kerätään. Jos bioptisesti varmistetaan T1-rintasyöpä, potilaille suoritetaan toinen perifeerinen veren ja virtsan keräys primaarisen rintasyövän leikkauksen jälkeen. |
perifeerisen veren ja virtsan näytteenotto
perifeerisen veren ja virtsan näytteenotto
|
|
Active Comparator: Hyvänlaatuisten rintavaurioiden ryhmä
Naiset, joilla on radiologisesti tunnistettu leesiot, BIRADS-3/4/5, jotka ovat pienempiä kuin 2 cm radiologisen arvioinnin mukaan (eli radiologinen T1), otetaan mukaan ja kutsutaan luovuttamaan ääreisverinäytteitä ja virtsanäytteitä lähtötilanteessa. Radiologisia kuvia sekä demografisia ja anatomopatologisia tietoja kerätään. Jos bioptisesti varmistetaan hyvänlaatuinen vaurio, muita näytteitä ei kerätä. |
perifeerisen veren ja virtsan näytteenotto
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
HDI-luokittajan kehittäminen, joka mahdollistaa rintasyövän varhaisen noninvasiivisen diagnoosin samalla tarkkuudella kuin rintabiopsia
Aikaikkuna: 5 vuotta
|
Horisontaalisen dataintegraation (HDI) luokittelijan tarkkuus luokiteltaessa oikein pT1-rintasyövät hyvänlaatuisista leesioista (eli ei-invasiivisesta rintaadenokarsinoomasta), joilla on samanlaisia radiologisia piirteitä (eli leesion enimmäishalkaisija on pienempi tai yhtä suuri kuin 2 cm).
HDI-luokitin määritellään vaihtelevana yhdistelmänä ominaisuuksia, jotka on saatu erilaisista radiomiikka-analyyseistä lähtötilanteen mammogrammeilla ja molekyylianalyyseillä perifeerisellä verellä (ctDNA-metylaatio cfMeDIPSeq:n avulla, proteiinit SomaScan® Somalogic -alustaa käyttäen, miRNA-sekvensointi eksosomeista) ja virtsa (ctfDNA-metylaatio ctfDNA-metylaatiolla qfDNA-menetelmällä) ) kerätty T0:ssa (perustaso, ennen diagnostista biopsiaa).
Tätä tulosta verrataan diagnostisen biopsian tarkkuuteen samasta potilasryhmästä.
|
5 vuotta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
HDI-luokituksen tarkkuus
Aikaikkuna: 5 vuotta
|
HDI-luokittajan tarkkuus isäntäkohtaisten muuttujien huomioimisen ja poistamisen jälkeen arvioimalla samoja muuttujia leikkauksen jälkeen.
|
5 vuotta
|
|
HDI-luokituksen analyyttinen ja kliininen validiteetti
Aikaikkuna: 5 vuotta
|
Korvaimen analyyttinen ja kliininen kelpoisuus, halvemmat menetelmät samojen HDI-luokittelijaan sisältyvien muuttujien mittaamiseksi (esim. metylaatiospesifiset PCR-määritykset, ELISA-testit valituille proteiineille, kvantitatiivinen reaaliaikainen PCR miRNA:ille).
|
5 vuotta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Gabriele Zoppoli, MD, PhD, Ospedale Policlinico San Martino
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Odotettu)
Opintojen valmistuminen (Odotettu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 4452
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .