Studie Fondazione Genomic SARS-CoV-2 (COVID-19) (FOGS)

Oblast Lombardie v severní Itálii je nyní uprostřed propuknutí těžkého akutního respiračního syndromu coronavirus 2 (SARS-CoV-2), viru, který způsobuje onemocnění koronavirem 2019 (COVID-19). Epidemiickou situaci COVID-19 není třeba příliš představovat a představuje celosvětovou celosvětovou nouzovou situaci s rychle rostoucí úmrtností v Evropě a USA. Shromažďují se důkazy, že většina jedinců infikovaných SARS-CoV-2 je asymptomatická a je hlavním zdrojem šíření viru 3 a že značná část z nich má aktivní virovou replikaci 4,5. Chorobné chování je navíc proměnlivé, přičemž většina pacientů pociťuje pouze mírné příznaky nebo vůbec žádné příznaky. U některých pacientů se rozvine těžké plicní postižení s agresivní a rozsáhlou zánětlivou destrukcí plicního parenchymu a souvisejícími zánětlivými reakcemi a superinfekcemi, což vede k velké části úmrtnosti související s COVID-19. Co přesně řídí tento vývoj závažného plicního onemocnění, zůstává neznámé, ale stáří, obezita, cukrovka a další přidružená onemocnění toto riziko zvyšují, zatímco role konkrétních léků je stále nejistá. Pravděpodobně se také účastní variace v genetice viru a imunologii pacienta. Pokud jde o druhý bod, předpokládáme, že genetika hostitele může hrát roli při určování rozvoje závažného plicního onemocnění u infekce SARS-CoV-2. Genomové asociační studie (GWAS) byly použity k dešifrování genetické predispozice u tisíců chorobných znaků od doby, kdy byl návrh studie vynalezen v roce 2005. Zjištěné genetické signály se liší od velmi silných účinků, které lze detekovat u několika stovek jedinců, až po velmi slabé účinky vyžadující k detekci kohorty desítek tisíc. Do roku 2020 je nyní návrh studie robustním, běžně dostupným a snadno proveditelným průmyslovým standardním screeningovým nástrojem pro genetickou predispozici, a to i dostupným prostřednictvím online společností „spotřebitelské genetiky“. Design studie je jednoduchý: testování genetických variant v celém genomu (jednonukleotidové polymorfismy, SNP) pomocí SNP microarrays, porovnání jejich frekvencí u pacientů oproti kontrolám (nebo napříč jinými proměnnými). Zejména u zánětlivých fenotypů se GWAS ukázal jako účinný nástroj, který vymezuje stovky lokusů citlivosti v mnoha stavech, z nichž některé poskytly nové a překvapivé poznatky o onemocnění. GWAS slouží ke dvěma účelům. Nejdůležitější je, že umožňují určit biologické faktory podílející se na rozvoji onemocnění, a tak potenciálně řídit vývoj léků a terapii. To by bylo zvláště důležité během současné nouzové situace COVID-19, kdy byly zahájeny stovky zkoušek a je naléhavě nutné upřednostnit dobře provedené kolaborativní studie založené na robustních patofyziologických datech. Za druhé, a jsou stále populárnější, umožňují výpočet „skóre polygenního rizika“ k předpovědi vývoje onemocnění. Oba aspekty se zdají zásadní pro objasnění plicního onemocnění COVID-19: (a) existují genetické znaky naznačující, které biologické mechanismy se účastní, které mohou naznačovat relevantní terapeutické přístupy, a (b) můžeme předvídat ty, kteří jsou ohroženi (nebo ti, kteří mají velmi nízké riziko )?