El estudio genómico del SARS-CoV-2 de la Fundación (COVID-19) (FOGS)

La región de Lombardía, en el norte de Italia, se encuentra ahora en medio de un brote del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2), el virus que causa la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19). La situación epidémica de COVID-19 necesita poca presentación y representa una emergencia mundial con tasas de mortalidad que aumentan rápidamente en Europa y Estados Unidos. Se están acumulando pruebas de que la mayoría de las personas infectadas por el SARS-CoV-2 son asintomáticas y constituyen la principal fuente de propagación viral 3, y que una fracción considerable de ellos tiene una replicación viral activa 4,5. Además, el comportamiento de la enfermedad es variable: la mayoría de los pacientes experimentan sólo síntomas leves o ningún síntoma. Algunos pacientes desarrollan una afección pulmonar grave, con una destrucción inflamatoria agresiva y extensa del parénquima pulmonar y respuestas inflamatorias y sobreinfecciones asociadas, lo que genera grandes fracciones de la mortalidad relacionada con la COVID-19. Aún se desconoce qué impulsa exactamente este desarrollo de enfermedad pulmonar grave, pero la vejez, la obesidad, la diabetes y otras comorbilidades aumentan el riesgo, mientras que el papel que desempeñan medicamentos específicos aún es incierto. Es probable que también estén involucradas variaciones en la genética del virus y la inmunología del paciente. En cuanto a este último punto, planteamos la hipótesis de que la genética del huésped puede desempeñar un papel en la determinación del desarrollo de una enfermedad pulmonar grave en la infección por SARS-CoV-2. Los estudios de asociación de todo el genoma (GWAS) se han aplicado para descifrar la predisposición genética en miles de rasgos de enfermedades desde que se inventó el diseño del estudio en 2005. Las señales genéticas detectadas varían desde efectos muy fuertes que pueden detectarse en unos pocos cientos de individuos hasta efectos muy débiles que requieren cohortes de decenas de miles para su detección. Para 2020, el diseño del estudio será ahora una herramienta de detección estándar de la industria sólida, lista para usar y fácil de realizar para la predisposición genética, incluso disponible a través de empresas en línea de "genética del consumidor". El diseño del estudio es simple: probar variantes genéticas en todo el genoma (polimorfismos de un solo nucleótido, SNP) utilizando micromatrices de SNP, comparando sus frecuencias en pacientes versus controles (o entre otras variables). Para los fenotipos inflamatorios en particular, GWAS ha demostrado ser una herramienta eficaz, delineando cientos de loci de susceptibilidad en muchas condiciones, algunos de los cuales han proporcionado conocimientos novedosos y sorprendentes sobre la enfermedad. Los GWAS tienen dos propósitos. Lo más importante es que permiten determinar los factores biológicos implicados en el desarrollo de la enfermedad, guiando así potencialmente el desarrollo de fármacos y la terapia. Esto sería particularmente relevante durante la actual emergencia de COVID-19, cuando se han iniciado cientos de ensayos y existe una necesidad urgente de priorizar estudios colaborativos bien realizados y basados ​​en datos fisiopatológicos sólidos. En segundo lugar, y cada vez más populares, permiten calcular una "puntuación de riesgo poligénico" para predecir el desarrollo de enfermedades. Ambos aspectos parecen cruciales para aclarar la enfermedad pulmonar por COVID-19: (a) ¿existen firmas genéticas que sugieran qué mecanismos biológicos están involucrados y que puedan sugerir enfoques terapéuticos relevantes, y (b) podemos predecir quiénes están en riesgo (o aquellos con muy bajo riesgo)? )?