Lo studio Fondazione Genomic SARS-CoV-2 (COVID-19) (FOGS)

La regione Lombardia, nel Nord Italia, è ora nel bel mezzo di un’epidemia di sindrome respiratoria acuta grave coronavirus 2 (SARS-CoV-2), il virus che causa la malattia da coronavirus 2019 (COVID-19). La situazione epidemica del COVID-19 ha bisogno di poca introduzione e rappresenta un’emergenza globale a livello mondiale con tassi di mortalità in rapido aumento in Europa e negli Stati Uniti. Si stanno accumulando prove che la maggior parte degli individui infettati da SARS-CoV-2 sono asintomatici e rappresentano la principale fonte di diffusione virale 3 e che una frazione considerevole di questi ha una replicazione virale attiva 4,5. Inoltre, il comportamento della malattia è variabile, con la maggior parte dei pazienti che manifestano solo sintomi lievi o nessun sintomo. Alcuni pazienti sviluppano una grave affezione polmonare, con distruzione infiammatoria aggressiva ed estesa del parenchima polmonare e risposte infiammatorie e superinfezioni associate, determinando gran parte della mortalità correlata al COVID-19. Ciò che determina esattamente questo sviluppo di gravi malattie polmonari rimane sconosciuto, ma la vecchiaia, l’obesità, il diabete e altre comorbilità aumentano il rischio, mentre il ruolo svolto da farmaci specifici è ancora incerto. Probabilmente sono coinvolte anche variazioni nella genetica del virus e nell’immunologia del paziente. Per quanto riguarda quest’ultimo punto, ipotizziamo che la genetica dell’ospite possa svolgere un ruolo nel determinare lo sviluppo di gravi malattie polmonari nell’infezione da SARS-CoV-2. Gli studi di associazione sull’intero genoma (GWAS) sono stati applicati per decifrare la predisposizione genetica in migliaia di tratti della malattia da quando il disegno dello studio è stato inventato nel 2005. I segnali genetici rilevati variano da effetti molto forti che possono essere rilevati in poche centinaia di individui, a effetti molto deboli che richiedono coorti di decine di migliaia per essere rilevati. Entro il 2020, il disegno dello studio sarà ora uno strumento di screening standard di settore robusto, pronto all’uso e facile da eseguire per la predisposizione genetica, disponibile anche attraverso società online di “genetica del consumo”. Il disegno dello studio è semplice: testare le varianti genetiche in tutto il genoma (polimorfismi a singolo nucleotide, SNP) utilizzando microarray SNP, confrontando le loro frequenze nei pazienti rispetto ai controlli (o attraverso altre variabili). Per i fenotipi infiammatori in particolare, GWAS si è dimostrato uno strumento efficiente, delineando centinaia di loci di suscettibilità in molte condizioni, alcuni dei quali hanno fornito informazioni nuove e sorprendenti sulla malattia. I GWAS hanno due scopi. Ancora più importante, consentono di determinare i fattori biologici coinvolti nello sviluppo della malattia, guidando così potenzialmente lo sviluppo di farmaci e la terapia. Ciò sarebbe particolarmente rilevante durante l’attuale emergenza COVID-19, quando sono iniziati centinaia di studi e c’è un urgente bisogno di dare priorità a studi collaborativi ben condotti e basati su solidi dati fisiopatologici. In secondo luogo, e sono sempre più diffusi, consentono il calcolo di un “punteggio di rischio poligenico” per prevedere lo sviluppo della malattia. Entrambi gli aspetti sembrano cruciali da chiarire per la malattia polmonare COVID-19: (a) esistono firme genetiche che suggeriscono quali meccanismi biologici sono coinvolti che possono suggerire approcci terapeutici rilevanti e (b) possiamo prevedere quelli a rischio (o quelli con rischio molto basso) )?