Fondazione Genomic SARS-CoV-2 -tutkimus (COVID-19) (FOGS)

Lombardian alue Pohjois-Italiassa on nyt keskellä vakavan akuutin hengitystieoireyhtymän koronavirus 2:n (SARS-CoV-2), koronavirustautia 2019 (COVID-19) aiheuttavan viruksen puhkeamista. COVID-19-epidemiatilanne tarvitsee vain vähän esittelyä, ja se edustaa maailmanlaajuista maailmanlaajuista hätätilaa, jonka kuolleisuus kasvaa nopeasti Euroopassa ja Yhdysvalloissa. Todisteita kertyy siitä, että suurin osa SARS-CoV-2-tartunnan saaneista henkilöistä on oireettomia ja tärkeimpiä viruksen leviämisen lähteitä 3 ja että huomattavalla osalla heistä on aktiivinen virusreplikaatio 4,5. Lisäksi sairauskäyttäytyminen on vaihtelevaa, sillä suurin osa potilaista kokee vain lieviä oireita tai ei ollenkaan oireita. Joillekin potilaille kehittyy vakava keuhkokipu, johon liittyy aggressiivista ja laajaa keuhkojen parenkyymin tulehduksellista tuhoa ja siihen liittyviä tulehdusreaktioita ja superinfektioita, mikä lisää suuren osan COVID-19-kuolleisuudesta. Se, mikä tarkalleen aiheuttaa vakavan keuhkosairauden kehittymistä, on edelleen tuntematon, mutta vanhuus, liikalihavuus, diabetes ja muut samanaikaiset sairaudet lisäävät riskiä, ​​kun taas tiettyjen lääkkeiden rooli on edelleen epävarma. Virusgenetiikan ja potilaan immunologian vaihtelut ovat myös todennäköisesti mukana. Mitä tulee jälkimmäiseen kohtaan, oletamme, että isäntägenetiikka voi vaikuttaa vakavan keuhkosairauden kehittymiseen SARS-CoV-2-infektiossa. Genomin laajuisia assosiaatiotutkimuksia (GWAS) on sovellettu tuhansien sairauden piirteiden geneettisen alttiuden tulkitsemiseen siitä lähtien, kun tutkimussuunnitelma keksittiin vuonna 2005. Havaitut geneettiset signaalit vaihtelevat erittäin vahvoista vaikutuksista, jotka voidaan havaita muutamassa sadassa yksilössä, erittäin heikkoihin vaikutuksiin, jotka vaativat kymmenientuhansien kohorttien havaitsemiseen. Vuoteen 2020 mennessä tutkimussuunnitelma on nyt vankka, valmis, helposti suoritettava alan standardi geneettisen alttiuden seulontatyökalu, joka on saatavana jopa "kuluttajagenetiikan" verkkoyhtiöiden kautta. Tutkimussuunnitelma on yksinkertainen: geneettisten varianttien testaus koko genomissa (yksi nukleotidipolymorfismit, SNP:t) käyttämällä SNP-mikrosiruja, vertaamalla niiden esiintymistiheyttä potilailla verrokkeihin (tai muiden muuttujien välillä). Erityisesti tulehduksellisille fenotyypeille GWAS on osoittautunut tehokkaaksi työkaluksi, joka rajaa satoja herkkyyslokuksia monissa olosuhteissa, joista osa on tarjonnut uusia ja yllättäviä näkemyksiä sairaudesta. GWAS palvelee kahta tarkoitusta. Mikä tärkeintä, ne mahdollistavat taudin kehittymiseen osallistuvien biologisten tekijöiden määrittämisen, mikä mahdollisesti ohjaa lääkekehitystä ja hoitoa. Tämä olisi erityisen olennaista nykyisen COVID-19-hätätilanteen aikana, jolloin satoja tutkimuksia on aloitettu ja on kiireesti priorisoitava vankoihin patofysiologisiin tietoihin perustuvia hyvin suoritettuja yhteistutkimuksia. Toiseksi ja yhä suositumpia ne mahdollistavat "polygeenisen riskipisteen" laskemisen sairauden kehittymisen ennustamiseksi. Molemmat näkökohdat vaikuttavat ratkaisevan tärkeältä COVID-19-keuhkosairauden selvittämisessä: (a) onko olemassa geneettisiä allekirjoituksia, jotka viittaavat siihen, mitä biologisia mekanismeja voi viitata asiaankuuluviin terapeuttisiin lähestymistapoihin, ja (b) voimmeko ennustaa riskiryhmiin kuuluvia (tai niitä, joilla on erittäin pieni riski) )?