Prediktivní učení založené na splicingu pro individuální hodnocení chemoterapie u kolorektálního karcinomu (SPLICE)
5. listopadu 2025 aktualizováno: City of Hope Medical Center
Splicing-Based Predictive Learning for Individual Chemotherapy Evaluation in Colorectal Cancer (SPLICE)
Kolorektální karcinom (CRC) zůstává jednou z hlavních příčin úmrtí souvisejících s rakovinou na celém světě. Ačkoli adjuvantní chemoterapie zlepšuje přežití po radikální resekci, její účinnost se u pacientů značně liší. Nedostatek spolehlivých prediktivních biomarkerů často vede k nadměrné nebo nedostatečné léčbě.
Tato studie si klade za cíl vyvinout prediktivní model založený na strojovém učení pro odpověď na adjuvantní chemoterapii pomocí alternativních sestřihových signatur odvozených z nádoru.
Integrací RNA-seq dat, sestřihových izoforem a klinických výsledků tato studie usiluje o identifikaci molekulárních prediktorů léčebné odpovědi a rizika recidivy po operaci.
Přehled studie
Postavení
Nábor
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Kolorektální karcinom (CRC) představuje významnou globální zdravotní zátěž, přičemž adjuvantní chemoterapie je standardem péče po radikální resekci. Reakce pacientů na léčbu se však výrazně liší a v současné době neexistuje ověřený molekulární model, který by vedl výběr adjuvantní léčby.
Nedávné studie naznačují, že abnormální alternativní sestřih – nikoli pouze exprese na úrovni genů – hraje klíčovou roli při utváření citlivosti na chemoterapii a recidivy nádoru. Tyto složité transkriptomické variace však standardní analýzy diferenciální exprese často přehlížejí.
Rámec ASPAIRE (Alternative Splicing and Predictive mAchIne learnIng for Response Evaluation) aplikuje pokročilé výpočetní modelování k zachycení multidimenzionálních sestřihových vlastností z RNA-seq dat a transformuje je do klinicky využitelných predikcí.
V tomto výzkumném úsilí budou výzkumníci využívat strojové učení k predikci reakce na adjuvantní chemoterapii u CRC. Výzkumný plán bude zahrnovat tři fáze:
- Identifikace vzorců alternativního sestřihu spojených s reakcí na adjuvantní chemoterapii pomocí RNA sekvenování a výpočetní extrakce vlastností.
- Výzkumníci následně vyvinou test založený na reverzní transkripci-kvantitativní polymerázové řetězové reakci (RT-qPCR) a natrénují model strojového učení k predikci reakce na chemoterapii.
- Výzkumníci nezávisle ověří test. Tento test je prozatímně nazván "SPLICE" (Splicing-based Predictive Learning for Individual Chemotherapy Evaluation in Colorectal Cancer) a bude testován na přežití bez onemocnění až do pěti let po léčbě.
Na konci této studie bude tento test vyvinut a ověřen, aby pomohl klinickému rozhodování predikcí přežití bez onemocnění.
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
200
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní kontakt
- Jméno: Ajay Goel, PhD
- Telefonní číslo: 626-218-3452
- E-mail: ajgoel@coh.org
Studijní místa
-
-
California
-
Duarte, California, Spojené státy, 91010
- Nábor
- City of Hope Medical Center
-
Kontakt:
- Ajay Goel, PhD
- Telefonní číslo: 626-218-3452
- E-mail: ajgoel@coh.org
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Dvě nezávislé kohorty pacientů s kolorektálním karcinomem léčených adjuvantní chemoterapií po chirurgickém zákroku s kurativním záměrem.
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Histologicky potvrzený kolorektální karcinom stadia II–III (klasifikace TNM, 8. vydání)
- Po radikální resekci absolvována standardní adjuvantní chemoterapie
- Dostupnost nádorové tkáně (FFPE nebo zmražené) před chemoterapií
- Dostatečná klinická data pro analýzu výsledků (recidiva, přežití)
- Věk 18–80 let
Kritéria pro vyloučení:
- Zánětlivé onemocnění střev
- Nedostatečná kvalita RNA nebo nedostatek souhlasu
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Nereagující na léčbu kolorektálního karcinomu (Tréninková kohorta)
Pacienti s kolorektálním karcinomem, kteří nereagovali na léčbu a u nichž došlo k recidivě KKR do 60 měsíců od léčby primárního nádoru, v první kohortě
|
Panel izoforem splicingu RNA, jejichž hladina je testována ve vzorcích tkáně odebraných z primárního nádoru.
|
|
Respondenti s kolorektálním karcinomem (Trénovací kohorta)
Pacienti s kolorektálním karcinomem, u kterých se během 60 měsíců od léčby primárního nádoru nevyvinul rekurentní KRK, v první kohortě
|
Panel izoforem splicingu RNA, jejichž hladina je testována ve vzorcích tkáně odebraných z primárního nádoru.
|
|
Nereagující na léčbu kolorektálního karcinomu s recidivujícím onemocněním (Validační kohorta)
Nereagující pacienti s kolorektálním karcinomem, u kterých došlo k opakování CRC do 60 měsíců od léčby primárního nádoru, ve druhé, nezávislé, validační kohortě
|
Panel izoforem splicingu RNA, jejichž hladina je testována ve vzorcích tkáně odebraných z primárního nádoru.
|
|
Respondenti s kolorektálním karcinomem (Validační kohorta)
Pacienti s kolorektálním karcinomem, u nichž nedošlo k recidivě onemocnění do 60 měsíců od léčby primárního nádoru, ve druhé, nezávislé validační kohortě
|
Panel izoforem splicingu RNA, jejichž hladina je testována ve vzorcích tkáně odebraných z primárního nádoru.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Bezrelapsové přežití
Časové okno: od data léčby onemocnění do data úmrtí nebo až 60 měsíců
|
Čas od léčby onemocnění do rozvoje recidivujícího kolorektálního karcinomu
|
od data léčby onemocnění do data úmrtí nebo až 60 měsíců
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Celkové přežití
Časové okno: od data léčby onemocnění do data úmrtí nebo až 60 měsíců
|
Čas od léčby onemocnění do úmrtí z jakékoli příčiny
|
od data léčby onemocnění do data úmrtí nebo až 60 měsíců
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Sponzor
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Ajay Goel, PhD, City of Hope Medical Center
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Dienstmann R, Salazar R, Tabernero J. Personalizing colon cancer adjuvant therapy: selecting optimal treatments for individual patients. J Clin Oncol. 2015 Jun 1;33(16):1787-96. doi: 10.1200/JCO.2014.60.0213. Epub 2015 Apr 27.
- Andre T, Boni C, Navarro M, Tabernero J, Hickish T, Topham C, Bonetti A, Clingan P, Bridgewater J, Rivera F, de Gramont A. Improved overall survival with oxaliplatin, fluorouracil, and leucovorin as adjuvant treatment in stage II or III colon cancer in the MOSAIC trial. J Clin Oncol. 2009 Jul 1;27(19):3109-16. doi: 10.1200/JCO.2008.20.6771. Epub 2009 May 18.
- Andre T, Meyerhardt J, Iveson T, Sobrero A, Yoshino T, Souglakos I, Grothey A, Niedzwiecki D, Saunders M, Labianca R, Yamanaka T, Boukovinas I, Vernerey D, Meyers J, Harkin A, Torri V, Oki E, Georgoulias V, Taieb J, Shields A, Shi Q. Effect of duration of adjuvant chemotherapy for patients with stage III colon cancer (IDEA collaboration): final results from a prospective, pooled analysis of six randomised, phase 3 trials. Lancet Oncol. 2020 Dec;21(12):1620-1629. doi: 10.1016/S1470-2045(20)30527-1.
- Di Narzo AF, Tejpar S, Rossi S, Yan P, Popovici V, Wirapati P, Budinska E, Xie T, Estrella H, Pavlicek A, Mao M, Martin E, Scott W, Bosman FT, Roth A, Delorenzi M. Test of four colon cancer risk-scores in formalin fixed paraffin embedded microarray gene expression data. J Natl Cancer Inst. 2014 Sep 22;106(10):dju247. doi: 10.1093/jnci/dju247. Print 2014 Oct.
- Auclin E, Zaanan A, Vernerey D, Douard R, Gallois C, Laurent-Puig P, Bonnetain F, Taieb J. Subgroups and prognostication in stage III colon cancer: future perspectives for adjuvant therapy. Ann Oncol. 2017 May 1;28(5):958-968. doi: 10.1093/annonc/mdx030.
- Okuno K, Kandimalla R, Mendiola M, Balaguer F, Bujanda L, Fernandez-Martos C, Aparicio J, Feliu J, Tokunaga M, Kinugasa Y, Maurel J, Goel A. A microRNA signature for risk-stratification and response prediction to FOLFOX-based adjuvant therapy in stage II and III colorectal cancer. Mol Cancer. 2023 Jan 20;22(1):13. doi: 10.1186/s12943-022-01699-2. No abstract available.
- Zhang JX, Song W, Chen ZH, Wei JH, Liao YJ, Lei J, Hu M, Chen GZ, Liao B, Lu J, Zhao HW, Chen W, He YL, Wang HY, Xie D, Luo JH. Prognostic and predictive value of a microRNA signature in stage II colon cancer: a microRNA expression analysis. Lancet Oncol. 2013 Dec;14(13):1295-306. doi: 10.1016/S1470-2045(13)70491-1. Epub 2013 Nov 13.
- Gray RG, Quirke P, Handley K, Lopatin M, Magill L, Baehner FL, Beaumont C, Clark-Langone KM, Yoshizawa CN, Lee M, Watson D, Shak S, Kerr DJ. Validation study of a quantitative multigene reverse transcriptase-polymerase chain reaction assay for assessment of recurrence risk in patients with stage II colon cancer. J Clin Oncol. 2011 Dec 10;29(35):4611-9. doi: 10.1200/JCO.2010.32.8732. Epub 2011 Nov 7.
- Zhang M, Chen C, Lu Z, Cai Y, Li Y, Zhang F, Liu Y, Chen S, Zhang H, Yang S, Gen H, Jiang Y, Ning C, Huang J, Wang W, Fan L, Zhang Y, Jin M, Han J, Xiong Z, Cai M, Liu J, Huang C, Yang X, Xu B, Li H, Li B, Zhu X, Wei Y, Zhu Y, Tian J, Miao X. Genetic Control of Alternative Splicing and its Distinct Role in Colorectal Cancer Mechanisms. Gastroenterology. 2023 Nov;165(5):1151-1167. doi: 10.1053/j.gastro.2023.07.019. Epub 2023 Aug 3.
- Reichling C, Taieb J, Derangere V, Klopfenstein Q, Le Malicot K, Gornet JM, Becheur H, Fein F, Cojocarasu O, Kaminsky MC, Lagasse JP, Luet D, Nguyen S, Etienne PL, Gasmi M, Vanoli A, Perrier H, Puig PL, Emile JF, Lepage C, Ghiringhelli F. Artificial intelligence-guided tissue analysis combined with immune infiltrate assessment predicts stage III colon cancer outcomes in PETACC08 study. Gut. 2020 Apr;69(4):681-690. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319292. Epub 2019 Nov 28.
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
21. června 2024
Primární dokončení (Odhadovaný)
18. června 2026
Dokončení studie (Odhadovaný)
18. června 2026
Termíny zápisu do studia
První předloženo
3. listopadu 2025
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
5. listopadu 2025
První zveřejněno (Aktuální)
10. listopadu 2025
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
10. listopadu 2025
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
5. listopadu 2025
Naposledy ověřeno
1. listopadu 2025
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- 23228/SPLICE
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
NE
Popis plánu IPD
Data shromážděná pro studii budou k dispozici ostatním, včetně neidentifikovaných údajů účastníků, při publikaci, prostřednictvím podepsané dohody o přístupu k datům a na základě uvážení schválení navrhovaného využití takových dat výzkumníky.
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .