Splicing-gebaseerd Voorspellend Leren voor Individuele Chemotherapie-evaluatie bij Darmkanker (SPLICE)
6 juli 2026 bijgewerkt door: City of Hope Medical Center
Splitsingsgebaseerd Voorspellend Leren voor Individuele Chemotherapie-evaluatie bij Colorectale Kanker (SPLICE)
Colorectale kanker (CRC) blijft een van de belangrijkste oorzaken van kankersterfte wereldwijd. Hoewel adjuvante chemotherapie de overleving verbetert na een curatieve resectie, varieert de werkzaamheid ervan sterk tussen patiënten. De afwezigheid van betrouwbare voorspellende biomarkers leidt vaak tot overbehandeling of onderbehandeling.
Deze studie heeft tot doel een op machine learning gebaseerd voorspellend model te ontwikkelen voor de respons op adjuvante chemotherapie met behulp van tumor-afgeleide alternatieve splitsingssignaturen.
Door RNA-seq gegevens, splitsingsisoformen en klinische uitkomsten te integreren, probeert deze studie moleculaire voorspellers van behandelingsrespons en recidiefrisico na een operatie te identificeren.
Studie Overzicht
Toestand
Werving
Conditie
Interventie / Behandeling
Gedetailleerde beschrijving
Colorectale kanker (CRC) blijft een grote wereldwijde gezondheidslast, waarbij adjuvante chemotherapie de standaardbehandeling vormt na curatieve resectie. Echter, patiëntresponsen op therapie variëren sterk, en er is momenteel geen gevalideerd moleculair model dat de selectie van adjuvante behandeling leidt.
Recente studies suggereren dat afwijkend alternatieve splicing - in plaats van alleen genexpressie op genniveau - een cruciale rol speelt bij het vormgeven van chemotherapiegevoeligheid en tumorrecidief. Toch worden deze complexe transcriptomische variaties vaak gemist door standaard differentiële expressieanalyses.
Het ASPAIRE-raamwerk (Alternative Splicing and Predictive mAchIne learnIng for Response Evaluation) past geavanceerde computationele modellering toe om multidimensionale splicingkenmerken van RNA-seq-data vast te leggen en deze om te zetten in klinisch bruikbare voorspellingen.
In deze onderzoeksinspanning zullen de onderzoekers machine learning benutten om adjuvante chemotherapierespons voor CRC te voorspellen. Het onderzoeksplan omvat drie fasen:
- Identificatie van alternatieve splicingpatronen geassocieerd met adjuvante chemotherapierespons via RNA-sequencing en computationele kenmerkextractie.
- De onderzoekers zullen vervolgens een assay ontwikkelen op basis van reverse transcriptie-kwantitatieve polymerasekettingreactie (RT-qPCR) en een machine learning-model trainen om chemotherapierespons te voorspellen.
- De onderzoekers zullen de assay onafhankelijk valideren. Deze assay wordt voorlopig "SPLICE" genoemd (Splicing-based Predictive Learning for Individual Chemotherapy Evaluation in Colorectal Cancer) en zal worden getest op ziektevrije overleving tot vijf jaar na behandeling.
Aan het einde van deze studie zal deze assay zijn ontwikkeld en gevalideerd om klinische besluitvorming te ondersteunen door zowel ziektevrije overleving te voorspellen.
Studietype
Observationeel
Inschrijving (Geschat)
200
Contacten en locaties
In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.
Studiecontact
- Naam: Ajay Goel, PhD
- Telefoonnummer: 626-218-3452
- E-mail: ajgoel@coh.org
Studie Locaties
-
-
California
-
Duarte, California, Verenigde Staten, 91010
- Werving
- City of Hope Medical Center
-
Contact:
- Ajay Goel, PhD
- Telefoonnummer: 626-218-3452
- E-mail: ajgoel@coh.org
-
-
Deelname Criteria
Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.
Geschiktheidscriteria
Leeftijden die in aanmerking komen voor studie
- Volwassen
- Oudere volwassene
Accepteert gezonde vrijwilligers
Nee
Bemonsteringsmethode
Niet-waarschijnlijkheidssteekproef
Studie Bevolking
Twee onafhankelijke cohorten van patiënten met colorectale kanker behandeld met adjuvante chemotherapie na een curatief bedoelde operatie.
Beschrijving
Inclusiecriteria:
- Histologisch bevestigd stadium II-III colorectaalkanker (TNM-classificatie, 8e editie)
- Standaard adjuvante chemotherapie ontvangen na curatieve resectie
- Beschikbaarheid van tumorweefsel (FFPE of bevroren) vóór chemotherapie
- Voldoende klinische gegevens voor uitkomstanalyse (recidief, overleving)
- Leeftijd 18-80 jaar
Exclusiecriteria:
- Inflammatoire darmziekte
- Onvoldoende RNA-kwaliteit of ontbrekende toestemming
Studie plan
Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.
Hoe is de studie opgezet?
Ontwerpdetails
Cohorten en interventies
Groep / Cohort |
Interventie / Behandeling |
|---|---|
|
Non-responders van colorectale kanker (Trainingscohort)
Non-responders van colorectale kanker die binnen 60 maanden na de behandeling van de primaire tumor recidiverende CRC ontwikkelden, in de eerste cohort
|
Een panel van RNA-splijtingsisovormen, waarvan het niveau wordt getest in weefselmonsters afkomstig van de primaire tumor.
|
|
Responders van colorectale kanker (Trainingscohort)
Respondenten met colorectaalkanker die binnen 60 maanden na de behandeling van de primaire tumor geen recidiverende colorectaalkanker ontwikkelden, in de eerste cohort
|
Een panel van RNA-splijtingsisovormen, waarvan het niveau wordt getest in weefselmonsters afkomstig van de primaire tumor.
|
|
Niet-responders met colorectaalkanker, met recidiverende ziekte (Validatiecohort)
Niet-responders van colorectale kanker die binnen 60 maanden na behandeling van de primaire tumor recidiverend CRC ontwikkelden, in de tweede, onafhankelijke, validatiecohort
|
Een panel van RNA-splijtingsisovormen, waarvan het niveau wordt getest in weefselmonsters afkomstig van de primaire tumor.
|
|
Respondenten met colorectale kanker (Validatiecohort)
Respondenten met colorectaalkanker die binnen 60 maanden na de behandeling van de primaire tumor geen recidiverende CRC ontwikkelden, in de tweede, onafhankelijke, validatiecohort
|
Een panel van RNA-splijtingsisovormen, waarvan het niveau wordt getest in weefselmonsters afkomstig van de primaire tumor.
|
Wat meet het onderzoek?
Primaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Recidiefvrije Overleving
Tijdsspanne: van datum van ziektebehandeling tot datum van overlijden of tot 60 maanden
|
Tijd vanaf behandeling van de ziekte tot ontwikkeling van terugkerende darmkanker
|
van datum van ziektebehandeling tot datum van overlijden of tot 60 maanden
|
Secundaire uitkomstmaten
Uitkomstmaat |
Maatregel Beschrijving |
Tijdsspanne |
|---|---|---|
|
Algehele overleving
Tijdsspanne: vanaf de datum van ziektebehandeling tot de datum van overlijden of tot 60 maanden
|
Tijd vanaf ziektebehandeling tot overlijden door welke oorzaak dan ook
|
vanaf de datum van ziektebehandeling tot de datum van overlijden of tot 60 maanden
|
Medewerkers en onderzoekers
Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.
Sponsor
Onderzoekers
- Hoofdonderzoeker: Ajay Goel, PhD, City of Hope Medical Center
Publicaties en nuttige links
De persoon die verantwoordelijk is voor het invoeren van informatie over het onderzoek stelt deze publicaties vrijwillig ter beschikking. Dit kan gaan over alles wat met het onderzoek te maken heeft.
Algemene publicaties
- Dienstmann R, Salazar R, Tabernero J. Personalizing colon cancer adjuvant therapy: selecting optimal treatments for individual patients. J Clin Oncol. 2015 Jun 1;33(16):1787-96. doi: 10.1200/JCO.2014.60.0213. Epub 2015 Apr 27.
- Andre T, Boni C, Navarro M, Tabernero J, Hickish T, Topham C, Bonetti A, Clingan P, Bridgewater J, Rivera F, de Gramont A. Improved overall survival with oxaliplatin, fluorouracil, and leucovorin as adjuvant treatment in stage II or III colon cancer in the MOSAIC trial. J Clin Oncol. 2009 Jul 1;27(19):3109-16. doi: 10.1200/JCO.2008.20.6771. Epub 2009 May 18.
- Andre T, Meyerhardt J, Iveson T, Sobrero A, Yoshino T, Souglakos I, Grothey A, Niedzwiecki D, Saunders M, Labianca R, Yamanaka T, Boukovinas I, Vernerey D, Meyers J, Harkin A, Torri V, Oki E, Georgoulias V, Taieb J, Shields A, Shi Q. Effect of duration of adjuvant chemotherapy for patients with stage III colon cancer (IDEA collaboration): final results from a prospective, pooled analysis of six randomised, phase 3 trials. Lancet Oncol. 2020 Dec;21(12):1620-1629. doi: 10.1016/S1470-2045(20)30527-1.
- Di Narzo AF, Tejpar S, Rossi S, Yan P, Popovici V, Wirapati P, Budinska E, Xie T, Estrella H, Pavlicek A, Mao M, Martin E, Scott W, Bosman FT, Roth A, Delorenzi M. Test of four colon cancer risk-scores in formalin fixed paraffin embedded microarray gene expression data. J Natl Cancer Inst. 2014 Sep 22;106(10):dju247. doi: 10.1093/jnci/dju247. Print 2014 Oct.
- Auclin E, Zaanan A, Vernerey D, Douard R, Gallois C, Laurent-Puig P, Bonnetain F, Taieb J. Subgroups and prognostication in stage III colon cancer: future perspectives for adjuvant therapy. Ann Oncol. 2017 May 1;28(5):958-968. doi: 10.1093/annonc/mdx030.
- Okuno K, Kandimalla R, Mendiola M, Balaguer F, Bujanda L, Fernandez-Martos C, Aparicio J, Feliu J, Tokunaga M, Kinugasa Y, Maurel J, Goel A. A microRNA signature for risk-stratification and response prediction to FOLFOX-based adjuvant therapy in stage II and III colorectal cancer. Mol Cancer. 2023 Jan 20;22(1):13. doi: 10.1186/s12943-022-01699-2. No abstract available.
- Zhang JX, Song W, Chen ZH, Wei JH, Liao YJ, Lei J, Hu M, Chen GZ, Liao B, Lu J, Zhao HW, Chen W, He YL, Wang HY, Xie D, Luo JH. Prognostic and predictive value of a microRNA signature in stage II colon cancer: a microRNA expression analysis. Lancet Oncol. 2013 Dec;14(13):1295-306. doi: 10.1016/S1470-2045(13)70491-1. Epub 2013 Nov 13.
- Gray RG, Quirke P, Handley K, Lopatin M, Magill L, Baehner FL, Beaumont C, Clark-Langone KM, Yoshizawa CN, Lee M, Watson D, Shak S, Kerr DJ. Validation study of a quantitative multigene reverse transcriptase-polymerase chain reaction assay for assessment of recurrence risk in patients with stage II colon cancer. J Clin Oncol. 2011 Dec 10;29(35):4611-9. doi: 10.1200/JCO.2010.32.8732. Epub 2011 Nov 7.
- Zhang M, Chen C, Lu Z, Cai Y, Li Y, Zhang F, Liu Y, Chen S, Zhang H, Yang S, Gen H, Jiang Y, Ning C, Huang J, Wang W, Fan L, Zhang Y, Jin M, Han J, Xiong Z, Cai M, Liu J, Huang C, Yang X, Xu B, Li H, Li B, Zhu X, Wei Y, Zhu Y, Tian J, Miao X. Genetic Control of Alternative Splicing and its Distinct Role in Colorectal Cancer Mechanisms. Gastroenterology. 2023 Nov;165(5):1151-1167. doi: 10.1053/j.gastro.2023.07.019. Epub 2023 Aug 3.
- Reichling C, Taieb J, Derangere V, Klopfenstein Q, Le Malicot K, Gornet JM, Becheur H, Fein F, Cojocarasu O, Kaminsky MC, Lagasse JP, Luet D, Nguyen S, Etienne PL, Gasmi M, Vanoli A, Perrier H, Puig PL, Emile JF, Lepage C, Ghiringhelli F. Artificial intelligence-guided tissue analysis combined with immune infiltrate assessment predicts stage III colon cancer outcomes in PETACC08 study. Gut. 2020 Apr;69(4):681-690. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319292. Epub 2019 Nov 28.
Studie record data
Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.
Bestudeer belangrijke data
Studie start (Werkelijk)
21 juni 2024
Primaire voltooiing (Geschat)
18 juni 2028
Studie voltooiing (Geschat)
18 juni 2028
Studieregistratiedata
Eerst ingediend
3 november 2025
Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria
5 november 2025
Eerst geplaatst (Werkelijk)
10 november 2025
Updates van studierecords
Laatste update geplaatst (Werkelijk)
7 juli 2026
Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria
6 juli 2026
Laatst geverifieerd
1 juli 2026
Meer informatie
Termen gerelateerd aan deze studie
Trefwoorden
Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden
Andere studie-ID-nummers
- 23228/SPLICE
Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)
Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?
NEE
Beschrijving IPD-plan
De voor de studie verzamelde gegevens zullen na publicatie beschikbaar worden gesteld aan anderen, inclusief geanonimiseerde deelnemersgegevens, via een ondertekende data access overeenkomst en naar goeddunken van de onderzoekers na goedkeuring van het voorgestelde gebruik van dergelijke gegevens.
Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel
Nee
Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct
Nee
Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .