Splicing-pohjainen ennakoiva oppiminen yksilöllisen kemoterapian arvioinnissa paksusuolen syövässä (SPLICE)
maanantai 6. heinäkuuta 2026 päivittänyt: City of Hope Medical Center
Splicing-pohjainen ennakoiva oppiminen yksilöllisen kemoterapian arvioinnissa paksusuolen syövässä (SPLICE)
Suolistosyöpä (CRC) on edelleen yksi maailmanlaajuisesti johtavista syöpään liittyvistä kuolinsyistä. Vaikka adjuvantti kemoterapia parantaa selviytymistä parantavan leikkauksen jälkeen, sen teho vaihtelee laajasti potilaiden kesken. Luotettavien ennustavien biomarkkereiden puute johtaa usein liialliseen hoitoon tai riittämättömään hoitoon.
Tämän tutkimuksen tavoitteena on kehittää koneoppimiseen perustuva ennustemalli adjuvantin kemoterapian vastaukseen käyttämällä kasvaimesta peräisin olevia vaihtoehtoisia silmukointimerkkejä.
Integroimalla RNA-sekvensointitietoja, silmukointimuotoja ja kliinistä lopputuloksia, tämä tutkimus pyrkii tunnistamaan molekyylitason ennustimia hoidon vastaukseen ja toistumisriskiin leikkauksen jälkeen.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Rekrytointi
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Paksu- ja peräsuolen syöpä (CRC) on edelleen merkittävä maailmanlaajuinen terveyshaitta, ja adjuvantti kemoterapia on vakiintunut hoitotapa parantavan leikkauksen jälkeen. Potilaiden vasteet hoitoon vaihtelevat kuitenkin laajasti, eikä tällä hetkellä ole validoitua molekyylimallia, joka ohjaisi adjuvantin hoidon valintaa.
Viimeaikaiset tutkimukset viittaavat siihen, että poikkeava vaihtoehtoinen silmukointi – ei pelkästään geeneissä tapahtuva ilmentyminen – vaikuttaa ratkaisevasti kemoterapian herkkyyteen ja kasvainten uusiutumiseen. Nämä monimutkaiset transkriptomiset vaihtelut jäävät kuitenkin usein huomaamatta standardien erilaistuneiden ilmentymisanalyysien yhteydessä.
ASPAIRE-kehys (Alternative Splicing and Predictive mAchIne learnIng for Response Evaluation) soveltaa kehittynyttä laskennallista mallintamatta RNA-sekvenssien moniulotteisten silmukointipiirteiden tallentamiseen ja niiden muuntamiseen kliinisesti toiminnalliseksi ennusteeksi.
Tässä tutkimushankkeessa tutkijat hyödyntävät koneoppimista ennustamaan adjuvantin kemoterapian vasteita paksu- ja peräsuolen syövässä. Tutkimussuunnitelma toteutetaan kolmessa vaiheessa:
- Vaihtoehtoisten silmukointimallien tunnistaminen, jotka liittyvät adjuvantin kemoterapian vasteeseen RNA-sekvensoinnin ja laskennallisen piirteiden eristämisen kautta.
- Tutkijat kehittävät seuraavaksi testin, joka perustuu käänteistranskriptio-kvantitatiiviseen polymeraasiketjureaktioon (RT-qPCR), ja kouluttavat koneoppimismallin ennustamaan kemoterapian vastetta.
- Tutkijat validoivat testin itsenäisesti. Tätä testiä kutsutaan väliaikaisesti nimellä "SPLICE" (Splicing-based Predictive Learning for Individual Chemotherapy Evaluation in Colorectal Cancer), ja sitä testataan sairaudettoman selviytymisen osalta jopa viiden vuoden ajan hoidon jälkeen.
Tutkimuksen päätteeksi tämä testi on kehitetty ja validoitu auttamaan kliinistä päätöksentekoa ennustamalla sekä sairaudetonta selviytymistä.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
200
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskeluyhteys
- Nimi: Ajay Goel, PhD
- Puhelinnumero: 626-218-3452
- Sähköposti: ajgoel@coh.org
Opiskelupaikat
-
-
California
-
Duarte, California, Yhdysvallat, 91010
- Rekrytointi
- City of Hope Medical Center
-
Ottaa yhteyttä:
- Ajay Goel, PhD
- Puhelinnumero: 626-218-3452
- Sähköposti: ajgoel@coh.org
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Kaksi riippumatonta suolistosyöpäpotilasryhmää, jotka saivat adjuvanttista kemoterapiaa parantavan tarkoituksen leikkauksen jälkeen.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Histologisesti varmennettu vaiheen II-III paksu- ja peräsuolen syöpä (TNM-luokitus, 8. painos)
- Saatu vakiovierresolulääkehoito parantavan leikkauksen jälkeen
- Kasvainkudoksen saatavuus (FFPE tai jäädytetty) ennen solulääkehoitoa
- Riittävät kliiniset tiedot tulosten analysointia varten (uusintauma, eloonjääminen)
- Ikä 18-80 vuotta
Poissulkemiskriteerit:
- Tulehduksellinen suolistosairaus
- Riittämätön RNA-laatu tai suostumuksen puute
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kohdunkaulan syövän ei-vastaajat (Koulutuskohortti)
Ensimmäisen kohortin kolorektaalisyövän toipumattomat potilaat, joilla toistui kolorektaalisyöpä 60 kuukauden kuluessa alkukasvainhoidosta
|
RNA-silpoutumaisomuotojen paneeli, jonka tasoa testataan primaarikasvaimesta peräisin olevissa kudosnäytteissä.
|
|
Paksu- ja peräsuolen syövän vastaajat (koulutuskohortti)
Suolistosyövän sairastaneet, joilla ei toistunut CRC:tä 60 kuukauden kuluessa alkusyövän hoidosta, ensimmäisessä kohortissa
|
RNA-silpoutumaisomuotojen paneeli, jonka tasoa testataan primaarikasvaimesta peräisin olevissa kudosnäytteissä.
|
|
Suolenpään syövän uusiutuneen taudin omaavat ei-vastaajat (Validointikohortti)
Toisen, itsenäisen validointikohortin kolorektaalisen syövän uusiutuneet potilaat, joilla todettiin toistuva CRC 60 kuukauden kuluessa ensisijaisen kasvaimen hoidosta
|
RNA-silpoutumaisomuotojen paneeli, jonka tasoa testataan primaarikasvaimesta peräisin olevissa kudosnäytteissä.
|
|
Paksu- ja peräsuolen syövän vastaajat (Validointikohortti)
Suolistosyövän toisen, itsenäisen validointikohortin vastaajat, jotka eivät saaneet toistuvaa suolistosyöpää 60 kuukauden kuluessa ensisijaisen kasvaimen hoidosta
|
RNA-silpoutumaisomuotojen paneeli, jonka tasoa testataan primaarikasvaimesta peräisin olevissa kudosnäytteissä.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Toistumaton selviytyminen
Aikaikkuna: sairauden hoidon alkamispäivästä kuolinpäivään tai enintään 60 kuukauteen
|
Aika sairauden hoidosta toistuvan paksusuolen syövän kehittymiseen
|
sairauden hoidon alkamispäivästä kuolinpäivään tai enintään 60 kuukauteen
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Kokonaiselossaolo
Aikaikkuna: sairauden hoidon alkamispäivästä kuolinpäivään tai enintään 60 kuukauteen
|
Aika sairauden hoidosta kuolemaan mihin tahansa syyhyn
|
sairauden hoidon alkamispäivästä kuolinpäivään tai enintään 60 kuukauteen
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Tutkijat
- Päätutkija: Ajay Goel, PhD, City of Hope Medical Center
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Dienstmann R, Salazar R, Tabernero J. Personalizing colon cancer adjuvant therapy: selecting optimal treatments for individual patients. J Clin Oncol. 2015 Jun 1;33(16):1787-96. doi: 10.1200/JCO.2014.60.0213. Epub 2015 Apr 27.
- Andre T, Boni C, Navarro M, Tabernero J, Hickish T, Topham C, Bonetti A, Clingan P, Bridgewater J, Rivera F, de Gramont A. Improved overall survival with oxaliplatin, fluorouracil, and leucovorin as adjuvant treatment in stage II or III colon cancer in the MOSAIC trial. J Clin Oncol. 2009 Jul 1;27(19):3109-16. doi: 10.1200/JCO.2008.20.6771. Epub 2009 May 18.
- Andre T, Meyerhardt J, Iveson T, Sobrero A, Yoshino T, Souglakos I, Grothey A, Niedzwiecki D, Saunders M, Labianca R, Yamanaka T, Boukovinas I, Vernerey D, Meyers J, Harkin A, Torri V, Oki E, Georgoulias V, Taieb J, Shields A, Shi Q. Effect of duration of adjuvant chemotherapy for patients with stage III colon cancer (IDEA collaboration): final results from a prospective, pooled analysis of six randomised, phase 3 trials. Lancet Oncol. 2020 Dec;21(12):1620-1629. doi: 10.1016/S1470-2045(20)30527-1.
- Di Narzo AF, Tejpar S, Rossi S, Yan P, Popovici V, Wirapati P, Budinska E, Xie T, Estrella H, Pavlicek A, Mao M, Martin E, Scott W, Bosman FT, Roth A, Delorenzi M. Test of four colon cancer risk-scores in formalin fixed paraffin embedded microarray gene expression data. J Natl Cancer Inst. 2014 Sep 22;106(10):dju247. doi: 10.1093/jnci/dju247. Print 2014 Oct.
- Auclin E, Zaanan A, Vernerey D, Douard R, Gallois C, Laurent-Puig P, Bonnetain F, Taieb J. Subgroups and prognostication in stage III colon cancer: future perspectives for adjuvant therapy. Ann Oncol. 2017 May 1;28(5):958-968. doi: 10.1093/annonc/mdx030.
- Okuno K, Kandimalla R, Mendiola M, Balaguer F, Bujanda L, Fernandez-Martos C, Aparicio J, Feliu J, Tokunaga M, Kinugasa Y, Maurel J, Goel A. A microRNA signature for risk-stratification and response prediction to FOLFOX-based adjuvant therapy in stage II and III colorectal cancer. Mol Cancer. 2023 Jan 20;22(1):13. doi: 10.1186/s12943-022-01699-2. No abstract available.
- Zhang JX, Song W, Chen ZH, Wei JH, Liao YJ, Lei J, Hu M, Chen GZ, Liao B, Lu J, Zhao HW, Chen W, He YL, Wang HY, Xie D, Luo JH. Prognostic and predictive value of a microRNA signature in stage II colon cancer: a microRNA expression analysis. Lancet Oncol. 2013 Dec;14(13):1295-306. doi: 10.1016/S1470-2045(13)70491-1. Epub 2013 Nov 13.
- Gray RG, Quirke P, Handley K, Lopatin M, Magill L, Baehner FL, Beaumont C, Clark-Langone KM, Yoshizawa CN, Lee M, Watson D, Shak S, Kerr DJ. Validation study of a quantitative multigene reverse transcriptase-polymerase chain reaction assay for assessment of recurrence risk in patients with stage II colon cancer. J Clin Oncol. 2011 Dec 10;29(35):4611-9. doi: 10.1200/JCO.2010.32.8732. Epub 2011 Nov 7.
- Zhang M, Chen C, Lu Z, Cai Y, Li Y, Zhang F, Liu Y, Chen S, Zhang H, Yang S, Gen H, Jiang Y, Ning C, Huang J, Wang W, Fan L, Zhang Y, Jin M, Han J, Xiong Z, Cai M, Liu J, Huang C, Yang X, Xu B, Li H, Li B, Zhu X, Wei Y, Zhu Y, Tian J, Miao X. Genetic Control of Alternative Splicing and its Distinct Role in Colorectal Cancer Mechanisms. Gastroenterology. 2023 Nov;165(5):1151-1167. doi: 10.1053/j.gastro.2023.07.019. Epub 2023 Aug 3.
- Reichling C, Taieb J, Derangere V, Klopfenstein Q, Le Malicot K, Gornet JM, Becheur H, Fein F, Cojocarasu O, Kaminsky MC, Lagasse JP, Luet D, Nguyen S, Etienne PL, Gasmi M, Vanoli A, Perrier H, Puig PL, Emile JF, Lepage C, Ghiringhelli F. Artificial intelligence-guided tissue analysis combined with immune infiltrate assessment predicts stage III colon cancer outcomes in PETACC08 study. Gut. 2020 Apr;69(4):681-690. doi: 10.1136/gutjnl-2019-319292. Epub 2019 Nov 28.
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Perjantai 21. kesäkuuta 2024
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Sunnuntai 18. kesäkuuta 2028
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Sunnuntai 18. kesäkuuta 2028
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Maanantai 3. marraskuuta 2025
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Keskiviikko 5. marraskuuta 2025
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Maanantai 10. marraskuuta 2025
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Tiistai 7. heinäkuuta 2026
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Maanantai 6. heinäkuuta 2026
Viimeksi vahvistettu
Keskiviikko 1. heinäkuuta 2026
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 23228/SPLICE
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
IPD-suunnitelman kuvaus
Tutkimukseen kerättyjä tietoja, mukaan lukien tunnistetiedoton osallistujatieto, saatetaan muiden käyttöön julkaisun yhteydessä allekirjoitetun tietosuoja- ja käyttösopimuksen kautta sekä tutkijoiden harkinnan mukaan hyväksytyn tietojen käyttötarkoituksen perusteella.
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .