Estudios Familiares en Cirrosis Biliar Primaria (CBP)

Esta propuesta se basa en datos acumulativos que revelan un papel importante de los factores genéticos en la CBP y la reciente clonación posicional de genes para la enfermedad de Crohn, la diabetes tipo 2 y la artritis reumatoide y psoriásica proporcionan la "prueba de principio" de que los genes de susceptibilidad para enfermedades multigénicas se pueden identificar mediante estrategias de enlace y asociación. Nuestro grupo tiene acceso a más de 600 pacientes con CBP y estos individuos, además de sus familiares, brindan un recurso excelente para el descubrimiento del gen de la CBP. Además, un Consorcio Internacional de PBC que hemos iniciado servirá no solo para validar nuestros hallazgos, sino también como una fuente para la acumulación de pacientes adicionales en caso de que busquemos genes con efectos muy pequeños. Gracias a los notables avances en la tecnología de genotipado y los datos de secuencia que emanan del Proyecto Genoma Humano, las poblaciones de pacientes como la nuestra ahora se pueden minar por completo para identificar genes de susceptibilidad a enfermedades multigénicas comunes. Al combinar los recursos de pacientes de nuestro grupo y el de otros centros canadienses con el conocimiento disponible de la secuencia completa del genoma y la amplia información sobre SNP dentro de esta secuencia, así como nuestra experiencia en genotipado de alto rendimiento y enfoques computacionales rápidos de datos genéticos, están muy bien posicionados para comenzar a delinear los alelos de susceptibilidad para PBC. A medida que se identifiquen dichos alelos, la información se utilizará para definir la fisiopatología molecular de esta enfermedad, para determinar si se pueden utilizar marcadores genéticos para predecir el riesgo y/o estratificar a los pacientes en relación con el pronóstico y la respuesta al fármaco y, en última instancia, para identificar nuevas dianas para mejorar la intervención terapéutica.

Para los fines de este estudio, solo se reclutarán pacientes con un diagnóstico definitivo de CBP, es decir: aquellos que tenían un nivel elevado de fosfatasa alcalina sérica y AMA positivo por ELISA o inmunofluorescencia (> 1/40 título) en el momento de su diagnóstico inicial y que han tenido una biopsia de hígado que confirmó el diagnóstico de CBP. Después de firmar el formulario de consentimiento, los pacientes completarán un cuestionario. Con el permiso del paciente, el coordinador se comunicará con los padres y hermanos del paciente que estén afectados o no por la CBP para pedirles que participen en el estudio. Se tomará un total de cinco tubos de sangre de cada participante en el estudio. Las muestras de sangre se utilizarán para estudiar la bioquímica del hígado y el material genético heredado (ADN) para averiguar qué causa la CBP. Además, vamos a revisar los registros médicos de todos los pacientes con PBC de TWH reclutados para este estudio utilizando los registros que se encuentran en Misys para examinar y verificar su historial médico y quirúrgico, exámenes físicos anteriores, pruebas de laboratorio y tratamientos. También se le pedirá a cada paciente que reclute a miembros del hogar o amigos no relacionados (generalmente cónyuges) que viven localmente para que actúen como controles. Luego serán tratados de manera similar con respecto al formulario de consentimiento, el cuestionario y el análisis de sangre.

El plan es tener aproximadamente 600 pacientes con PBC junto con aproximadamente 1800 de sus familiares y otros voluntarios sanos no relacionados para participar en este estudio, este es un estudio multicéntrico, los sitios son Toronto, Londres y Halifax.

Análisis estadísticos/cálculos de potencia: el uso del análisis de asociación para identificar los alelos de susceptibilidad depende en gran medida del desequilibrio de ligamiento (LD) entre los marcadores SNP y los loci de la enfermedad. Para demostrar hasta qué punto se puede utilizar LD para delimitar los loci de la CBP, nuestro colaborador, el Dr. C. Amos, ha realizado cálculos de la potencia para detectar efectos significativos (en el nivel de p ≤ 0,05) en un análisis de casos y controles asumiendo diferentes cantidades de LD. El Dr. Amos dirige un grupo de genética estadística en el MD Anderson Cancer Center y es un antiguo colaborador de K. Siminovitch. Él y los miembros de su grupo también son asesores estadísticos de varios consorcios de mapeo de enfermedades, como NARAC, un consorcio con sede en EE. UU. para el descubrimiento de genes de la artritis reumatoide. Para estimar el poder de un estudio de asociación para identificar los alelos de susceptibilidad a la CBP, el Dr. Amos utilizó datos de Talwalkar y Lindor, estimando la prevalencia de la CBP en un 0,05 % entre mujeres adultas y un riesgo 15 veces mayor de CBP entre los familiares de primer grado de las personas afectadas. Suponiendo que la frecuencia de mutación para la causalidad de la enfermedad es del 0,1% y también que la CBP es causada por un solo gen, entonces este nivel de riesgo entre los familiares de primer grado afectados implica que la penetración entre los portadores de los alelos de susceptibilidad de la CBP es del 6% y entre los no portadores. ser 0.4%. Sin embargo, un modelo de gen único para PBC es simplista y no es consistente con los datos epidemiológicos disponibles. Si, en cambio, se hace una suposición de 4 loci causantes de la enfermedad y se asigna el riesgo a cada uno de estos loci, entonces el riesgo específico del genotipo sería del 2,6%, el riesgo relativo específico del locus sería un 3,75 más modesto, y el la frecuencia alélica de la enfermedad en los portadores sería del 10%. En los estudios propuestos aquí, comenzaremos estudiando 300 casos y 300 controles para la asociación de PBC con genes candidatos específicos discutidos anteriormente. El poder para detectar asociación en cualquier estudio de casos y controles depende en gran medida de la LD entre la mutación de la enfermedad y los SNP en loci estrechamente vinculados, así como del número de genes estudiados (alrededor de 40). Si asumimos un alto nivel de desequilibrio, siendo el coeficiente de desequilibrio (D') de 0,9 y, para ser conservadores, aplicamos la corrección de Bonferroni para la evaluación simultánea de 40 loci, entonces lograr un 5% de potencia en este estudio requerirá obtener una sola prueba de SNP valor p de 0,00125. Con base en una frecuencia de alelos de enfermedad del 10 % (como se calculó anteriormente) y el análisis de 300 casos y 300 controles, el poder para detectar una asociación entre marcador SNP y enfermedad sería entonces del 84 %. El estudio puede potenciarse aún más aumentando el número de casos y/o controles. Por lo tanto, para conservar los recursos, el genotipado se llevará a cabo inicialmente utilizando 300 casos y 300 controles, pero se genotipificarán 300 controles adicionales para cualquier marcador que muestre resultados significativos al nivel de p=0,01. Los análisis de asociación de todo el genoma también se llevarán a cabo inicialmente en los 300 casos y controles. Sin embargo, debido a que es probable que una pantalla de todo el genoma arroje muchas asociaciones loci-enfermedad falsamente positivas, cualquier loci que muestre asociación al nivel del 5% se confirmará usando un conjunto replicado de 300 casos y controles y/o familias de tríos, una vez que se hayan completado 200 de estos. las familias están disponibles.