Uusien ulosteen mikrobien biomarkkereiden kehittäminen tulehdukselliseen suolistosairauteen

Tulehduksellinen suolistosairaus (IBD), mukaan lukien Crohnin tauti (CD) ja haavainen paksusuolitulehdus (UC), on krooninen idiopaattinen suoliston tulehdustila, joka aiheuttaa ripulia, peräsuolen verenvuotoa, kiireellisyyttä, painon laskua ja vatsakipua. IBD:n luonnolliselle kululle on ominaista aktiivisuusepidemiat ja remissiojaksot.

Endoskopiaa on käytetty taudin seurantaan, mutta se on aikaa vievää, kallista, invasiivista ja siihen liittyy tiettyjä sairastumisriskejä. Monet potilaat ovat haluttomia toistuviin endoskooppisiin tutkimuksiin, varsinkin kun heidän sairautensa on levossa. Akuutin vaiheen reagensseja on käytetty sairauksien seurantaan, mukaan lukien C-reaktiivinen proteiini ja ulosteen leukosyyttimarkkerit, mukaan lukien ulosteen kalprotektiini, mutta niiden herkkyys ja spesifisyys korreloinnissa suoliston tulehdusaktiivisuuteen on alhainen. Kliininen haaste potilaan heterogeenisyydestä sairauden fenotyypissä ja vasteessa hoitoon on vaikeuttanut sairauteen liittyvien biomarkkerien löytämistä. IBD:ssä on jatkuvasti raportoitu muuttuneita ulosteen mikrobiotan tunnusmerkkejä, joihin sisältyi biologisen monimuotoisuuden väheneminen Firmicutes-bakteerien alhaisemmilla osuuksilla ja lisääntyminen Proteobacteria- ja Bacteroidetes-suvun jäsenten määrässä. Lisäksi yleinen bakteerien monimuotoisuus on jatkuvasti pienentynyt IBD-potilailla verrokkeihin verrattuna. Vaikka useiden ulosteen biomarkkereiden käyttökelpoisuus IBD:n taudin diagnosoinnissa on arvioitu, mikään ei ole tähän mennessä ollut riittävän tarkka kliiniseen käyttöön. Siksi ei-invasiivisen biomarkkerin tunnistaminen ja validointi, jota voidaan helposti soveltaa sairauksien diagnosoinnissa ja ennusteissa, on perusteltua tarjota aikaisempi mahdollisuus puuttua asiaan.

Tässä tutkimuksessa tavoitteena on kehittää metagenomiikkaan perustuva malli käyttämällä ulosteen mikrobibiomarkkereita IBD-potilaiden erottamiseksi terveistä kontrolleista ja sitten validoida nämä ulosteen mikrobien biomarkkerit eri populaatioissa.

Tämä on poikkileikkauksellinen monikeskustutkimus. Jokaisesta keskuksesta rekrytoidaan kaksi tutkimusryhmää, IBD-potilaat (tapaukset) ja terveet koehenkilöt (kontrollit). Jokainen keskus tarjoaa ulostenäytteet 80-100 Crohnin taudista, 80-100 haavaisesta paksusuolentulehduksesta ja 80-100 kontrollista. Keräämme jokaiselta koehenkilöltä kliinisiä tietoja ja ulostenäytteen. Ulosteen mikrobiston koostumusta verrataan tapausten ja kontrollien välillä. Bakteerien biomarkkerien runsaus arvioidaan ja diagnostisen mallin tehokkuus validoidaan.