Un biodépôt pour les maladies coronariennes au Qatar (QCBio)

INTRODUCTION:

La prédiction des événements de maladie coronarienne (CHD) est basée sur les facteurs de risque conventionnels d'athérosclérose tels que l'âge, le sexe, la tension artérielle, le diabète, les taux de lipides et le statut tabagique. Étant donné que ces facteurs de risque sont répandus dans une grande partie de la population, les algorithmes de prédiction du risque disponibles manquent de la sensibilité et de la spécificité souhaitées. Par exemple, Cooper et al ont montré que les algorithmes prédisaient correctement seulement environ 11 % des événements coronariens survenant dans les 10 ans. Ainsi, il est urgent de développer et de valider de nouveaux biomarqueurs pour la détection précoce de la maladie et une stratification plus précise des risques. Selon les estimations de l'Organisation mondiale de la santé (OMS), les maladies cardiovasculaires seront la principale cause de morbidité et de mortalité d'ici 2020. Les pays en développement, y compris les États du Golfe, seront les principaux contributeurs à cette augmentation des décès et des invalidités. Un récent rapport de McKinsey & Company prévoit que la région du Golfe sera confrontée à une augmentation sans précédent et sans précédent de la demande de soins de santé au cours des deux prochaines décennies, avec des dépenses de santé totales estimées à 60 milliards de dollars US en 2025, contre 12 milliards de dollars américains aujourd'hui.

La connaissance de nouveaux marqueurs génétiques et protéomiques fournira des estimations plus précises du risque tout en définissant les voies importantes chez les patients individuels, en révélant de nouvelles cibles d'intervention et en permettant finalement une approche individualisée des soins. Un biodépôt d'échantillons d'acide désoxyribonucléique (ADN), de sérum et de plasma permettra d'étudier la pathogenèse de la coronaropathie chez les adultes qatariens et fournira une ressource inestimable pour la recherche cardiovasculaire préventive et le développement de biomarqueurs pour la détection précoce de la coronaropathie.

SIGNIFICATION Des progrès significatifs ont été réalisés récemment dans l'identification des variants de susceptibilité génétique ainsi que des marqueurs protéomiques circulants de la maladie vasculaire athéroscléreuse. Cependant, la généralisation de ces résultats aux patients appartenant à divers groupes ethniques n'est pas claire. Pour traduire les progrès récents de la génomique et de la protéomique dans la pratique clinique, ces biomarqueurs nouvellement découverts devront être évalués chez des patients de divers groupes ethniques présentant des caractéristiques, des facteurs environnementaux et une utilisation de médicaments variés. Les chercheurs proposent d'établir un biodépôt de plasma et d'ADN lié à des variables démographiques et cliniques pour faciliter les études de biomarqueurs sur le risque, la progression et les résultats de la maladie coronarienne. L'objectif primordial du développement du Qatar Cardiovascular Biorepository (QCBio) est de créer une ressource qui favorise la recherche visant à identifier de nouveaux marqueurs biochimiques et génétiques de la coronaropathie.

CONCEPTION ET MÉTHODES DE RECHERCHE :

Les enquêteurs tirent parti des ressources suivantes disponibles pour cette proposition :

1. L'infrastructure et les schémas d'orientation des patients du laboratoire de cathétérisme cardiaque de l'hôpital Hamad, à Doha, au Qatar, où plusieurs milliers de patients sont vus chaque année pour une coronarographie et une intervention coronarienne percutanée ;
2. Le dossier médical électronique (DME) de l'hôpital Hamad qui comprend les facteurs de risque, la pharmacothérapie, les données de laboratoire pertinentes et le statut vital ; et
3. Une équipe d'investigation multidisciplinaire avec une expérience et une expertise significatives dans la science des biodépôts, y compris les implications éthiques, juridiques et sociales (ELSI), les systèmes de gestion des informations de laboratoire, l'informatique et l'exploration du DME pour annoter les biospécimens avec des covariables cliniques pertinentes.

BUTS ET OBJECTIFS SPECIFIQUES :

1. Établir un biodépôt d'ADN et de plasma (QCBio) de cas qatariens de CHD et de témoins appariés selon l'ethnie pour permettre l'étude de biomarqueurs génomiques et protéomiques pour la détection et le pronostic précoces ainsi que l'identification de nouvelles cibles pour le développement de médicaments.
2. Annotez le biodépôt avec a) des variables démographiques, de laboratoire et cliniques dérivées du DME à l'aide d'algorithmes de phénotypage électronique, et b) des informations détaillées concernant les antécédents de maladies cardiovasculaires et les facteurs de risque dérivés d'enquêtes auprès des sujets de l'étude.
3. Développer des processus pour promouvoir l'utilisation du biodépôt par les enquêteurs qatariens en facilitant l'accès au biodépôt pour la recherche de biomarqueurs, tout en maintenant les normes éthiques les plus élevées en mettant l'accent sur la confidentialité des patients et la gestion des biospécimens.
4. Suivi du recrutement : un programme de numérotation des patients (PNP) est utilisé pour anonymiser les sujets inscrits à l'étude et suivre le recrutement des patients. Le programme contient des informations démographiques et un numéro d'identification personnel (NIP) attribué à chaque participant.

Consentement : les sujets potentiels sont identifiés par les coordinateurs de l'étude après examen des horaires du laboratoire de cathétérisme (laboratoire de cathétérisme) et de la banque de sang. Le coordinateur de l'étude explique le formulaire de consentement et le questionnaire de l'étude à chaque participant. Dans la mesure du possible, les enquêteurs tentent de prélever des échantillons de sang à jeun avant de recevoir tout traitement et d'éviter le fardeau d'une ponction veineuse supplémentaire. Pour ceux qui sont éligibles, le coordinateur de l'étude fournira les détails concernant les objectifs de l'étude, les risques et les avantages potentiels de la participation, le stockage, l'utilisation future et la confidentialité des échantillons. De plus, le coordinateur de l'étude informe les participants de l'absence de bénéfice immédiat pour la santé et de leur droit de se retirer de l'étude à tout moment après leur consentement.

Prélèvement et traitement des échantillons de sang : Vingt-cinq millilitres de sang sont prélevés au moment d'une procédure au laboratoire de cathétérisme, lors de l'admission à l'unité de soins coronariens (USC) ou au moment du don de sang. Les échantillons sont prélevés dans la zone d'étude spéciale à proximité du laboratoire de cathétérisme/CCU et de la banque de sang, respectivement. Le sang est prélevé dans les tubes de prélèvement appropriés, étiquetés avec un numéro d'identification de code-barres généré par l'hôpital et envoyé au laboratoire de génétique moléculaire.

Surveillance du congélateur : Toutes les températures du congélateur sont surveillées 24 heures sur 24 par une combinaison d'installations de gestion de projet et de la sécurité de Hamad Medical Corporation (HMC).

Assurance qualité : Une manipulation précise des échantillons est obtenue en respectant les procédures opérationnelles normalisées (SOP) en suivant les normes générales d'assurance et de contrôle de la qualité du laboratoire.

Suivi des échantillons : Le suivi des échantillons sera effectué par un programme de système de gestion de l'information de laboratoire (LIMS) qui est actuellement utilisé par le groupe de recherche du chercheur principal.

Confidentialité du patient : les enquêteurs utiliseront des fonctionnalités informatiques et de sécurité des données pour préserver la confidentialité du patient. Le programme de numérotation des patients (PNP) sera utilisé pour anonymiser les patients inscrits au QCBio et pour suivre les patients après leur recrutement.

Problèmes éthiques, juridiques et réglementaires dans les biodépôts d'ADN : le formulaire de consentement comprend des cases à cocher distinctes pour demander l'autorisation de collecter du plasma et d'utiliser l'ADN dans des études sur diverses maladies et de transmettre des échantillons à des chercheurs collaborateurs. La mise en banque d'échantillons biologiques soulève de nouvelles préoccupations concernant la confidentialité et le consentement d'un patient.

Informatique : L'informatique et la sécurité des données sont des composants essentiels d'un biodépôt et la clé pour tirer parti de la puissance des biodépôts. QCBio sera lié à plusieurs bases de données.

Questionnaire d'étude : Les enquêteurs utilisent un questionnaire pour recueillir des informations concernant les informations sociodémographiques, les antécédents cardiovasculaires, l'activité physique, le mode de vie, les informations médicales passées et les antécédents familiaux. Les données seront extraites du questionnaire par numérisation ou saisie manuelle.

Annotation d'échantillons avec des données cliniques : les enquêteurs utilisent le visualiseur de DME de l'hôpital Hamad en plus des bases de données de laboratoire pour annoter le biodépôt avec des variables cliniques pertinentes.

Détermination des facteurs de risque : Les chercheurs vérifient les facteurs de risque cardiovasculaires conventionnels, notamment l'hypertension, le diabète et la dyslipidémie. Le DME et les données d'enquête seront utilisés pour établir la présence des facteurs de risque suivants d'athérosclérose : tabagisme, diabète, hypertension, dyslipidémie et obésité. Les enquêteurs utilisent un examen manuel ciblé des dossiers papier et du DME en parallèle avec l'accès aux ensembles de données électroniques pour les valeurs de laboratoire, les médicaments et les codes de diagnostic.

Gestion des échantillons biologiques et accès au biodépôt : les chercheurs développeront des protocoles pour permettre aux chercheurs d'exploiter les ensembles de données associés aux spécimens, d'assurer la conformité aux directives réglementaires, d'encourager la collaboration entre les chercheurs du Qatar, du Golfe et de Mayo et d'améliorer la productivité de la recherche. Les chercheurs fourniront un programme d'espace de travail de gestion de l'information flexible, robuste, sécurisé et validé pour gérer les échantillons biologiques. Les spécimens mis en banque seront disponibles pour les chercheurs dont les protocoles ont été approuvés par l'IRB et priorisés par le comité d'examen scientifique.

Suivi de l'utilisation des échantillons : pour maximiser l'utilisation des échantillons biologiques, l'investigateur utilisera le LIMS pour suivre tous les échantillons reçus en attribuant une identification unique à tous les tubes d'entrée (tubes d'échantillon) et de sortie (ADN/plasma/globules blancs) et enregistrer le mouvement de l'échantillon , transformation, création et consommation. Un analyste informatique désigné assurera la maintenance et la gestion du système.

Accès à l'information : Seuls les membres de l'équipe de recherche auront accès aux données de recherche. Les participants seront identifiés par des numéros de code uniquement dans la base de données et dans les transcriptions ; toutes les données sont suivies dans des bases de données par des numéros d'étude anonymes mais pouvant être reliés. Aucune information identifiable ne sera divulguée en dehors de l'étude.

Stratégie pour la poursuite du projet : L'objectif à long terme de l'équipe de recherche est de créer une ressource permettant la découverte de variants de susceptibilité génétique et de nouveaux marqueurs circulants de coronaropathie, permettant ainsi une évaluation individualisée du risque de coronaropathie, l'une des principales causes de décès et de morbidité chez les Qatar. La création du biodépôt est la première étape nécessaire pour comprendre la génomique et la protéomique de la coronaropathie chez les individus qatariens.