Interactions cellule immunitaire pulmonaire-microbiome dans le SDRA (ILLUMINA-1)

Contexte L'hyperinflammation pulmonaire avec invasion de neutrocytes et de macrophages et la déplétion des lymphocytes T sont des caractéristiques courantes du syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), mais il reste à déterminer si les lymphocytes T dans les poumons des patients atteints de SDRA sont hyperactivés et/ou épuisés, et dans quelle mesure cela contribue à l'invasion des neutrocytes et donc à la destruction du tissu pulmonaire. De plus, le microbiome pulmonaire a montré une réduction de la diversité et des interactions dans le SDRA, ce qui peut être important pour le fonctionnement normal des cellules T. À l'heure actuelle, les interactions cellule immunitaire-microbiome et leur relation avec la gravité et la progression de la maladie n'ont pas encore été étudiées dans le SDRA.

Conception globale Chez 20 patients ventilés mécaniquement avec un SDRA non à léger et 20 avec un SDRA non COVID-19 modéré à sévère selon la définition de Berlin, une aspiration endotrachéale et un liquide BAL (BALF) provenant de segments pulmonaires séparés seront obtenus. De plus, un écouvillon buccal et nasal et des échantillons de sang seront prélevés. Cela se fera dans les 72 heures suivant l'intubation, et de nouveau après 7 à 10 jours si le patient est toujours intubé.

Dossier de santé électronique du patient Sont obtenus après l'inclusion : les codes de diagnostic et les médicaments (type et posologie, y compris les vasopresseurs et les sédatifs), et l'historique du tabagisme (fumeur actuel/précédent/n'ayant jamais fumé ; années de conditionnement) ; heure d'admission ; tension artérielle, rythme cardiaque et fréquence cardiaque, température, réglages du ventilateur, soins de support (dialyse, ECMO), résultats des tests sanguins à l'admission et les jours d'étude (numération globulaire, paramètres de coagulation, bilan rénal, hépatique et électrolytique ; artériel et mélange de gaz sanguins veineux); scores cliniques à l'admission et les jours d'étude (SAPS3, APACHE II, SOFA), décès dans les 30 jours

Prélèvement sanguin Des échantillons de sang artériel sont prélevés sur le cathéter artériel invasif du patient (inséré à l'admission aux soins intensifs à des fins cliniques : pour la surveillance continue de la pression artérielle invasive et la collecte répétée des gaz du sang artériel) immédiatement avant le prélèvement BALF.

Bronchoscopie avec collecte BALF Cette procédure est réalisée de manière standardisée selon les directives cliniques en vigueur. Immédiatement avant la procédure, un écouvillon oral, un écouvillon nasal et une aspiration endotrachéale (ETA) sont obtenus. La FIO2 est ensuite augmentée à 1,0 et la procédure de bronchoscopie est réalisée à l'aide d'un vidéoscope jetable d'un diamètre extérieur de 5,0 mm). Trois aliquotes successives de 50 ml de solution saline isotonique préchauffée (37 ° C) sont instillées dans le segment médial du lobe moyen droit, aspirées immédiatement avec une faible pression d'aspiration négative (< 100 cm H2O) et regroupées dans un récipient en verre stérile sur de la glace pour obtenir un spécimen BALF.

Ensuite, un mini-BAL est réalisé dans le lobe supérieur et inférieur du poumon droit avec une seule installation de 20 ml de solution saline isotonique dans chaque lobe avec aspiration immédiate dans un récipient stérile.

Mesures La composition de la population de cellules immunitaires, ainsi que la fonction et la différenciation de diverses lignées cellulaires seront étudiées par séquençage d'ARN unicellulaire (scRNA-seq) sur des cellules immunitaires sélectionnées de BALF, ETA et de sang, et ce sera complété par un séquençage d'ARN en vrac avec code-barres d'échantillons et multiplexage, donnant un modèle d'expression détaillé de tous les échantillons.

La composition du microbiome dans le BALF, l'ETA et les écouvillons oraux sera évaluée par séquençage d'amplicon ciblé des régions hyper-variables 1 à 3 de la sous-unité 16S du gène de l'ARN ribosomal pour les bactéries.

Les analyses statistiques seront effectuées à l'aide du logiciel statistique R version 4.1.1 (R Project for Statistical Computing) dans le logiciel statistique RStudio version 1.4.1717 (RStudio), et p<0,05 considéré comme statistiquement significatif. L'inspection de la normalité et de l'homogénéité de la variance se fera en créant qq-plots et histogrammes. Les outils d'inférence statistique SPIEC-EASI et HeatMaps seront utilisés, et sur la base d'analyses corrélationnelles, des analyses en composantes principales, y compris une analyse de cluster non hiérarchique, seront appliquées pour identifier les traits dans les deux groupes.