Interakcje komórek odpornościowych płuc z mikrobiomem w ARDS (ILLUMINA-1)

Wstęp Hiperzapalenie płuc z inwazją neutrocytów i makrofagów oraz zmniejszenie liczby limfocytów T są częstymi cechami zespołu ostrej niewydolności oddechowej (ARDS), ale pozostaje do wyjaśnienia, czy limfocyty T w płucach pacjentów z ARDS są nadmiernie aktywowane i/lub wyczerpane, oraz w jakim stopniu przyczynia się to do inwazji neutrocytów, a tym samym do zniszczenia tkanki płucnej. Ponadto mikrobiom płucny wykazał zmniejszenie różnorodności i interakcji w ARDS, co może być ważne dla prawidłowego funkcjonowania limfocytów T. Obecnie interakcje między komórkami odpornościowymi a mikrobiomem i ich związek z ciężkością i postępem choroby nie były jeszcze badane w ARDS.

Ogólny projekt U 20 wentylowanych mechanicznie pacjentów z ARDS bez COVID-19 o nasileniu od umiarkowanego do ciężkiego i 20 z ARDS o nasileniu umiarkowanym do ciężkiego zgodnie z definicją berlińską zostanie pobrana aspirat z tchawicy i płyn BAL (BALF) z oddzielnych segmentów płuc. Ponadto zostanie pobrany wymaz z jamy ustnej i nosa oraz próbki krwi. Zostanie to zrobione w ciągu 72 godzin po intubacji i ponownie po 7-10 dniach, jeśli pacjent jest nadal zaintubowany.

Elektroniczna karta zdrowia pacjenta Po włączeniu uzyskuje się: kody diagnostyczne i leki (rodzaj i dawkowanie, w tym środki wazopresyjne i uspokajające) oraz historię palenia (obecny/poprzedni/nigdy niepalący; paczkomaty); czas przyjęcia; ciśnienie krwi, rytm i częstość akcji serca, temperatura, ustawienia respiratora, leczenie podtrzymujące (dializy, ECMO), wyniki badań krwi przy przyjęciu i w dniach badania (morfologia krwi, parametry krzepnięcia, panel nerkowy, wątrobowy, elektrolitowy; gazometria mieszana z krwi żylnej); wyniki kliniczne przy przyjęciu iw dniach badania (SAPS3, APACHE II, SOFA), zgon w ciągu 30 dni

Pobieranie krwi Próbki krwi tętniczej pobiera się z inwazyjnego cewnika tętniczego pacjenta (wkładanego przy przyjęciu na OIOM w celach klinicznych: do ciągłego inwazyjnego monitorowania ciśnienia tętniczego i powtarzanego gazometrii krwi tętniczej) bezpośrednio przed pobraniem BALF.

Bronchoskopia z pobraniem BALF Procedura ta jest wykonywana w sposób wystandaryzowany zgodnie z aktualnymi wytycznymi klinicznymi. Bezpośrednio przed zabiegiem pobierany jest wymaz z jamy ustnej, nosa oraz aspirat z tchawicy (ETA). Następnie zwiększa się FIO2 do 1,0 i wykonuje się zabieg bronchoskopii przy użyciu wideoskopu jednorazowego użytku o średnicy zewnętrznej 5,0 mm). Trzy kolejne 50-ml podwielokrotności wstępnie ogrzanej (37°C) izotonicznej soli fizjologicznej wkrapla się do przyśrodkowego odcinka prawego płata środkowego, natychmiast odsysa przy niskim ujemnym ciśnieniu ssania (< 100 cm H2O) i umieszcza w sterylnym szklanym pojemniku na lodzie aby uzyskać próbkę BALF.

Następnie wykonuje się mini-BAL w górnym i dolnym płacie prawego płuca z jednorazową instalacją 20 ml izotonicznej soli fizjologicznej w każdym płacie z natychmiastową aspiracją do sterylnego pojemnika.

Pomiary Skład populacji komórek odpornościowych, a także funkcja i różnicowanie różnych linii komórkowych zostaną zbadane poprzez sekwencjonowanie RNA pojedynczej komórki (scRNA-seq) na wybranych komórkach odpornościowych z BALF, ETA i krwi, a to będzie uzupełnione przez masowe sekwencjonowanie RNA z kodowaniem kreskowym próbek i multipleksowaniem, dając szczegółowy wzór ekspresji wszystkich próbek.

Skład mikrobiomu BALF, ETA i wymazów z jamy ustnej zostanie oceniony przez ukierunkowane sekwencjonowanie amplikonów regionów hiperzmiennych od 1 do 3 podjednostki 16S rybosomalnego genu RNA dla bakterii.

Analizy statystyczne zostaną przeprowadzone przy użyciu oprogramowania statystycznego R w wersji 4.1.1 (R Project for Statistical Computing) w oprogramowaniu statystycznym RStudio w wersji 1.4.1717 (RStudio), a p<0,05 uznano za statystycznie istotne. Kontrola normalności i jednorodności wariancji zostanie przeprowadzona poprzez utworzenie wykresów qq i histogramów. Wykorzystane zostaną narzędzia do wnioskowania statystycznego SPIEC-EASI i HeatMaps, aw oparciu o analizy korelacyjne zostaną zastosowane analizy głównych składowych, w tym niehierarchiczna analiza skupień, w celu zidentyfikowania cech w obu grupach.