Interações do microbioma da célula imune pulmonar na SDRA (ILLUMINA-1)

Antecedentes A hiperinflamação pulmonar com invasão de neutrócitos e macrófagos e depleção de células T são características comuns da síndrome do desconforto respiratório agudo (SDRA), mas ainda não foi elucidado se as células T nos pulmões de pacientes com SDRA estão hiperativadas e/ou esgotadas, e até que ponto isso contribui para a invasão de neutrócitos e, portanto, a destruição do tecido pulmonar. Além disso, o microbioma pulmonar mostrou uma redução na diversidade e nas interações na SDRA, o que pode ser importante para a função normal das células T. Atualmente, as interações células imunes-microbioma e sua relação com a gravidade e progressão da doença ainda não foram estudadas na SDRA.

Desenho geral Em 20 pacientes ventilados mecanicamente com SDRA não a leve e 20 com SDRA não COVID-19 moderada a grave, de acordo com a definição de Berlim, será obtido um aspirado endotraqueal e líquido BAL (BALF) de segmentos pulmonares separados. Além disso, um swab oral e nasal e amostras de sangue serão coletados. Isso será feito dentro de 72 horas após a intubação e novamente após 7 a 10 dias se o paciente ainda estiver intubado.

Prontuário eletrônico do paciente Obtém-se após a inclusão: códigos de diagnóstico e medicamentos (tipo e dosagem, incluindo vasopressores e sedativos) e histórico de tabagismo (fumante atual/anterior/nunca; anos maço); tempo de admissão; pressão arterial, ritmo cardíaco e freqüência cardíaca, temperatura, configurações do ventilador, cuidados de suporte (diálise, ECMO), resultados de exames de sangue na admissão e nos dias do estudo (contagem de células sanguíneas, parâmetros de coagulação, painel renal, hepático e eletrolítico; arterial e gasometria venosa mista); escores clínicos na admissão e nos dias do estudo (SAPS3, APACHE II, SOFA), óbito em 30 dias

Amostragem de sangue Amostras de sangue arterial são coletadas do cateter arterial invasivo do paciente (inserido na admissão na UTI para fins clínicos: para monitoramento contínuo da pressão arterial invasiva e coleta repetida de gases sanguíneos arteriais) imediatamente antes da coleta do LBA.

Broncoscopia com coleta de BALF Este procedimento é realizado de forma padronizada de acordo com as diretrizes clínicas atuais. Imediatamente antes do procedimento, são obtidos um swab oral, um swab nasal e um aspirado endotraqueal (ETA). A FIO2 é então aumentada para 1,0 e o procedimento de broncoscopia é realizado usando um videoscópio descartável com diâmetro externo de 5,0 mm). Três alíquotas sucessivas de 50 ml de solução salina isotônica pré-aquecida (37°C) são instiladas no segmento medial do lobo médio direito, aspiradas imediatamente com baixa pressão de sucção negativa (< 100 cm H2O) e reunidas em um recipiente de vidro estéril no gelo para obter uma amostra BALF.

Em seguida é realizado um mini-BAL no lobo superior e inferior do pulmão direito com instalação única de 20 ml de soro fisiológico isotônico em cada lobo com aspiração imediata para recipiente estéril.

Medições A composição da população de células imunes, bem como a função e diferenciação de várias linhagens celulares serão investigadas por sequenciamento de RNA de célula única (scRNA-seq) em células imunes selecionadas de BALF, ETA e sangue, e isso será complementado por sequenciamento de RNA em massa com código de barras de amostra e multiplexação, fornecendo um padrão de expressão detalhado de todas as amostras.

A composição do microbioma em BALF, ETA e swabs orais será avaliada por sequenciamento de amplicon direcionado das regiões hipervariáveis ​​1 a 3 da subunidade 16S do gene de RNA ribossômico para bactérias.

As análises estatísticas serão realizadas usando o software estatístico R versão 4.1.1 (R Project for Statistical Computing) dentro do software estatístico RStudio versão 1.4.1717 (RStudio), e p<0,05 considerado estatisticamente significativo. A inspeção da normalidade e da homogeneidade da variância será feita por meio da criação de qq-plots e histogramas. Serão utilizadas as ferramentas de inferência estatística SPIEC-EASI e HeatMaps e, a partir de análises correlacionais, análises de componentes principais, incluindo análise não hierárquica de agrupamentos, serão aplicadas para identificar características nos dois grupos.