Взаимодействия легочных иммунных клеток и микробиома при ОРДС (ILLUMINA-1)

Гипервоспаление легких с инвазией нейтроцитов и макрофагов и истощением Т-клеток являются общими признаками острого респираторного дистресс-синдрома (ОРДС), но еще предстоит выяснить, являются ли Т-клетки в легких пациентов с ОРДС гиперактивированными и/или истощенными, и в какой степени это способствует инвазии нейтроцитов и, таким образом, разрушению легочной ткани. Кроме того, легочный микробиом показал снижение разнообразия и взаимодействий при ОРДС, что может быть важно для нормальной функции Т-клеток. В настоящее время взаимодействия иммунных клеток и микробиома и их связь с тяжестью и прогрессированием заболевания при ОРДС еще не изучены.

Общий дизайн У 20 пациентов с механической вентиляцией лёгких и 20 с умеренными и тяжёлыми ОРДС, не связанными с COVID-19, согласно берлинскому определению, будет получен эндотрахеальный аспират и БАЛ жидкость (БАЛ) из отдельных сегментов лёгких. Кроме того, будут взяты мазки из полости рта и носа и образцы крови. Это будет сделано в течение 72 часов после интубации и повторно через 7-10 дней, если пациент все еще интубирован.

Электронная медицинская карта пациента После включения получают: коды диагнозов и лекарств (тип и дозировка, включая вазопрессоры и седативные средства), а также историю курения (текущий/предыдущий/никогда не куривший; пачка лет); время приема; кровяное давление, сердечный ритм и частота сердечных сокращений, температура, параметры ИВЛ, поддерживающая терапия (диализ, ЭКМО), результаты анализов крови при поступлении и в дни исследования (количество клеток крови, показатели свертывания крови, почечная, печеночная и электролитная панель; артериальная и смешанные газы венозной крови); клинические баллы при поступлении и в дни исследования (SAPS3, APACHE II, SOFA), смерть в течение 30 дней

Забор крови Образцы артериальной крови берут из инвазивного артериального катетера пациента (вставленного при поступлении в отделение интенсивной терапии для клинических целей: для непрерывного инвазивного мониторинга артериального давления и повторного сбора газов артериальной крови) непосредственно перед сбором ЖБАЛ.

Бронхоскопия с забором ЖБАЛ Эта процедура выполняется стандартно в соответствии с действующими клиническими рекомендациями. Непосредственно перед процедурой берут мазок из полости рта, мазок из носа и эндотрахеальный аспират (ЭТА). Затем ФИО2 повышают до 1,0 и проводят процедуру бронхоскопии с использованием одноразового видеоскопа с наружным диаметром 5,0 мм). Три последовательные аликвоты по 50 мл подогретого (37°C) изотонического раствора закапывают в медиальный сегмент правой средней доли, немедленно аспирируют при низком отрицательном давлении всасывания (< 100 см H2O) и объединяют в стерильный стеклянный контейнер на льду. для получения образца БАЛ.

После этого проводят мини-БАЛ в верхней и нижней доле правого легкого с однократной инсталляцией по 20 мл изотонического раствора в каждую долю с немедленной аспирацией в стерильный контейнер.

Измерения Состав популяции иммунных клеток, а также функция и дифференцировка различных клеточных линий будут исследованы с помощью секвенирования одноклеточной РНК (scRNA-seq) на выбранных иммунных клетках из ЖБАЛ, ЭТА и крови, и это будет дополнено объемным секвенированием РНК со штрих-кодированием и мультиплексированием образцов, что дает подробную картину экспрессии всех образцов.

Состав микробиома в BALF, ETA и оральных мазках будет оцениваться путем целевого секвенирования ампликонов гипервариабельных областей с 1 по 3 субъединицы 16S гена рибосомной РНК бактерий.

Статистический анализ будет выполняться с использованием статистического программного обеспечения R версии 4.1.1. (Проект R для статистических вычислений) в статистическом программном обеспечении RStudio версии 1.4.1717 (RStudio), а p<0,05 считается статистически значимым. Проверка нормальности и однородности дисперсии будет выполняться путем создания qq-графиков и гистограмм. Будут использоваться инструменты статистического вывода SPIEC-EASI и HeatMaps, и на основе корреляционного анализа будет применяться анализ основных компонентов, включая неиерархический кластерный анализ, для выявления признаков в двух группах.