細胞のない循環胎児DNAの出生前分析 (APAFLC)

この研究の目的は、母体の血液サンプルからCCFDNAを抽出および精製するための非侵襲的プロトコルを検証し、MPSテクノロジーを使用して胎児のDNAを分析して父性を確立することです。 この方法を開発するために、パートナーのアイデンティティが知られている妊婦の血液サンプルを使用して予備研究が行われます。 LHMLは、Bordeaux University Hospital CenterのSentilhes教授のチームと提携して、これらのサンプルを取得しています。

DNAの分解を防ぐために、Paxgene血液CCFDNAチューブ（QIAGEN）の6〜22週間の無月経の間の妊婦から静脈血サンプル（〜10 mL）が収集されます。 サンプルはプラズマを分離するために遠心分離され、CcfDNAはEZ2 Connect FX機器とEZ1および2 CCFDNAキット（Qiagen）を使用して分離されます。 並行して、LHMLのルーチンDNA抽出プロトコルを使用して処理された、母親とそのパートナーからバッカルスワブが参照サンプルとして収集されます。 さらに、新生児からの臍帯血が収集され、社内プロトコルで処理され、精製されたDNA抽出物が得られます。

これらの参照サンプルにより、妊娠中の女性と胎児のために以前に特定されたプロファイルを確認することができますが、胎児と父親の間の繊細な分析を検証することもできます。 すべてのDNAサンプルは、調査員Quantiplex Proキット（Qiagen）とQuantStudio 5リアルタイムPCRシステム（Applied Biosystems）を使用して定量化されます。

母体血液のCCFDNAは、法医学ゲノミクスのために検証された最初のNGS機器であるMISEQ FGXシーケンスシステム（Verogen）を使用して分析されます。 Verogen Forenseq Mainstayキットは、27個の常染色体STR、25 Y-STRS、およびAmelogeninを増幅し、シーケンス27の常染色体STR、およびAmelogeninを使用します。 このアプローチは、実行あたり最大96のライブラリの容量で、低濃度のCCFDNAサンプルからでも信頼性の高いプロファイリングを保証します。

頬の綿棒と臍の血液からの参照DNAは、同じVergon forenseq主力キットを使用してMPSを受け、調査員24Plex QSキット（QIAGEN）を使用して毛細血管電気泳動で交差します。 データ分析は、Forenseq Universal AnalysisソフトウェアとLHMLが開発した社内の親子分析プログラムで実行されます。 Familiasソフトウェアは、父親の決定のための尤度比を計算するためにも使用できます。 すべてのデータ処理システムは、機密性を確保するためにオフラインです。

このオープンな前向き研究では、20の完全なトライアド（母親、父、新生児）のサンプルが必要であり、2つの主要な重要なポイントに対処します。 最初の目的は、信頼できる父性分析に必要なVerogen Forenseq主力キットで得られた遺伝的プロファイルの品質しきい値を決定することです。 これは、分析された27の常染色体STRの間で検証されたSTR遺伝子座の割合を計算することにより評価されます。 2番目の焦点は、Verogen Forenseq Mainstay Kitを使用して少なくとも20の常染色体STRをカバーする遺伝的プロファイルを生成するために必要な最適なCCFDNA量を確立することです。 これには、CCFDNA抽出物の定量化と、分析のために十分なCCFDNAを取得するために必要な母体の血液量とこれらの値を相関させることが含まれます。 最終的に、この研究の目的は、MPSテクノロジーを使用して妊娠中の女性のCCFDNA分析の科学的理解を進め、最も重要なこととして、性的暴行後に妊娠する女性に批判的な支援を提供することを目的としています。