세포가없는 순환 태아 DNA의 태아 분석 (APAFLC)

이 연구의 목적은 모체 혈액 샘플에서 CCFDNA를 추출하고 정제하기위한 비 침습적 프로토콜을 검증하고 MPS 기술을 사용하여 태아 DNA를 분석하여 친자 관계를 확립하는 것입니다. 이 방법론을 개발하기 위해, 파트너의 정체성이 알려진 임산부의 혈액 샘플을 사용하여 예비 연구를 수행 할 것입니다. LHML은 Bordeaux University Hospital Center의 Sentilhes 팀과 제휴하여 이러한 샘플을 얻었습니다.

정맥 혈액 샘플 (~ 10 mL)은 Paxgene 혈액 CCFDNA 튜브 (Qiagen)에서 6 주에서 22 주 사이의 임산부로부터 DNA 분해를 방지 할 것이다. 샘플은 분리 된 혈장으로 원심 분리 될 것이며, EZ2 Connect FX 기기 및 EZ1 & 2 CCFDNA 키트 (Qiagen)를 사용하여 CCFDNA를 분리 할 것이다. 동시에, 협측 면봉은 LHML의 일상적인 DNA 추출 프로토콜을 사용하여 처리 된 어머니와 파트너로부터 참조 샘플로 수집됩니다. 또한, 신생아로부터의 제대 혈액은 정제 된 DNA 추출물을 얻기 위해 사내 프로토콜로 수집 및 처리 될 것이다.

이 참조 샘플을 통해 임산부와 태아에 대해 이전에 확인 된 프로파일을 확인하고 태아와 그의 아버지 사이의 파일화 분석을 검증 할 수 있습니다. 모든 DNA 샘플은 조사자 Quantiplex Pro Kit (Qiagen) 및 Quantstudio 5 실시간 PCR 시스템 (Applied Biosystems)을 사용하여 정량화됩니다.

모체 혈액으로부터의 CCFDNA는 법의학 유전체학을 위해 검증 된 최초의 NGS 기기 인 Miseq FGX 시퀀싱 시스템 (Verogen)을 사용하여 분석 될 것이다. 27 상 염색체 STR, 25 y-strs 및 Amelogenin을 증폭시키고 서열하는 Verogen ForenseQ Mainstay 키트가 사용될 것입니다. 이 접근법은 낮은 농축 된 CCFDNA 샘플에서도 신뢰할 수있는 프로파일 링을 보장하며, 실행 당 최대 96 개의 라이브러리를 사용할 수 있습니다.

협측 면봉과 제대 혈액으로부터의 참조 DNA는 동일한 베로 겐 forenseq 메인 스테이 키트를 사용하여 MP를 겪고 조사자 24Plex QS 키트 (Qiagen)를 사용하여 모세관 전기 영동과 교차 검증을받습니다. 데이터 분석은 ForenseQ Universal Analysis Software 및 LHML에서 개발 한 사내 부모 분석 프로그램으로 수행됩니다. Familias 소프트웨어는 또한 친자 관계 결정을위한 가능성 비율을 계산하는 데 사용될 수 있습니다. 모든 데이터 처리 시스템은 기밀을 보장하기 위해 오프라인 상태입니다.

이 개방적인 전향 적 연구는 20 개의 완전한 트라이어드 (어머니, 아버지, 신생아)의 샘플을 요구하며 두 가지 주요 요점을 다룰 것입니다. 첫 번째 목표는 신뢰할 수있는 친자 관계 분석에 필요한 Verogen ForenseQ Mainstay 키트로 얻은 유전자 프로파일의 품질 임계 값을 결정하는 것입니다. 이것은 분석 된 27 개의 상 염색체 STR 중 검증 된 STR 유전자좌의 백분율을 계산하여 평가 될 것이다. 두 번째 초점은 Verogen ForenseQ Mainstay 키트를 사용하여 최소 20 개의 상 염색체 STR을 덮는 유전자 프로파일을 생성하는 데 필요한 최적의 CCFDNA 수량을 확립하는 것입니다. 여기에는 CCFDNA 추출물을 정량화하고 이러한 값을 분석을 위해 충분한 CCFDNA를 얻는 데 필요한 모체 혈액량과 상관 관계가 있습니다. 궁극적으로,이 연구는 MPS 기술을 사용하여 임산부의 CCFDNA 분석에 대한 과학적 이해를 발전시키는 것을 목표로하며, 가장 중요한 것은 성폭행 후 임신 한 여성들에게 확실성을 가진 친자 관계를 확인하여 심리적 회복의 중요한 측면을 해결하는 데 중요한 지원을 제공하는 것을 목표로합니다.