Soluttoman kiertävän sikiön DNA: n synnytystä edeltävä analyysi (APAFLC)
Protokollan kehittäminen ei-invasiiviseen synnytyksen prenataaliseen analyysiin solutonta kiertävää sikiö-DNA: ta (ccfDNA) käyttämällä massiivisesti rinnakkaista sekvensointia (MPS)
Tutkimuksen yleiskatsaus
Yksityiskohtainen kuvaus
Tämän tutkimuksen tavoitteena on validoida ei-invasiivinen protokolla ccfDNA: n uuttamiseksi ja puhdistamiseksi äidin verinäytteistä ja sikiön DNA: n analysoimiseksi käyttämällä MPS-tekniikkaa isyyden luomiseksi. Tämän metodologian kehittämiseksi tehdään alustava tutkimus käyttämällä verinäytteitä raskaana olevilta naisilta, joiden kumppanien identiteetit tunnetaan. LHML on tehnyt yhteistyötä Bordeaux University Hospital Centerin professori Sentiles -tiimin kanssa saadakseen nämä näytteet.
Laskimoverinäytteet (~ 10 ml) kerätään raskaana olevilta naisilta 6–22 viikkoa amenorreaa Paxgene Blood CcfDNA -putkissa (Qiagen) DNA: n hajoamisen estämiseksi. Näytteet sentrifugoivat erilliseen plasmaan, ja ccfDNA eristetään käyttämällä EZ2 Connect FX -laitetta ja EZ1 & 2 ccfDNA -sarjaa (Qiagen). Samanaikaisesti buccal -taisteluita kerätään äidiltä ja heidän kumppaneilta referenssinäytteinä, jotka käsitellään LHML: n rutiininomaisten DNA -uuttoprotokollien avulla. Lisäksi vastasyntyneiden napanuoran veri kerätään ja prosessoidaan sisäisen protokollan kanssa puhdistettujen DNA-uutteiden saamiseksi.
Nämä referenssinäytteet antavat meille mahdollisuuden vahvistaa raskaana oleville naisille ja sikiöille aiemmin tunnistetut profiilit, mutta myös sikiön ja hänen isänsä välinen arkistointianalyysi. Kaikki DNA-näytteet kvantifioidaan käyttämällä tutkijan Quantiplex Pro Kit (Qiagen) ja Quantstudio 5: n reaaliaikainen PCR-järjestelmä (Applied Biosystems).
Äidin veren ccfDNA analysoidaan käyttämällä MISEQ FGX -sekvensointijärjestelmää (Verogen), ensimmäinen NGS -instrumentti, joka on validoitu oikeuslääketieteelliseen genomiikkaan. Käytetään Verogen ForEnEQ -tuotetta, joka vahvistaa ja sekvenssejä 27 autosomaalista STR: tä, 25 Y-STR: tä ja amelogeniinia. Tämä lähestymistapa varmistaa luotettavan profiloinnin jopa alhaisista tiivistetyistä ccfDNA -näytteistä, ja kapasiteetti on jopa 96 kirjastoa kohden.
Buccal-swappien ja napanuoran veren vertailu-DNA käy läpi MPS: n käyttämällä samaa Verogen ForEnEQ -tuoketta ja validoitua kapillaarielektroforeesilla käyttämällä tutkijan 24Plex QS -sarjaa (Qiagen). Tietoanalyysi suoritetaan ForEnEQ Universal Analysis -ohjelmistolla ja LHML: n kehittämällä sisäinen vanhemmuusanalyysiohjelma. Familias -ohjelmistoa voidaan käyttää myös laskemalla todennäköisyyssuhteita isyyden määrittämiseen. Kaikki tietojenkäsittelyjärjestelmät ovat offline -tilassa luottamuksellisuuden varmistamiseksi.
Tämä avoin mahdollinen tutkimus vaatii näytteitä 20 täydellisestä kolmesta (äiti, isä, vastasyntynyt) ja käsittelee kahta suurta kriittistä kohtaa. Ensimmäinen tavoite on määrittää Verogen ForEnEQ -tukipisarilla saatujen geneettisten profiilien laatukynnys, joka tarvitaan luotettavaan isyysanalyysiin. Tämä arvioidaan laskemalla validoitujen STR -lokusten prosenttiosuus analysoidun 27 autosomaalisen STR: n joukossa. Toinen painopiste on luoda optimaalinen ccfDNA -määrä, joka tarvitaan geneettisen profiilin luomiseksi, joka kattaa vähintään 20 autosomaalista STR: tä käyttämällä Verogen forEnEQ -tukipisaraa. Tähän sisältyy ccfDNA -uutteiden kvantifiointi ja näiden arvojen korrelointi äidin veren tilavuudella, jota tarvitaan riittävän ccfDNA: n saamiseksi analysoitavaksi. Viime kädessä tämän tutkimuksen tavoitteena on edistää raskaana olevien naisten ccfDNA -analyysin tieteellistä ymmärrystä käyttämällä MPS -tekniikkaa ja mikä tärkeintä, tarjota kriittistä tukea naisille, jotka tulevat raskaaksi seksuaalisen väkivallan seurauksena, antamalla heille mahdollisuuden vahvistaa sikiönsä isyys varmuudella, ja niiden psykologisen palautumisen ratkaiseva näkökohta käsittelee naisille
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Loic Sentilhes, MD, PhD
- Puhelinnumero: +33 556 79 55 79
- Sähköposti: loic.sentilhes@chu-bordeaux.fr
Opiskelupaikat
-
-
-
Bordeaux, Ranska
- Rekrytointi
- CHU Bordeaux
-
Ottaa yhteyttä:
- Loïc Sentilhes, MD, PhD
- Puhelinnumero: +335 56 79 55 79
- Sähköposti: loic.sentilhes@chu-bordeaux.fr
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- 18 -vuotias tai vanhempi.
- Naiselle: raskaus 6–22 viikkoa
- Sekä äidille että isälle: ei-hapettuminen osallistumaan ja geneettiseen allekirjoitettuun tietoon liittyvään suostumukseen
Poissulkemiskriteerit:
- Tuntematon isyys.
- Äidin veressä kulkevat infektiot (HIV, syfilis, hepatiitti B).
- Isän kyvyttömyys tarjota näyte.
- Kummankin vanhemman riittämätön ymmärtäminen ranskalaisista.
- Äiti tai isä laillisen suojan alla
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Muut
- Jako: Ei käytössä
- Inventiomalli: Yksittäinen ryhmätehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kokeellinen: Geneettinen profiili
Sikiön ja hänen isänsä välillä
|
Sikiön ja hänen isänsä välillä
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Geneettisen profiilin laatu
Aikaikkuna: Lähtökohta
|
FirEnSQ: n päätavan pakkauksella saadun geneettisen profiilin laatu arvioidaan prosentteina validoiduista markkereista (loci) 27 Autosomaalimarkkerista, jotka on analysoitu sarjassa
|
Lähtökohta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Vapaa kiertävä sikiön DNA
Aikaikkuna: Lähtökohta
|
Geneettisen profiilin muodostumiseen tarvittava kiertävän soluttoman sikiön DNA: n määrä mitataan vähintään 20 autosomaalimarkkerista käyttämällä ForEnEQ: n päätavan pakkausta. Tämä arvo mitataan pitoisuudella NG/µL: ssä.
|
Lähtökohta
|
|
Äidin veri
Aikaikkuna: Lähtökohta
|
Äidin veren määrä, joka on tarpeen riittävän määrän saamiseksi kiertävää soluvapaa sikiö-DNA: ta geneettistä analyysiä varten
|
Lähtökohta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Arvioitu)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- CHUBX 2024/80
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .