E. Coli Bacteremic 요로 감염 환자의 Granzyme A (GABEC)

1. 연구 가설

연구팀은 GZM A의 역할을 탐색했습니다.

1. 개념적 가설:

   • Granzyme A는 병원성 패혈증 매개체입니다.
   • Granzyme A 유전자 다형성은 전신 감염 환자에서 GZM A의 혈청 농도를 결정합니다.
   • Granzyme A 유전자 다형성은 전신 감염 환자의 패혈증 위험을 결정합니다.

2. 운영 가설:

   • 세균혈증 환자(E. 대장균) 요로 감염(UTI), GZM A 수치는 패혈증이 발병하지 않은 환자에 비해 패혈증이 발병한 환자에서 상당히 더 높습니다.

   • 세균혈증(E. 대장균) 패혈증이 발생하지 않는 사람과 비교하여 패혈증이 발생하는 UTI.

     2. 목적과 목적

   • 목표

     1. 세균혈증 환자의 패혈증에서 GZM A의 병원성 역할을 평가하기 위해(E. 대장균) UTI.
     2. GZM A 다형성의 능력을 탐색하여 세균혈증 환자에서 패혈증 발병 위험을 예측합니다(E. 대장균) UTI.
     3. 세균혈증(E. 대장균) UTI.
     4. 순환하는 요로병원성 균주 중에서 E. coli "virulome"을 특성화합니다.

   • 목표

     1. 세균혈증(E. 대장균) UTI.
     2. 세균혈증 환자의 GZM A 유전자 다형성을 특성화하기 위해(E. 대장균) UTI
     3. 세균혈증(E. 대장균) UTI
     4. 병원성 인자("virulome")를 포함하여 세균성 UTI를 유발하는 대장균 균주를 표현형 및 분자적으로 특성화합니다.

     3. 예상 결과.

   • 전신 감염 환자의 패혈증에서 GZM A의 병원성 역할 특성 규명
   • 감염-패혈증의 인간 모델에서 패혈증 바이오마커로서의 GZM A의 특성.

   • 혈류 감염을 일으키는 요로병원성 대장균의 표현형 및 분자 특성.

     4. 방법

   4.1. 설계 및 프로젝트 범위

   - Instituto de Investigación Sanitaria Aragón(IIS Aragón)과 제휴한 한 학술 병원(Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa)에서 수행할 전향적, 탐색적 중첩 사례-대조군 연구.

   4.2. 학습 기간: 2019년 6월 ~ 2020년 12월.

   4.3. 환자 및 샘플 크기

   포함 기준(모두 충족):

   • 나이 >= 18세.
   • 대장균 혈류 감염

   • 비뇨기 소스. 다음 중 하나라도 해당되면 요로를 고려해야 합니다.

     1. 소변 출처가 임상적으로 의심되고 두 대장균 분리주(혈액 및 소변 배양)는 동일한 표현형(항생도)을 공유합니다.
     2. 소변의 출처/기원이 임상적으로 의심되고 소변 배양은 음성이지만 환자는 혈액 배양을 하기 전에 BSI를 유발하는 E.
     3. 두 분리주(혈액 및 소변 배양)는 동일한 표현형(항생도)을 공유하며 대체 소스가 없습니다.

   제외 기준:

   1. 발병 전 2개월 동안 48시간 이상 전신 항생제 사용.

   2. 면역 저하된 숙주 - 전신 스테로이드 사용을 받는 환자(지난 2개월 동안 10일 이상 동안 >10 mg 프레드니손/일).

      • 생물학적 치료를 받는 환자(이전 2개월).
      • 활동성 고형암 또는 혈액암.
      • 에이즈 +.
      • 호중구감소증 < 500 PMN/microl.

   3. 기저 요로 이상 또는 국부적으로 변형된 방광 미생물(모든):

      - 요관회장술, 요관결장결장술, 요관절개술(Bricker) 또는 신루술.

      • 유치 요도 카테터(최근 2개월)
      • 비뇨기과 수술(지난 2개월 이내).
      • 방광내 화학요법(지난 2개월 내).
      • 방광 내 BCG 점적(지난 2개월 내).

      잠재적 후보는 연구팀의 미생물학자에 의해 매일 감지됩니다. 포함 기준은 항생제 관리 팀(AST)이 참여 병원에서 매일 실시하는 다학제 회의에서 확인됩니다.

      연구 모집단의 예상 크기. 어울리는:

      - 패혈증/비패혈증 비율이 1:1인 50명의 환자가 포함됩니다.

      - 패혈증 및 비패혈 환자는 성별, 연령(+/- 10세), 동반 질환(Charlson 점수 +/-1), 혈액 배양에 대한 증상 발현 시간(+/- 24시간)에 따라 일치됩니다.

      4.4. 정의

      사례(패혈증/패혈성 쇼크):

      - 패혈증 또는 쇼크 패혈증은 2001 SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS 국제 패혈증 정의 회의에 따라 감염에 대한 숙주 반응의 조절 장애로 인해 발생하는 생명을 위협하는 장기 기능 장애로 정의됩니다.

      통제 수단:

      - 2001 SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS 국제 패혈증 정의 회의에 따른 패혈증 또는 패혈성 쇼크의 부재.

      4.5. 변수

      4.5.1. 환자 관련 변수:

      - 인구통계학적: 성별, 연령.

      • 동반이환: 수정된 찰슨 지수
      • 베이스라인 혈청 크레아티닌.

      4.5.2. 감염 관련 변수.

      - 증상 발현부터 항균제 치료 시작까지의 시간.

      - 증상이 시작된 후부터 적절한 항균제 치료가 시작될 때까지의 시간.

      - 증상이 시작된 후부터 외과적 치료까지의 시간(필요한 경우).

      • 시간 0(혈액 배양), 및 2-3일 및 30일에서의 임상적 중증도: 패혈증 점수.

      4.5.3. 염증, 패혈증 매개체 및 바이오마커. - 환자 등록 중에 다음 바이오마커가 결정됩니다. - 백혈구 수 및 감별. - 혈소판 수. - 피브리노겐. - 프로트롬빈 활동.

      - C 반응성 단백질.

      • 프로칼시토닌.
      • GZM A.

      등록 방문, 2-3일 및 30일 방문 동안 모든 환자에서 GZM A 혈청 수준을 얻을 것이다(GZM A 동역학). GZM A 수준은 ELISA 시판 분석(Human Granzyme A ELISA 개발 키트{HRP]; Mabtech)에 의해 결정될 것입니다.

      GzmA 유전자 다형성 및 기타 잠재적으로 관련된 돌연변이는 전체 엑솜 시퀀싱(WES)에 의해 스크리닝됩니다. 이를 위해 제조업체의 지침에 따라 Ion Torrent 플랫폼에서 말초 혈액 세포와 AmpliSeq 기술 키트에서 분리한 DNA를 사용합니다. 이 플랫폼은 University of Zaragoza/IIS Aragon의 CIBA에 있는 Genomics Central Research Unit(CRU)에서 사용할 수 있습니다. DNA 샘플을 분리하고 분석하기 위한 모든 키트는 상업적으로 이용 가능하며 Thermo Scientific에서 최적화합니다. 생물 정보학적 분석은 바르셀로나의 CRG에서 Pedro Gonzalez가 이끄는 Genomics CRU와 Micromics SL 사이에 수립된 계약에 의해 수행될 것입니다.

      4.5.4. 미생물학적 변수

      • 소변 및 혈액 배양에서 회수한 대장균의 최소 억제 농도(MIC)는 참여 병원의 미생물 연구소에서 일상적으로 수행하는 자동 미세희석 패널을 통해 결정됩니다.
      • 혈액 및 소변 배양에서 분리된 대장균 균주의 전체 게놈 시퀀싱(WGS). E. coli 알려진 독성 인자의 존재가 분석되고 각 균주에 대한 독성 점수가 계산됩니다(Mora-Rillo et al., 2015).