大肠杆菌性尿路感染患者的颗粒酶 A (GABEC)

一、研究假设

研究团队探索了GZM A的作用

1. 概念假设：

   • 颗粒酶 A 是一种致病性败血症介质。
   • 颗粒酶 A 基因多态性决定了全身感染患者 GZM A 的血清浓度。
   • 颗粒酶 A 基因多态性决定了全身感染患者发生败血症的风险。

2. 操作假设：

   • 在菌血症患者中（E. 大肠杆菌) 尿路感染 (UTI)，GZM A 水平在发生脓毒症的患者中显着高于未发生脓毒症的患者。

   • 菌血症（大肠杆菌）患者的 GZM A 基因多态性谱存在显着差异。 大肠杆菌）发生脓毒症的 UTI 与未发生脓毒症的 UTI 相比。

     2. 宗旨和目标

   • 宗旨

     1. 评估 GZM A 在菌血症（大肠杆菌）患者脓毒症中的致病作用。 大肠杆菌）尿路感染。
     2. 探索 GZM A 多态性预测菌血症（大肠杆菌）患者发生败血症风险的能力。 大肠杆菌）尿路感染。
     3. 评估 GZM A 作为败血症患者败血症诊断生物标志物的潜在用途（大肠杆菌）。 大肠杆菌）尿路感染。
     4. 表征大肠杆菌在循环尿路致病菌株中的“病毒组”。

   • 目标

     1. 评估菌血症（大肠杆菌）患者血清 GZM A 水平与全身炎症反应的相关性。 大肠杆菌）尿路感染。
     2. 表征菌血症（大肠杆菌）患者的 GZM A 基因多态性。 大肠杆菌）尿路感染
     3. 评估菌血症（大肠杆菌）患者的 GZM A 血清动力学。 大肠杆菌）尿路感染
     4. 从表型和分子特征来表征引起菌血症 UTI 的大肠杆菌菌株，包括它们的毒力因子（“病毒组”）。

     3. 预期成果。

   • GZM A 在全身感染患者脓毒症中的致病作用特征
   • GZM A 在感染-脓毒症人体模型中作为脓毒症生物标志物的表征。

   • 引起血流感染的尿道致病性大肠杆菌的表型和分子特征。

     4.方法

   4.1.设计和项目范围

   - 将在阿拉贡卫生研究所 (IIS Aragón) 附属的一家学术医院（Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa）进行前瞻性、探索性嵌套病例对照研究。

   4.2. 学习时间：2019年6月-2020年12月。

   4.3.患者和样本量

   纳入标准（满足所有条件）：

   • 年龄 >= 18 岁。
   • 大肠杆菌血流感染

   • 尿源。 如果出现以下（任何）情况，则应考虑尿源：

     1. 临床上怀疑尿源，并且两种大肠杆菌分离株（在血液和尿培养物中）具有相同的表型（抗菌谱）。
     2. 临床上怀疑尿源/来源，尿培养呈阴性，但在获得血培养之前，患者已接受至少一剂对引起 BSI 的大肠杆菌菌株具有抗菌活性的任何全身性抗生素。
     3. 两种分离物（在血液和尿液培养物中）具有相同的表型（抗菌谱），并且没有替代来源。

   排除标准：

   1. 在发作前的两个月内使用全身性抗生素超过 48 小时。

   2. 免疫功能低下的宿主 - 接受全身性类固醇使用的患者（在过去 2 个月的 10 天或更长时间内 >10 mg 泼尼松/天）。

      • 接受生物治疗的患者（前 2 个月）。
      • 活动性实体或血液癌症。
      • 艾滋病毒+。
      • 中性粒细胞减少 < 500 PMN/microl。

   3. 基础尿路异常或局部改变的膀胱微生物组（任何）：

      - 输尿管输尿管造口术、输尿管乙状结肠造口术、输尿管造口术（Bricker）或肾造口术。

      • 留置导尿管（最近两个月内）
      • 泌尿外科手术（最近两个月）。
      • 膀胱内化疗（在过去两个月内）。
      • 膀胱内 BCG 滴注（在过去两个月内）。

      研究小组的微生物学家每天都会检测潜在的候选人。 纳入标准将在抗菌药物管理小组 (AST) 每天在参与医院举行的多学科会议上进行验证。

      研究人群的估计规模。 匹配：

      - 将包括 50 名患有脓毒症/非脓毒症 1:1 比例的患者。

      - 脓毒症和非脓毒症患者将在性别、年龄（+/- 10 岁）、合并症（查尔森评分 +/-1）、症状发作到血培养的时间（+/- 24 小时）方面进行匹配

      4.4.定义

      病例（败血症/败血性休克）：

      - 根据 2001 年 SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS 国际脓毒症定义会议，脓毒症或休克脓毒症被定义为由宿主对感染的反应失调引起的危及生命的器官功能障碍。

      控制：

      -根据 2001 SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS 国际脓毒症定义会议，没有脓毒症或脓毒性休克。

      4.5.变量

      4.5.1. 患者相关变量：

      - 人口统计学：性别、年龄。

      • 合并症：改良查尔森指数
      • 基线血清肌酐。

      4.5.2. 感染相关变量。

      - 从出现症状到开始抗菌治疗的时间。

      - 从出现症状到开始适当的抗菌治疗的时间。

      - 从症状发作到手术治疗的时间（如果需要）。

      • 时间 0（血培养）、第 2-3 天和第 30 天的临床严重程度：脓毒症评分。

      4.5.3. 炎症、败血症介质和生物标志物。 - 以下生物标志物将在患者登记期间确定： - 白细胞计数和分类。 - 血小板计数。 - 纤维蛋白原。 - 凝血酶原活性。

      - C反应蛋白。

      • 降钙素原。
      • GZM A.

      在入组访视、2-3 天和 30 天访视期间，将在所有患者中获得 GZM A 血清水平（GZM A 动力学）。 GZM A 水平将通过 ELISA 商业化验（人颗粒酶 A ELISA 开发试剂盒{HRP]；Mabtech）来确定。

      GzmA 基因多态性以及其他可能相关的突变将通过全外显子组测序 (WES) 进行筛选。 为此，我们将按照制造商的说明使用从外周血细胞中分离出的 DNA 和 Ion Torrent 平台上的 AmpliSeq 技术套件。 该平台可在萨拉戈萨大学/IIS Aragon 的 CIBA 基因组学中央研究单位 (CRU) 获得。 所有用于分离和分析 DNA 样品的试剂盒均已上市并由 Thermo Scientific 优化。 生物信息学分析将根据 Genomics CRU 和 Micromics SL 之间建立的协议进行，该协议由巴塞罗那 CRG 的 Pedro Gonzalez 领导。

      4.5.4. 微生物变量

      • 从尿液和血培养物中回收的大肠杆菌分离株的最低抑菌浓度 (MIC) 将通过参与医院微生物实验室常规执行的自动微量稀释板确定。
      • 在血液和尿液培养物中分离的大肠杆菌菌株的全基因组测序 (WGS)。 将分析大肠杆菌已知毒力因子的存在，并计算每个菌株的毒力评分（Mora-Rillo 等人，2015 年）。