大腸菌菌血症性尿路感染症患者におけるグランザイム A (GABEC)

1.研究仮説

研究チームはGZM Aの役割を調査しました

1. 概念仮説:

   • グランザイム A は病原性敗血症メディエーターです。
   • グランザイム A 遺伝子多型は、全身感染症患者の GZMA の血清濃度を決定します。
   • グランザイム A 遺伝子多型は、全身感染症患者の敗血症のリスクを決定します。

2. 運用上の仮説:

   • 菌血症患者の中で（E. ｃｏｌｉ）尿路感染症（ＵＴＩ）、ＧＺＭＡレベルは、敗血症を発症していない患者と比較して、敗血症を発症した患者において有意に高い。

   • 菌血症患者の GZM A 遺伝子多型プロファイルには有意差があります (E. 大腸菌) 敗血症を発症する UTI と、敗血症を発症しない UTI との比較。

     2. ねらいと目的

   • 目的

     1. 菌血症患者の敗血症における GZMA の病原性役割を評価する (E. 大腸菌）UTI。
     2. 菌血症患者の敗血症発症リスクを予測する GZM A 多型の能力を調査する (E. 大腸菌）UTI。
     3. 菌血症患者における敗血症の診断バイオマーカーとしての GZMA の潜在的な有用性を評価する (E. 大腸菌）UTI。
     4. 循環する尿路病原性株の中で大腸菌「ビルローム」を特徴付ける。

   • 目的

     1. 菌血症患者におけるGZMAの血清レベルと全身性炎症反応との相関関係を評価すること（E. 大腸菌）UTI。
     2. 菌血症患者の GZM A 遺伝子多型を特徴付ける (E. 大腸菌）尿路感染症
     3. 菌血症患者のGZM A血清動態を評価する（E. 大腸菌）尿路感染症
     4. 病原性因子 (「virulome」) を含む菌血症性尿路感染症を引き起こす大腸菌株を表現型的および分子的に特徴付けます。

     3. 期待される結果。

   • 全身感染症患者の敗血症におけるGZM Aの病原性役割の特徴付け
   • 感染性敗血症のヒトモデルにおける敗血症バイオマーカーとしてのGZM Aの特徴付け。

   • 血流感染を引き起こす尿路病原性大腸菌の表現型および分子特性。

     4. 方法

   4.1.設計とプロジェクトの範囲

   - Instituto de Investigación Sanitaria Aragón (IIS Aragón) と提携している 1 つの学術病院 (Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa) で実施される、前向きで探索的なネステッド ケース コントロール研究。

   4.2. 調査期間：2019年6月～2020年12月

   4.3.患者とサンプルサイズ

   包含基準 (すべてを満たすため):

   • 年齢 >= 18 歳。
   • 大腸菌血流感染症

   • 尿源。 以下の（いずれかの）場合、尿源を考慮する必要があります。

     1. 臨床的に尿由来が疑われ、両方の大腸菌分離株 (血液中および尿培養中) は同じ表現型 (抗生物質図) を共有しています。
     2. 尿の感染源/起源が臨床的に疑われ、尿培養は陰性であるが、患者は、血液培養が得られる前に、BSI を引き起こす大腸菌株に対する抗菌活性を有する何らかの全身性抗生物質を少なくとも 1 回投与されていた。
     3. 両方の分離株 (血液中および尿培養中) は同じ表現型 (アンチバイオグラム) を共有しており、代替ソースはありません。

   除外基準:

   1. -エピソードの前の2か月で48時間以上の全身抗生物質の使用。

   2. 免疫不全の宿主 - 全身ステロイド使用を受けている患者 (10 mg/日以上のプレドニゾンを過去 2 か月間で 10 日以上)。

      • -生物学的療法を受けている患者（過去2か月）。
      • -活動性の固形がんまたは血液がん。
      • HIV +。
      • 好中球減少 < 500 PMN/microl.

   3. 尿路基底部の異常または局所的に改変された膀胱マイクロバイオーム (任意):

      - Ureteroileostomy、ureterosigmoidostomy、ureterostomy (Bricker) または nephrostomy。

      • 留置尿道カテーテル (過去 2 か月)
      • 泌尿器科手術（過去2か月）。
      • 膀胱内化学療法（過去 2 か月）。
      • 膀胱内BCG点滴（過去2か月）。

      潜在的な候補は、研究チームの微生物学者によって毎日検出されます。 選択基準は、抗菌薬管理チーム (AST) が参加病院で日常的に実施する集学的会議で検証されます。

      研究集団の推定サイズ。 マッチング：

      -敗血症/非敗血症の比率が1:1の50人の患者が含まれます。

      -敗血症患者と非敗血症患者は、性別、年齢（+/- 10歳）、併存疾患（チャールソンスコア+/- 1）、症状の発症から血液培養までの時間（+/- 24時間）で一致します

      4.4.定義

      症例（敗血症・敗血症性ショック）：

      - 敗血症またはショック敗血症は、2001 年 SCCM/ESICM/ACCP/ATS/SIS 国際敗血症定義会議によると、感染に対する調節不全の宿主反応によって引き起こされる生命を脅かす臓器機能不全として定義されています。

      コントロール:

      -2001年SCCM / ESICM / ACCP / ATS / SIS国際敗血症定義会議による敗血症または敗血症性ショックの欠如。

      4.5.変数

      4.5.1. 患者関連変数:

      - 人口統計: 性別、年齢。

      • 併存疾患：修正チャールソン指数
      • ベースラインの血清クレアチニン。

      4.5.2. 感染関連の変数。

      - 症状の発症から抗菌治療の開始までの時間。

      - 症状の発症から適切な抗菌治療の開始までの時間。

      - 症状の発症から外科治療までの時間 (必要な場合)。

      • 時間 0 (血液培養)、および 2～3 日目と 30 日目の臨床的重症度: 敗血症スコア。

      4.5.3. 炎症、敗血症メディエーターおよびバイオマーカー。 - 以下のバイオマーカーは、患者の登録中に決定されます: - 白血球数と分画。 - 血小板数。 - フィブリノーゲン。 - プロトロンビン活性。

      - C反応性タンパク質。

      • プロカルシトニン。
      • GZM A.

      ＧＺＭ Ａ血清レベルは、登録訪問、２～３日および３０日間の訪問中にすべての患者で得られる（ＧＺＭＡ動態）。 ＧＺＭＡレベルは、ＥＬＩＳＡ商業アッセイ（ヒトグランザイムＡ ＥＬＩＳＡ開発キット（ＨＲＰ）；Ｍａｂｔｅｃｈ）によって決定される。

      GzmA 遺伝子多型、および関連する可能性のあるその他の変異は、WES (Whole Exome Sequencing) によってスクリーニングされます。 この目的のために、製造元の指示に従って、末梢血細胞から分離された DNA と Ion Torrent プラットフォームで AmpliSeq テクノロジー キットを使用します。 このプラットフォームは、サラゴサ大学/IIS アラゴンの CIBA のゲノミクス中央研究ユニット (CRU) で利用できます。 DNA サンプルを分離および分析するためのすべてのキットは市販されており、Thermo Scientific によって最適化されています。 バイオインフォマティクス分析は、バルセロナの CRG で Pedro Gonzalez が率いる Genomics CRU と Micromics SL の間で確立された契約によって実行されます。

      4.5.4. 微生物学的変数

      • 尿および血液培養から回収された大腸菌分離株の最小発育阻止濃度 (MIC) は、参加病院の微生物検査室が定期的に実施する自動微量希釈パネルによって決定されます。
      • 血液および尿培養で分離された大腸菌株の全ゲノム配列決定 (WGS)。 大腸菌の既知の病原性因子の存在が分析され、各株の病原性スコアが計算されます (Mora-Rillo et al., 2015)。