Hodnocení respiračních vzorků na bakteriální a virové patogeny pomocí PCR v reálném čase

Přebytečné vzorky pacientů normálně odebrané pro rutinní mikrobiologické testování na CAP a v některých případech další vzorky (tj. krev, moč, výtěr z krku) budou hodnoceny pomocí testů PCR v reálném čase vyvinutých v naší laboratoři. Vzorky budou prováděny u pacientů s podezřením na CAP. Test bude zaměřen na různé patogeny včetně, aniž by byl výčet omezující, M. pneumoniae, C. pneumoniae, Legionella pneumophila, Streptococcus pneumoniae, B. pertussis, viry chřipky, adenovirus a metapneumovirus. Konečným cílem je mít panel vysoce přesných a rychlých (ve stejný den) testů, které lze objednat a provést v krátké době pro případy CAP.

Testy PCR v reálném čase pomocí přístroje LightCycler budou provedeny na přebytečných nebo dalších vzorcích po extrakci nukleové kyseliny. Testy PCR v reálném čase pomocí přístroje LightCycler budou provedeny na přebytečných nebo dalších vzorcích po extrakci nukleové kyseliny. Tyto testy budou zahrnovat organismy uvedené výše. Protože extrakty nukleových kyselin budou archivovány, mohou být v budoucnu testovány další patogeny, pokud bychom vyvinuli další testy PCR v reálném čase. Všechny výsledky získané pomocí PCR v reálném čase budou porovnány s výsledky konvenčního testování, jak je uvedeno výše. Budou vypočítány hodnoty citlivosti, specificity a prediktivní hodnoty. V případech, kdy se vyskytnou nesouhlasné výsledky, bude provedeno dodatečné testování PCR nebo přezkoumání anamnézy.