Rychlá charakterizace paucibacilární TBC podél hranice Tex/Mex

Globálními výzvami pro kontrolu tuberkulózy (TB) jsou multirezistentní TB (MDR-TB) a zvýšená náchylnost populace, jako jsou starší lidé, lidé s HIV infekcí, diabetem 2. typu a dalšími imunosupresivními chronickými onemocněními. Prvním primárním cílem studie je prozkoumat potenciál nového protokolu extrakce DNA/qPCR výzkumných pracovníků jako neinvazivního nástroje pro studium patogeneze v řadě paucibacilárních vzorků. Vyšetřovatelé vyhodnotí své testy extrakce DNA/qPCR prospektivně ve vzorcích od pacientů s paucibacilární TBC, včetně extrapulmonální TBC (EPTB) a plicní TBC s negativním stěrem. Vyšetřovatelé určí počet mykobakteriálních genomů, přítomnost intaktních mykobakterií a přesné umístění v plazmě, PBMC nebo PMN v krvi nebo jiné tekutině nebo buňkách v řadě vzorků. Druhým primárním cílem studie je standardizace a validace testu qPCR pro včasnou detekci lékové rezistence Mycobacterium tuberculosis (MTB) přímo ze vzorků. Vyšetřovatelé dále stanoví proveditelnost použití tohoto vysoce citlivého testu ke stanovení poměru bakterií odolných vůči rifampinu (RIF) k bakteriím citlivým na RIF v daném vzorku. Výzkumníci přizpůsobí jednoduchou a účinnou metodu, podobnou jejich technologii qPCR, pro detekci mutací v genu rpoB. MTB-pozitivní vzorky, identifikované buď qPCR nebo přímým nátěrem, budou testovány na odolnost vůči RIF pomocí molekulárních majáků jako sond v qPCR. Bude stanovena shoda mezi testy molekulárního majáku-qPCR a fenotypem rezistence z kultury. Výzkumníci poté využijí kapacitu qPCR ke kvantifikaci poměrů RIF-rezistentních a citlivých mykobakterií v klinickém vzorku. Vyšetřovatelé předpokládají, že současné testy jsou omezeny na indikaci „přítomnosti“ lékové citlivosti, ale u pacienta je situace složitější, s dynamickými směsmi rezistentních a citlivých bakterií v závislosti na místní expozici lékům. Vývoj nástroje, který detekuje menší populace buněk rezistentních vůči lékům, otevře nové cesty zkoumání, které pomohou pochopit vývoj rezistence a selhání léčby. Primární výsledky studie zahrnují: očekávání, že qPCR v krevních bílých krvinkách poskytne podstatně lepší senzitivitu a přesnost (informace o mykobakteriálních druzích) v diagnostice paucibacilární TBC, konkrétně tuberkulózní lymfadenitidy, pleurální TBC a (časné) plicní TBC negativní na nátěr, ve srovnání s standardní mikrobiologická a klinická diagnostika; očekávání, že molekulární maják-qPCR bude předpovídat RIF-rezistenci se 100% senzitivitou a alespoň 86% senzitivitou v místě jejich studie, což poskytuje nový nástroj pro včasné podezření na MDR, a tedy rychlou modifikaci léčebného plánu pacienta; a výzkumníci se dozví o biologii vzniku rezistence vůči RIF v populaci mykobakterií ze sériových vzorků pacientů. Vzorky budou odebrány pacientům ze 3 míst, všechna s převážně hispánskou populací, která se nacházejí v jižním Texasu, přilehlém severovýchodním Mexiku a Kolumbii. Bude přijato maximálně 780 mužů a žen ve věku 18–85 let. Studovaná populace se bude skládat z 390 lidí s tuberkulózou (62 s lymfadenitidou TBC a nejvýše 164 s pleurální TBC a 164 s plicní TBC s negativním stěrem) a 390 kontrol (buď zdravých kontrol, nebo s onemocněním, které bylo původně považováno za jedno z tři formy TBC popsané pro případy, ale pak vyloučené). Subjekty budou mít 1 návštěvu související se studiem. Pacienti budou kontaktováni, vyzváni k účasti a dotazováni pouze na začátku jejich hodnocení na možnou TBC. Studijní tým bude následovat se zdravotním oddělením, aby zjistil, zda byl u pacienta skutečně diagnostikován TBC, a s laboratoří, aby zjistil výsledky sériového přímého stěru, kultivace a citlivosti při diagnóze a v průběhu léčby.