Snabb karakterisering av Paucibacillär TB längs Tex/Mex-gränsen

Globala utmaningar för kontroll av tuberkulos (TB) är multiläkemedelsresistens TB (MDR-TB) och den ökade känsligheten hos populationer som äldre, de med HIV-infektion, typ 2-diabetes och andra immunsuppressiva kroniska sjukdomar. Det första primära studiens mål är att undersöka potentialen hos utredarnas nya DNA-extraktion/qPCR-protokoll som ett icke-invasivt verktyg för att studera patogenes i en rad paucibacillära prover. Utredarna kommer att utvärdera deras DNA-extraktion/qPCR-analyser prospektivt i prover från patienter med paucibacillär TB, inklusive extrapulmonell TB (EPTB) och utstryksnegativ pulmonell TB. Utredarna kommer att bestämma antalet mykobakteriella genom, närvaron av intakta mykobakterier och exakt lokalisering i plasma, PBMC eller PMN i blod, eller annan vätska eller celler i en rad prover. Det andra primära studiemålet är att standardisera och validera en qPCR-analys för tidig upptäckt av läkemedelsresistens från Mycobacterium tuberculosis (MTB) direkt från prover. Utredarna kommer ytterligare att fastställa genomförbarheten av att använda denna mycket känsliga analys för att bestämma förhållandet mellan Rifampin (RIF)-resistenta och RIF-känsliga bakterier i ett givet prov. Utredarna kommer att anpassa en enkel och effektiv metod, liknande deras qPCR-teknologi, för detektion av mutationer i rpoB-genen. MTB-positiva prover, identifierade med antingen qPCR eller direkt utstryk, kommer att screenas för RIF-resistens med hjälp av molekylära beacons som prober i qPCR. Överensstämmelsen mellan de molekylära beacon-qPCR-analyserna och resistensfenotypen från kultur kommer att fastställas. Utredarna kommer sedan att utnyttja kapaciteten hos qPCR för att kvantifiera förhållandet mellan RIF-resistenta mot -känsliga mykobakterier i ett kliniskt prov. Utredarna antar att nuvarande analyser är begränsade till att indikera "närvaro" av läkemedelskänslighet, men hos patienten är situationen mer komplex, med dynamiska blandningar av resistenta och känsliga bakterier, beroende på lokal exponering för läkemedel. Att utveckla ett verktyg som upptäcker mindre populationer av läkemedelsresistensceller kommer att öppna nya undersökningsvägar för att hjälpa till att förstå utvecklingen av resistens och behandlingsmisslyckanden. Primära studieresultat inkluderar: förväntan om att qPCR i blod WBC kommer att ge väsentligt förbättrad känslighet och precision (mykobakteriell artinformation) vid diagnos av paucibacillär TB, specifikt tuberkulös lymfadenit, pleural TB och utstryksnegativ (tidig) lung-TB, jämfört med standard mikrobiologisk och klinisk diagnos; förväntan att molekylär beacon-qPCR kommer att förutsäga RIF-resistens med 100 % känslighet och minst 86 % känslighet på sin studieplats, vilket ger ett nytt verktyg för tidig misstanke om MDR, och därmed snabb modifiering av patientens behandlingsschema; och utredare kommer att lära sig om biologin för uppkomsten av RIF-resistens i en population av mykobakterier från seriella patientprover. Prover kommer att samlas in från patienter från tre platser, alla med övervägande latinamerikanska populationer, belägna i södra Texas, intill nordöstra Mexiko och Colombia. Maximalt 780 män och kvinnor i åldrarna 18-85 år kommer att rekryteras. Studiepopulationen kommer att bestå av 390 personer med tuberkulos (62 med tuberkulos lymfadenit, och högst 164 med pleural tuberkulos och 164 med utstryksnegativ lung tuberkulos) och 390 kontroller (antingen friska kontroller eller med en sjukdom som ursprungligen troddes vara en av de tre former av TB beskrivna för fall, men sedan uteslutna). Försökspersonerna kommer att ha 1 studierelaterat besök. Patienter kommer endast att kontaktas, inbjudas att delta och intervjuas i början av sin utvärdering för eventuell TB. Studiegruppen kommer att följa upp med hälsoavdelningen för att avgöra om patienten verkligen diagnostiserades med tuberkulos, och med laboratoriet för att fastställa resultaten av seriellt direktutstryk, odling och känslighet vid diagnos och under behandlingsförloppet.