Hurtig karakterisering af Paucibacillary TB langs Tex/Mex-grænsen

Globale udfordringer for tuberkulosekontrol (TB) er multilægemiddelresistens TB (MDR-TB) og den øgede modtagelighed hos befolkninger som ældre, dem med HIV-infektion, type 2-diabetes og andre immunsuppressive kroniske sygdomme. Det første primære studiemål er at undersøge potentialet af efterforskernes nye DNA-ekstraktion/qPCR-protokol som et ikke-invasivt værktøj til at studere patogenese i en række paucibacillære prøver. Efterforskerne vil evaluere deres DNA-ekstraktions-/qPCR-assays prospektivt i prøver fra patienter med paucibacillær TB, herunder ekstrapulmonal TB (EPTB) og smear-negativ pulmonal TB. Efterforskere vil bestemme antallet af mykobakterielle genomer, tilstedeværelsen af ​​intakte mykobakterier og præcis placering i plasma, PBMC'er eller PMN'er i blod eller andre væsker eller celler i en række prøver. Det andet primære studiemål er at standardisere og validere et qPCR-assay til tidlig påvisning af Mycobacterium tuberculosis (MTB) lægemiddelresistens direkte fra prøver. Efterforskerne vil yderligere fastslå gennemførligheden af ​​at bruge denne meget følsomme analyse til at bestemme forholdet mellem Rifampin (RIF)-resistente og RIF-modtagelige bakterier i en given prøve. Efterforskerne vil tilpasse en enkel og effektiv metode, der ligner deres qPCR-teknologi, til påvisning af mutationer i rpoB-genet. MTB-positive prøver, identificeret ved enten qPCR eller direkte smear, vil blive screenet for RIF-resistens ved hjælp af molekylære beacons som prober i qPCR. Overensstemmelsen mellem de molekylære beacon-qPCR-assays og resistensfænotype fra kultur vil blive etableret. Efterforskerne vil derefter udnytte kapaciteten af ​​qPCR til at kvantificere forholdet mellem RIF-resistente over for -følsomme mykobakterier i en klinisk prøve. Efterforskerne antager, at nuværende assays er begrænset til at indikere "tilstedeværelse" af lægemiddelfølsomhed, men hos patienten er situationen mere kompleks, med dynamiske blandinger af resistente og følsomme bakterier, afhængigt af lokal eksponering for lægemidler. Udvikling af et værktøj, der opdager mindre populationer af lægemiddelresistensceller, vil åbne nye muligheder for undersøgelser for at hjælpe med at forstå udviklingen af ​​resistens og behandlingssvigt. Primære undersøgelsesresultater omfatter: forventning om, at qPCR i blod WBC'er vil give væsentligt forbedret følsomhed og præcision (information om mykobakterielle arter) ved diagnosticering af paucibacillær TB, specifikt tuberkuløs lymfadenitis, pleural TB og smear-negativ (tidlig) pulmonal TB, sammenlignet med standard mikrobiologisk og klinisk diagnose; forventning om, at molekylær beacon-qPCR vil forudsige RIF-resistens med 100 % følsomhed og mindst 86 % følsomhed på deres undersøgelsessted, hvilket giver et nyt værktøj til tidlig mistanke om MDR og dermed hurtig ændring af patientens behandlingsplan; og efterforskere vil lære om biologien bag fremkomsten af ​​RIF-resistens i en population af mykobakterier fra serielle patientprøver. Prøver vil blive indsamlet fra patienter fra 3 steder, alle med overvejende latinamerikanske populationer, beliggende i det sydlige Texas, tilstødende det nordøstlige Mexico og Colombia. Der vil maksimalt blive rekrutteret 780 mænd og kvinder i alderen 18-85 år. Undersøgelsespopulationen vil bestå af 390 personer med tuberkulose (62 med TB lymfadenitis, og højst 164 med pleural TB og 164 med smear-negativ lunge TB) og 390 kontroller (enten raske kontroller eller med en sygdom, der oprindeligt menes at være en af ​​de tre former for TB beskrevet for tilfælde, men derefter udelukket). Forsøgspersonerne vil have 1 studierelateret besøg. Patienter vil kun blive kontaktet, inviteret til at deltage og interviewet i begyndelsen af ​​deres evaluering for mulig TB. Undersøgelsesteamet vil følge op med sundhedsafdelingen for at afgøre, om patienten faktisk blev diagnosticeret med TB, og med laboratoriet for at bestemme resultaterne af serielle direkte udstrygninger, dyrkning og følsomhed ved diagnose og under behandlingsforløbet.