Caratterizzazione rapida della tubercolosi paucibacillare lungo il confine Tex/Mex

Le sfide globali per il controllo della tubercolosi (TB) sono la tubercolosi multiresistente ai farmaci (MDR-TB) e l'aumentata suscettibilità di popolazioni come gli anziani, le persone con infezione da HIV, il diabete di tipo 2 e altre malattie croniche immunosoppressive. Il primo obiettivo primario dello studio è esaminare il potenziale del nuovo protocollo di estrazione del DNA/qPCR dei ricercatori come strumento non invasivo per studiare la patogenesi in una serie di campioni paucibacillari. Gli investigatori valuteranno prospetticamente i loro test di estrazione del DNA / qPCR in campioni di pazienti con tubercolosi paucibacillare, inclusa la tubercolosi extrapolmonare (EPTB) e la tubercolosi polmonare negativa allo striscio. Gli investigatori determineranno il numero di genomi micobatterici, la presenza di micobatteri intatti e la posizione precisa all'interno di plasma, PBMC o PMN nel sangue o altri fluidi o cellule in una serie di campioni. Il secondo obiettivo principale dello studio è standardizzare e convalidare un test qPCR per la diagnosi precoce della resistenza ai farmaci del Mycobacterium tuberculosis (MTB) direttamente dai campioni. Gli investigatori stabiliranno ulteriormente la fattibilità dell'utilizzo di questo test altamente sensibile per determinare il rapporto tra batteri resistenti alla rifampicina (RIF) e sensibili alla RIF in un dato campione. Gli investigatori adatteranno un metodo semplice ed efficace, simile alla loro tecnologia qPCR, per il rilevamento di mutazioni nel gene rpoB. I campioni MTB-positivi, identificati mediante qPCR o striscio diretto, saranno sottoposti a screening per la resistenza RIF utilizzando segnali molecolari come sonde in qPCR. Verrà stabilita la concordanza tra i saggi molecolari beacon-qPCR e il fenotipo di resistenza dalla coltura. Gli investigatori utilizzeranno quindi la capacità di qPCR per quantificare i rapporti di micobatteri resistenti a RIF e sensibili in un campione clinico. Gli investigatori ipotizzano che i test attuali si limitino a indicare la "presenza" di suscettibilità ai farmaci, ma nel paziente la situazione è più complessa, con miscele dinamiche di batteri resistenti e sensibili, a seconda dell'esposizione locale ai farmaci. Lo sviluppo di uno strumento che rileva le popolazioni minori di cellule resistenti ai farmaci aprirà nuove strade di indagine per aiutare a comprendere lo sviluppo della resistenza e i fallimenti terapeutici. Gli esiti primari dello studio includono: l'anticipazione che la qPCR nei globuli bianchi del sangue fornirà una sensibilità e una precisione sostanzialmente migliorate (informazioni sulle specie micobatteriche) nella diagnosi di tubercolosi paucibacillare, in particolare linfoadenite tubercolare, tubercolosi pleurica e tubercolosi polmonare con striscio negativo (precoce), rispetto a diagnosi microbiologica e clinica standard; anticipazione che il beacon molecolare-qPCR predice la resistenza RIF con una sensibilità del 100% e almeno dell'86% nel loro sito di studio, fornendo un nuovo strumento per il sospetto precoce di MDR e, quindi, una rapida modifica del programma di trattamento del paziente; e i ricercatori apprenderanno la biologia dell'emergenza della resistenza RIF in una popolazione di micobatteri da campioni seriali di pazienti. I campioni saranno raccolti da pazienti provenienti da 3 siti, tutti con popolazioni prevalentemente ispaniche, situati nel sud del Texas, adiacente al nord-est del Messico e in Colombia. Saranno reclutati un massimo di 780 uomini e donne, di età compresa tra 18 e 85 anni. La popolazione in studio sarà composta da 390 persone con tubercolosi (62 con linfoadenite tubercolare, e al massimo 164 con tubercolosi pleurica e 164 con tubercolosi polmonare negativa) e 390 controlli (o controlli sani o con una malattia inizialmente ritenuta essere una delle tre forme di tubercolosi descritte per casi, ma poi escluse). I soggetti avranno 1 visita correlata allo studio. I pazienti saranno contattati, invitati a partecipare e intervistati solo all'inizio della loro valutazione per possibile tubercolosi. Il team di studio seguirà il dipartimento sanitario per determinare se al paziente è stata effettivamente diagnosticata la tubercolosi e con il laboratorio per determinare i risultati di strisci seriali diretti, coltura e sensibilità alla diagnosi e durante il corso del trattamento.