Szybka charakterystyka gruźlicy Paucibacillary wzdłuż granicy Tex/Mex

Globalnymi wyzwaniami dla kontroli gruźlicy są gruźlica wielolekooporna (MDR-TB) oraz zwiększona podatność populacji, takich jak osoby starsze, zakażone wirusem HIV, cukrzyca typu 2 i inne przewlekłe choroby immunosupresyjne. Pierwszym głównym celem badania jest zbadanie potencjału nowego protokołu badaczy do ekstrakcji DNA/qPCR jako nieinwazyjnego narzędzia do badania patogenezy w szeregu próbek paucibacillary. Badacze ocenią swoje testy ekstrakcji DNA/qPCR prospektywnie w próbkach od pacjentów z gruźlicą paucibacilarną, w tym gruźlicą pozapłucną (EPTB) i gruźlicą płuc z ujemnym rozmazem. Badacze określą liczbę genomów mykobakterii, obecność nienaruszonych prątków i dokładną lokalizację w osoczu, PBMC lub PMN we krwi lub innym płynie lub komórkach w szeregu próbek. Drugim głównym celem badania jest standaryzacja i walidacja testu qPCR do wczesnego wykrywania lekooporności Mycobacterium tuberculosis (MTB) bezpośrednio z próbek. Badacze ustalą ponadto wykonalność zastosowania tego wysoce czułego testu do określenia stosunku bakterii opornych na rifampinę (RIF) do bakterii wrażliwych na RIF w danej próbce. Badacze zaadaptują prostą i skuteczną metodę, podobną do ich technologii qPCR, do wykrywania mutacji w genie rpoB. Próbki MTB-dodatnie, zidentyfikowane za pomocą qPCR lub bezpośredniego rozmazu, będą badane pod kątem oporności na RIF przy użyciu molekularnych sygnałów nawigacyjnych jako sond w qPCR. Ustalona zostanie zgodność między testami molekularnej beacon-qPCR a fenotypem oporności z hodowli. Następnie badacze wykorzystają możliwości qPCR do ilościowego określenia stosunku prątków opornych na RIF do prątków wrażliwych na RIF w próbce klinicznej. Badacze wysuwają hipotezę, że obecne testy ograniczają się do wskazania „obecności” wrażliwości na lek, ale u pacjenta sytuacja jest bardziej złożona, z dynamiczną mieszanką bakterii opornych i wrażliwych, w zależności od miejscowej ekspozycji na leki. Opracowanie narzędzia wykrywającego niewielkie populacje komórek lekoopornych otworzy nowe możliwości badań, które pomogą zrozumieć rozwój oporności i niepowodzenia leczenia. Podstawowe wyniki badań obejmują: przewidywanie, że qPCR w białych krwinkach krwi zapewni znacznie lepszą czułość i precyzję (informacje o gatunkach prątków) w diagnostyce gruźlicy paucibacillary, w szczególności gruźliczego zapalenia węzłów chłonnych, gruźlicy opłucnej i gruźlicy płuc z ujemnym rozmazem (wczesnej) gruźlicy, w porównaniu z gruźlicą gruźlicy standardowa diagnostyka mikrobiologiczna i kliniczna; przewidywanie, że molekularny beacon-qPCR pozwoli przewidzieć oporność na RIF ze 100% czułością i co najmniej 86% czułością w ich ośrodku badawczym, dostarczając nowe narzędzie do wczesnego podejrzenia MDR, a tym samym do szybkiej modyfikacji harmonogramu leczenia pacjenta; a badacze poznają biologię powstawania oporności na RIF w populacji prątków z seryjnych próbek pacjentów. Próbki będą pobierane od pacjentów z 3 miejsc, z których wszystkie stanowią głównie populacje latynoskie, zlokalizowanych w południowym Teksasie, sąsiadującym z północno-wschodnim Meksykiem i Kolumbią. Zatrudnionych zostanie maksymalnie 780 mężczyzn i kobiet w wieku od 18 do 85 lat. Badana populacja będzie się składać z 390 osób z gruźlicą (62 z gruźliczym zapaleniem węzłów chłonnych i co najwyżej 164 z gruźlicą opłucnej i 164 z gruźlicą płuc z ujemnym rozmazem) oraz 390 osób z grupy kontrolnej (albo zdrowe grupy kontrolne, albo z chorobą początkowo uważaną za jedną z trzy formy gruźlicy opisane dla przypadków, ale następnie wykluczone). Pacjenci będą mieli 1 wizytę związaną z badaniem. Pacjenci będą kontaktowani, zapraszani do udziału i przeprowadzani wywiady tylko na początku ich oceny pod kątem możliwej gruźlicy. Zespół badawczy skontaktuje się z wydziałem zdrowia w celu ustalenia, czy u pacjenta rzeczywiście zdiagnozowano gruźlicę, oraz z laboratorium w celu określenia wyników seryjnego wymazu bezpośredniego, posiewu i wrażliwości w momencie rozpoznania iw trakcie leczenia.