The ENIGMA Study: Eastern Inflammatory Bowel Disease Střevní mikrobiota

Výskyt zánětlivých onemocnění střev (IBD) včetně Crohnovy choroby (CD) a ulcerózní kolitidy (UC) v rozvojovém světě roste. Naše nedávná asijsko-pacifická populační studie v 8 asijských zemích a Austrálii prokázala, že Hongkong a Čína patří mezi nejvyšší výskyt nemocí v Asii, zatímco Austrálie má stejně nejvyšší výskyt těchto nemocí na světě. Výskyt IBD v Hongkongu a Číně vzrostl za poslední desetiletí trojnásobně.

Asijské populace mají genetické predispozice k rozvoji IBD, které jsou odlišné od Západu, ale tyto genetické abnormality nejsou pro rozvoj IBD povinné, přičemž mnohem důležitější patogenní roli hrají faktory prostředí. Mezi tyto faktory patří cestování s vystavením nové populaci v dětství, strava, užívání antibiotik v dětství, socioekonomický status a výchova na venkově oproti městské, přičemž každý z nich sám nebo v kombinaci pravděpodobně ovlivní mikrobiom.

Přesvědčivé důkazy naznačují, že střevní mikrobi hrají kritickou roli v patogenezi onemocnění, zatímco geografické, dietní a etnické faktory ovlivňují mikrobiální složení. Kromě rozsáhlých změn v mikrobiálním profilu u IBD byla identifikována řada specifických změn, jako je pokles druhů Roseburia hominis produkujících butyrát a Faecalibacterium Prausnitzii. Ačkoli je komenzální střevní mikroflóra u IBD ekologicky a funkčně narušena, mezi podtypy IBD a jednotlivými pacienty existuje nevysvětlitelná heterogenita. U pacientů s CD dosud neléčených v nové léčbě bylo hlášeno obohacení o Enterobacteriaceae a deplece Clades IV a XIVa Clostridia během zánětu spojeného s onemocněním. Metagenomické studie a mikročipové analýzy v západních populacích a omezené asijské údaje prokázaly snížení Firmicutes, jako je F. prausnitzii u Crohnovy choroby (CD), a zvýšení Escherichia coli a Fusobacterium. Není známo, zda změny v domnělých patogenech a/nebo ochranných organismech identifikovaných v západních populacích, jako je E. coli a F. prausnitzii, jsou přítomny u pacientů s IBD v Asii. Chybí také informace o stupni genetických variací mezi bakteriemi přiřazenými k těmto taxonomickým skupinám z různých etnických a geografických oblastí. Většina publikovaných prací o těchto bakteriích a jejich potenciální patogenní nebo ochranné roli v CD byla provedena s izoláty získanými od evropských a severoamerických subjektů. Z těchto důvodů se vyšetřovatelé domnívají, že je potřeba pevně stanovit, zda se výše uvedené mikrobiální změny vyskytují také u pacientů z jiných částí světa, včetně asijských zemí s vysokým výskytem onemocnění a zvyšujícím se výskytem onemocnění.

Studie Post-Operative Crohn's Endoscopic Recurrence (POCER) byla provedena v 17 nemocnicích v Austrálii a na Novém Zélandu a zahrnula 174 pacientů, kteří byli poté sledováni po dobu 18 měsíců po operaci. Analýzy mikroflóry provedené na podskupině kohorty pacientů ve studii POCER ukázaly, že F. prausnitzii, dříve identifikovaná jako schopná produkovat protizánětlivé vlastnosti, možný klíčový organismus v prevenci aktivní CD, byla u pacientů v chirurgii snížena v hojnosti u aktivní CD které následně recidivovaly, a u pacientů v době recidivy. Většina publikovaných studií zkoumajících protizánětlivé vlastnosti F. prausnitzii byla provedena s jediným kmenem evropského původu. Navzdory příslibu spojenému s protizánětlivými vlastnostmi produkovanými F. prausnitzii zbývá určit, zda tato bakterie chrání proti zánětu, nebo se po nástupu zánětu snižuje.

Stručně řečeno, v současné době není jasné, zda jsou změny v domnělých patogenech a ochranných organismech přítomných v západních populacích IBD konzistentně pozorovány u pacientů s CD v Asii. Není ani známo, zda se funkční schopnosti těchto bakterií liší napříč etnickými a/nebo geografickými oblastmi.

Kromě charakteristik těchto dvou bakteriálních rodin pravděpodobně hraje klíčovou roli v jejich expresi a funkci mikrobiální prostředí propojené s těmito organismy. To bude podrobně prozkoumáno pomocí širokých sekvenačních technik.

Mikrobiální analýzy budou provedeny v kontextu podrobného vyšetření environmentálních rizikových faktorů pro rozvoj CD u stejných pacientů.