L'étude ENIGMA : Microbiote intestinal de la maladie inflammatoire de l'intestin de l'Est

L'incidence des maladies inflammatoires de l'intestin (MICI), y compris la maladie de Crohn (MC) et la colite ulcéreuse (CU), est en augmentation dans les pays en développement. Notre récente étude basée sur la population en Asie-Pacifique dans 8 pays asiatiques et en Australie a démontré que Hong Kong et la Chine ont l'une des incidences de maladies les plus élevées en Asie, tandis que l'Australie a l'incidence la plus élevée de ces maladies au monde. L'incidence des MII à Hong Kong et en Chine a triplé au cours de la dernière décennie.

Les populations asiatiques ont des prédispositions génétiques à développer des MICI différentes de celles de l'Occident, mais ces anomalies génétiques ne sont pas obligatoires pour le développement des MICI, les facteurs environnementaux jouant un rôle pathogène beaucoup plus important. Ces facteurs comprennent les voyages avec exposition à une nouvelle population pendant l'enfance, l'alimentation, l'utilisation d'antibiotiques pendant l'enfance, le statut socio-économique et une éducation rurale par rapport à urbaine, chacun étant seul ou en combinaison, susceptible d'affecter le microbiome.

Des preuves convaincantes suggèrent que les microbes intestinaux jouent un rôle essentiel dans la pathogenèse de la maladie, tandis que des facteurs géographiques, alimentaires et ethniques ont un impact sur la composition microbienne. En plus de changements importants dans le profil microbien des MII, un certain nombre de changements spécifiques ont été identifiés, tels qu'une diminution des espèces productrices de butyrate Roseburia hominis et Faecalibacterium Prausnitzii. Bien que le microbiote intestinal commensal soit écologiquement et fonctionnellement perturbé dans les MII, il existe une hétérogénéité inexpliquée entre les sous-types de MII et les patients individuels. Chez les nouveaux patients naïfs de traitement atteints de MC, un enrichissement en entérobactéries et une déplétion des clades IV et XIVa Clostridia au cours de l'inflammation associée à la maladie ont été rapportés. Des études métagénomiques et des analyses de puces à ADN dans les populations occidentales et des données asiatiques limitées ont démontré une réduction des Firmicutes, telles que F. prausnitzii dans la maladie de Crohn (MC), et une augmentation des Escherichia coli et Fusobacterium. On ne sait pas si les changements dans les pathogènes putatifs et/ou les organismes protecteurs identifiés dans les populations occidentales, tels que E. coli et F. prausnitzii, respectivement, sont présents chez les patients atteints de MICI en Asie. Les informations manquent également sur le degré de variation génétique entre les bactéries attribuées à ces groupes taxonomiques de différentes régions ethniques et géographiques. La plupart des travaux publiés sur ces bactéries, et leur rôle pathogène ou protecteur potentiel dans la MC, ont été entrepris avec des isolats récupérés chez des sujets européens et nord-américains. Pour ces raisons, les chercheurs pensent qu'il est nécessaire d'établir fermement si les changements microbiens décrits ci-dessus sont également rencontrés chez des patients d'autres parties du monde, y compris des pays asiatiques à forte incidence de maladie et à incidence croissante de maladie.

L'étude POCER (Post-Operative Crohn's Endoscopic Recurrence) a été menée dans 17 hôpitaux d'Australie et de Nouvelle-Zélande et a recruté 174 patients qui ont ensuite été suivis pendant 18 mois après l'opération. Les analyses du microbiote entreprises sur un sous-ensemble de la cohorte de patients de l'étude POCER ont montré que F. prausnitzii, précédemment identifié comme étant capable de produire des propriétés anti-inflammatoires, possiblement un organisme clé dans la prévention de la MC active, était diminué en abondance dans la MC active, chez les patients à la chirurgie qui a récidivé par la suite, et chez les patients au moment de la récidive. La plupart des études publiées examinant les propriétés anti-inflammatoires de F. prausnitzii ont été entreprises avec une seule souche d'origine européenne. Malgré la promesse associée aux propriétés anti-inflammatoires produites par F. prausnitzii, il reste à déterminer si cette bactérie est protectrice contre l'inflammation, ou diminue après le début de l'inflammation.

En résumé, il est actuellement difficile de savoir si les changements dans les pathogènes putatifs et les organismes protecteurs présents dans les populations occidentales de MII sont systématiquement observés chez les patients atteints de MC en Asie. On ne sait pas non plus si les capacités fonctionnelles de ces bactéries diffèrent selon les régions ethniques et/ou géographiques.

En plus des caractéristiques de ces deux familles bactériennes, l'environnement microbien en interface avec ces organismes est susceptible de jouer un rôle critique dans leur expression et leur fonction. Ceci sera examiné en détail à l'aide de techniques de séquençage larges.

Des analyses microbiennes seront entreprises dans le cadre d'un examen détaillé des facteurs de risque environnementaux pour le développement de la MC, chez les mêmes patients.