Identifikace nových kandidátských genů u pacientů s mitochondriálním onemocněním pomocí analýzy chromozomů s vysokým rozlišením na DNA čipu (ACPA HR)

Mitochondriální onemocnění jsou komplexní onemocnění s velkou klinickou a genetickou heterogenitou a jejich diagnostika je obtížná.

Oddělení lékařské genetiky zahrnuje mezi svou činnost diagnostiku těchto onemocnění. Od roku 2006 je referenčním centrem pro mitochondriální onemocnění na národní úrovni a nedávno bylo schváleno v rámci výzvy k předkládání projektů „Evropská referenční síť (ERN) pro vzácná onemocnění“, EURO-NMD, podporované Fakultní nemocnicí Nice. Rutinní diagnostická strategie je založena na vysoce výkonné sekvenační analýze mitochondriální DNA (mtDNA) a panelu 281 cílených genů „mitochondriopatií“. Pokud jsou tyto analýzy negativní, lze ve výzkumném prostředí provést analýzu exomu (vysokopropustné sekvenování všech exonů v genomu). K dnešnímu dni zůstává asi 40 % analyzovaných pacientů bez genetické diagnózy. Ve skutečnosti neumožňuje identifikovat velké variace typu delece, duplikace nebo CNV (variace počtu kopií). Navíc, zacílení pouze na exony, sekvenování exomu neumožňuje detekci intronických nebo lokalizovaných mutací v regulačních oblastech.

Identifikace CNV je umožněna chromozomální analýzou na DNA čipu (CADC). Tato uznávaná technika se běžně používá v laboratoři. Výzkumníci používají čipy s minimálním rozlišením přibližně 13 kb pro celogenomovou studii CNV u pacientů s vývojovými poruchami. Toto rozlišení je však nedostatečné pro detekci událostí přepracování řádově velikosti exonu. Existují čipy DNA s vysokým rozlišením, kompatibilní s naší platformou, které by umožnily vyšetřovatelům přesněji vizualizovat menší přeuspořádání, které nebylo možné identifikovat analýzou exomu. Kombinovaná strategie exome/CADC již prokázala svou účinnost při diagnostice různých onemocnění zvýšením výnosu.

V této souvislosti se výzkumníci zaměřují na použití této strategie v této neintervenční studii na sérii 15 pacientů s mitochondriálním onemocněním, kteří zůstávají nediagnostikováni po analýze mtDNA, genového panelu a exomu. Budou testovat 2 typy pacientů:

• V první sérii, jejíž onemocnění má být přenášeno autozomálně recesivním způsobem, byla identifikována pouze jedna heterozygotní varianta v genu již popsaném ve srovnatelném klinickém obrazu. Je tedy možné, že tito pacienti jsou přenašeči na druhé alele CNV, kterou sekvenování exomu nedokázalo identifikovat.
• Ve druhé sérii analýza exomu neumožnila identifikaci jediného odpovědného genu (několik kandidátních genů bez jakékoli jistoty ohledně patogenity genu (genů) nebo varianty (variancí))