Identificación de nuevos genes candidatos en pacientes con enfermedad mitocondrial mediante análisis cromosómico de alta resolución en un chip de ADN (ACPA HR)

Las enfermedades mitocondriales son enfermedades complejas con gran heterogeneidad clínica y genética y su diagnóstico es difícil.

El Departamento de Genética Médica incluye entre sus actividades el diagnóstico de estas enfermedades. Es un centro de referencia para las enfermedades mitocondriales a nivel nacional desde 2006 y recientemente fue aprobado dentro de la convocatoria de proyectos "Red Europea de Referencia (ERN) para enfermedades raras", EURO-NMD, apoyado por el Hospital Universitario de Niza. La estrategia de diagnóstico de rutina se basa en el análisis de secuenciación del ADN mitocondrial (ADNmt) de alto rendimiento y en un panel de 281 genes de "mitocondriopatías" específicas. Cuando estos análisis son negativos, se puede realizar un análisis de exoma (secuenciación de alto rendimiento de todos los exones en el genoma) en un entorno de investigación. Hasta la fecha, cerca del 40% de los pacientes analizados permanecen sin diagnóstico genético. De hecho, no permite identificar grandes variaciones de tipo de eliminación, duplicación o CNV (variación del número de copia). Además, al centrarse únicamente en los exones, la secuenciación del exoma no permite la detección de mutaciones intrónicas o localizadas en las regiones reguladoras.

La identificación de las CNV es posible gracias al análisis cromosómico en un chip de ADN (CADC). Esta técnica reconocida se usa rutinariamente en el laboratorio. Los investigadores utilizan chips con una resolución mínima de aproximadamente 13 Kb para el estudio del genoma completo de las CNV en pacientes con trastornos del desarrollo. Sin embargo, esta resolución es insuficiente para detectar eventos de reelaboración del orden de magnitud de un exón. Hay chips de ADN de alta resolución, compatibles con nuestra plataforma, que permitirían a los investigadores visualizar con mayor precisión reordenamientos más pequeños que no pudieron identificarse mediante el análisis del exoma. La estrategia combinada de exoma/CADC ya ha demostrado su eficacia en el diagnóstico de diversas enfermedades al aumentar el rendimiento.

En este contexto, los investigadores tienen como objetivo utilizar esta estrategia en este estudio no intervencionista en una serie de 15 pacientes con enfermedad mitocondrial que permanecen sin diagnosticar después del análisis de ADNmt, panel de genes y exoma. Probarán 2 tipos de pacientes:

• En la primera serie, cuya enfermedad se supone que se transmite de forma autosómica recesiva, solo se identificó una variante heterocigota en un gen ya descrito en un cuadro clínico comparable. Por lo tanto, es posible que estos pacientes sean portadores del segundo alelo de una CNV, que la secuenciación del exoma no pudo identificar.
• En la segunda serie, el análisis del exoma no permitió identificar un solo gen responsable (varios genes candidatos sin ninguna certeza sobre la patogenicidad del gen o variante)