Identificazione di nuovi geni candidati in pazienti con malattia mitocondriale mediante analisi cromosomica ad alta risoluzione su DNA Chip (ACPA HR)

Le malattie mitocondriali sono malattie complesse con grande eterogeneità clinica e genetica e la loro diagnosi è difficile.

Il Dipartimento di Genetica Medica annovera tra le sue attività la diagnosi di queste malattie. È un centro di riferimento per le malattie mitocondriali a livello nazionale dal 2006 ed è stato recentemente approvato nell'ambito del bando per progetti "Rete di riferimento europea (ERN) per le malattie rare", EURO-NMD, sostenuto dall'Ospedale universitario di Nizza. La strategia diagnostica di routine si basa sull'analisi del sequenziamento del DNA mitocondriale (mtDNA) ad alto rendimento e su un pannello di 281 geni "mitocondriali" mirati. Quando queste analisi sono negative, è possibile eseguire un'analisi dell'esoma (sequenziamento ad alto rendimento di tutti gli esoni nel genoma) in un contesto di ricerca. Ad oggi circa il 40% dei pazienti analizzati rimane senza diagnosi genetica. Infatti, non consente di identificare grandi variazioni di cancellazione, duplicazione o tipo CNV (variazione del numero di copie). Inoltre, prendendo di mira solo gli esoni, il sequenziamento dell'esoma non consente il rilevamento di mutazioni introniche o localizzate nelle regioni regolatorie.

L'identificazione dei CNV è resa possibile dall'analisi cromosomica su un DNA chip (CADC). Questa tecnica riconosciuta viene utilizzata di routine in laboratorio. I ricercatori utilizzano chip con una risoluzione minima di circa 13 Kb per lo studio dell'intero genoma dei CNV in pazienti con disturbi dello sviluppo. Tuttavia, questa risoluzione non è sufficiente per rilevare eventi di rilavorazione dell'ordine di grandezza di un esone. Esistono chip di DNA ad alta risoluzione, compatibili con la nostra piattaforma, che consentirebbero agli investigatori di visualizzare in modo più accurato riarrangiamenti più piccoli che non potrebbero essere identificati dall'analisi dell'esoma. La strategia combinata esoma/CADC ha già dimostrato la sua efficacia nella diagnosi di varie malattie aumentando la resa.

In questo contesto, i ricercatori mirano a utilizzare questa strategia in questo studio non interventistico su una serie di 15 pazienti con malattia mitocondriale che rimangono non diagnosticati dopo l'analisi del mtDNA, del pannello genico e dell'esoma. Testeranno 2 tipi di pazienti:

• Nella prima serie, la cui malattia si suppone essere trasmessa con modalità autosomica recessiva, è stata individuata una sola variante eterozigote in un gene già descritto in un quadro clinico comparabile. È quindi possibile che questi pazienti siano portatori del secondo allele di un CNV, che il sequenziamento dell'esoma non è stato in grado di identificare.
• Nella seconda serie, l'analisi dell'esoma non ha consentito l'identificazione di un singolo gene responsabile (diversi geni candidati senza alcuna certezza sulla patogenicità del/dei gene/i o della/e variante/i)