Identification de nouveaux gènes candidats chez des patients atteints d'une maladie mitochondriale par analyse chromosomique à haute résolution sur puce à ADN (ACPA HR)

Les maladies mitochondriales sont des maladies complexes avec une grande hétérogénéité clinique et génétique et leur diagnostic est difficile.

Le service de génétique médicale inclut parmi ses activités le diagnostic de ces maladies. Il est centre de référence pour les maladies mitochondriales au niveau national depuis 2006 et a récemment été labellisé dans le cadre de l'appel à projets "Réseau Européen de Référence (ERN) pour les maladies rares", EURO-NMD, soutenu par le CHU de Nice. La stratégie de diagnostic de routine repose sur l'analyse de séquençage à haut débit de l'ADN mitochondrial (ADNmt) et d'un panel de 281 gènes de « mitochondriopathies » ciblés. Lorsque ces analyses sont négatives, une analyse d'exome (séquençage à haut débit de tous les exons du génome) peut être réalisée dans un cadre de recherche. A ce jour, environ 40% des patients analysés restent sans diagnostic génétique. En effet, il ne permet pas d'identifier de grandes variations de type délétion, duplication ou CNV (copy number variation). De plus, ciblant uniquement les exons, le séquençage des exomes ne permet pas la détection de mutations introniques ou localisées dans les régions régulatrices.

L'identification des CNV est rendue possible par l'analyse chromosomique sur puce à ADN (CADC). Cette technique reconnue est utilisée en routine au laboratoire. Les chercheurs utilisent des puces avec une résolution minimale d'environ 13Kb pour l'étude à l'échelle du génome des CNV chez les patients atteints de troubles du développement. Cependant, cette résolution est insuffisante pour détecter des événements de retravail de l'ordre de grandeur d'un exon. Il existe des puces à ADN haute résolution, compatibles avec notre plate-forme, qui permettraient aux chercheurs de visualiser plus précisément les réarrangements plus petits qui ne pourraient pas être identifiés par l'analyse de l'exome. La stratégie combinée exome/CADC a déjà prouvé son efficacité dans le diagnostic de diverses maladies en augmentant le rendement.

Dans ce contexte, les chercheurs visent à utiliser cette stratégie dans cette étude non interventionnelle sur une série de 15 patients atteints d'une maladie mitochondriale qui restent non diagnostiqués après analyse de l'ADNmt, du panel de gènes et de l'exome. Ils testeront 2 types de patients :

• Dans la première série, dont la maladie est supposée se transmettre sur un mode autosomique récessif, un seul variant hétérozygote a été identifié dans un gène déjà décrit dans un tableau clinique comparable. Il est donc possible que ces patients soient porteurs sur le deuxième allèle d'une NVC, que le séquençage de l'exome n'a pas pu identifier.
• Dans la deuxième série, l'analyse de l'exome n'a pas permis d'identifier un seul gène responsable (plusieurs gènes candidats sans aucune certitude sur la pathogénicité du ou des gènes ou variant(s))