Идентификация новых генов-кандидатов у пациентов с митохондриальными заболеваниями с помощью хромосомного анализа высокого разрешения на ДНК-чипе (ACPA HR)

Митохондриальные заболевания представляют собой сложные заболевания с большой клинической и генетической гетерогенностью, и их диагностика затруднена.

Отделение медицинской генетики включает в свою деятельность диагностику этих заболеваний. Он является справочным центром по митохондриальным заболеваниям на национальном уровне с 2006 года и недавно был утвержден в рамках конкурса проектов «Европейская справочная сеть (ERN) по редким заболеваниям», EURO-NMD, поддерживаемых университетской больницей Ниццы. Рутинная диагностическая стратегия основана на высокопроизводительном анализе секвенирования митохондриальной ДНК (мтДНК) и панели из 281 целевого гена «митохондриопатии». Когда эти анализы отрицательны, в условиях исследования может быть выполнен экзомный анализ (высокопроизводительное секвенирование всех экзонов в геноме). На сегодняшний день около 40% проанализированных пациентов остаются без генетического диагноза. Действительно, он не позволяет идентифицировать большие вариации типа делеции, дупликации или CNV (вариации числа копий). Более того, секвенирование экзома, нацеленное только на экзоны, не позволяет обнаруживать интронные или локализованные мутации в регуляторных областях.

Выявление CNV стало возможным благодаря хромосомному анализу на ДНК-чипе (CADC). Этот общепризнанный метод регулярно используется в лаборатории. Исследователи используют чипы с минимальным разрешением около 13 КБ для полногеномного исследования CNV у пациентов с нарушениями развития. Однако этого разрешения недостаточно для обнаружения событий переделки порядка величины экзона. Существуют ДНК-чипы с высоким разрешением, совместимые с нашей платформой, которые позволят исследователям более точно визуализировать более мелкие перестройки, которые не могут быть идентифицированы с помощью анализа экзома. Комбинированная стратегия экзом/CADC уже доказала свою эффективность в диагностике различных заболеваний за счет увеличения урожайности.

В этом контексте исследователи стремятся использовать эту стратегию в этом неинтервенционном исследовании серии из 15 пациентов с митохондриальными заболеваниями, которые остаются недиагностированными после анализа мтДНК, генной панели и экзома. Они будут тестировать 2 типа пациентов:

• В первой серии, заболевание которой предположительно передается по аутосомно-рецессивному типу, выявлен только один гетерозиготный вариант в уже описанном гене при сопоставимой клинической картине. Поэтому возможно, что эти пациенты являются носителями второго аллеля CNV, который не удалось идентифицировать при секвенировании экзома.
• Во второй серии анализ экзома не позволил идентифицировать ни одного ответственного гена (несколько генов-кандидатов без какой-либо уверенности в патогенности гена(ов) или варианта(ов))