Identifikasjon av nye kandidatgener hos pasienter med mitokondriell sykdom ved høyoppløselig kromosomanalyse på DNA-brikke (ACPA HR)

Mitokondrielle sykdommer er komplekse sykdommer med stor klinisk og genetisk heterogenitet, og diagnosen deres er vanskelig.

Medisinsk genetikkavdeling inkluderer blant sine aktiviteter diagnostisering av disse sykdommene. Det har vært et referansesenter for mitokondrielle sykdommer på nasjonalt nivå siden 2006 og ble nylig godkjent under utlysningen av prosjektene "European Reference Network (ERN) for rare diseases", EURO-NMD, støttet av Nice Universitetssykehus. Den rutinemessige diagnostiske strategien er basert på high throughput mitokondriell DNA (mtDNA) sekvenseringsanalyse og et panel med 281 målrettede "mitokondriopatier" gener. Når disse analysene er negative, kan en eksomanalyse (høy gjennomstrømningssekvensering av alle eksoner i genomet) utføres i en forskningssetting. Til dags dato forblir omtrent 40 % av pasientene som er analysert uten genetisk diagnose. Faktisk tillater det ikke å identifisere store variasjoner av sletting, duplisering eller CNV (kopinummervariasjon) type. Videre, rettet mot kun eksoner, tillater ikke eksomsekvensering påvisning av introniske eller lokaliserte mutasjoner i regulatoriske regioner.

Identifikasjonen av CNV er gjort mulig ved kromosomanalyse på en DNA-brikke (CADC). Denne anerkjente teknikken brukes rutinemessig i laboratoriet. Etterforskerne bruker brikker med en minimumsoppløsning på omtrent 13Kb for den genomomfattende studien av CNV hos pasienter med utviklingsforstyrrelser. Denne resolusjonen er imidlertid utilstrekkelig til å oppdage omarbeidingshendelser av størrelsesorden et ekson. Det er høyoppløselige DNA-brikker, kompatible med plattformen vår, som ville tillate etterforskerne å mer nøyaktig visualisere mindre omorganiseringer som ikke kunne identifiseres ved eksomanalyse. Den kombinerte exome/CADC-strategien har allerede bevist sin effektivitet i å diagnostisere ulike sykdommer ved å øke utbyttet.

I denne sammenhengen tar etterforskerne sikte på å bruke denne strategien i denne ikke-intervensjonelle studien på en serie på 15 pasienter med mitokondriell sykdom som forblir udiagnostisert etter analyse av mtDNA, genpanel og eksom. De vil teste 2 typer pasienter:

• I den første serien, hvis sykdom antas å bli overført i en autosomal recessiv modus, ble bare én heterozygot variant identifisert i et gen som allerede er beskrevet i et sammenlignbart klinisk bilde. Det er derfor mulig at disse pasientene er bærere på den andre allelen av en CNV, som eksomsekvenseringen ikke kunne identifisere.
• I den andre serien tillot ikke eksomanalysen identifisering av et enkelt ansvarlig gen (flere kandidatgener uten noen sikkerhet om patogenisiteten til genet(e) eller variant(er))