Identifikation af nye kandidatgener hos patienter med mitokondriel sygdom ved højopløsningskromosomanalyse på DNA-chip (ACPA HR)

Mitokondrielle sygdomme er komplekse sygdomme med stor klinisk og genetisk heterogenitet, og deres diagnose er vanskelig.

Afdelingen for Medicinsk Genetik omfatter blandt sine aktiviteter diagnosticering af disse sygdomme. Det har været et referencecenter for mitokondriesygdomme på nationalt plan siden 2006 og blev for nylig godkendt under indkaldelsen af ​​projekter "European Reference Network (ERN) for sjældne sygdomme", EURO-NMD, støttet af Nice Universitetshospital. Den rutinemæssige diagnostiske strategi er baseret på high throughput mitochondrial DNA (mtDNA) sekventeringsanalyse og et panel af 281 målrettede "mitochondriopathies" gener. Når disse analyser er negative, kan en exome-analyse (høj gennemløbssekventering af alle exoner i genomet) udføres i et forskningsmiljø. Til dato forbliver omkring 40 % af de analyserede patienter uden genetisk diagnose. Det tillader faktisk ikke at identificere store variationer af sletning, duplikering eller CNV (kopinummervariation) type. Desuden tillader exom-sekventering kun målrettet exoner ikke påvisning af introniske eller lokaliserede mutationer i regulatoriske regioner.

Identifikationen af ​​CNV'er er muliggjort ved kromosomanalyse på en DNA-chip (CADC). Denne anerkendte teknik bruges rutinemæssigt i laboratoriet. Efterforskerne bruger chips med en minimumsopløsning på ca. 13Kb til det genom-dækkende studie af CNV'er hos patienter med udviklingsforstyrrelser. Denne opløsning er imidlertid utilstrækkelig til at detektere omarbejdningsbegivenheder af størrelsesordenen af ​​en exon. Der er højopløselige DNA-chips, som er kompatible med vores platform, som ville give efterforskerne mulighed for mere præcist at visualisere mindre omarrangementer, som ikke kunne identificeres ved exome-analyse. Den kombinerede exome/CADC-strategi har allerede bevist sin effektivitet til at diagnosticere forskellige sygdomme ved at øge udbyttet.

I denne sammenhæng sigter efterforskerne på at bruge denne strategi i denne ikke-interventionelle undersøgelse på en serie på 15 patienter med mitokondriel sygdom, som forbliver udiagnosticerede efter analyse af mtDNA, genpanel og exome. De vil teste 2 typer patienter:

• I den første serie, hvis sygdom formodes at blive overført i en autosomal recessiv tilstand, blev kun én heterozygot variant identificeret i et gen, der allerede er beskrevet i et sammenligneligt klinisk billede. Det er derfor muligt, at disse patienter er bærere på den anden allel af en CNV, som exome-sekventeringen ikke kunne identificere.
• I den anden serie tillod exome-analysen ikke identifikation af et enkelt ansvarligt gen (flere kandidatgener uden nogen sikkerhed for patogeniciteten af ​​genet/generne eller varianten/varianterne)