Aplikace techniky sekvenování nové generace u dětské bakteriální meningitidy

Bakteriální meningitida, známá také jako purulentní meningitida, je způsobena řadou bakteriálních infekcí. Přestože se výskyt u kojenců a dětí od použití konjugovaných vakcín proti Haemophilus influenzae typu b (Hib), Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) a Neisseria meningitides (N. meningitida), bakteriální meningitida je i nadále důležitou příčinou úmrtnosti a morbidity u novorozenců a dětí na celém světě. Původci bakteriální meningitidy závisí na různém věku pacienta a predisponujících faktorech.

Identifikace patogenu má u bakteriální meningitidy prvořadý význam. V současnosti je patogen bakteriální meningitidy stále založen především na Gramově barvení a bakteriální kultivaci. Kultivace mozkomíšního moku však může být negativní u dětí, které před vyšetřením mozkomíšního moku dostávají antibiotickou léčbu. Kvůli omezením klinického laboratorního testování nelze jednoznačně diagnostikovat více než polovinu případů infekce centrálního nervového systému. Ačkoli se v klinické mikrobiologii používají nekultivační metody včetně multiplexní PCR a latexové aglutinace atd., tyto druhy technologií mohou být zaměřeny pouze na jeden nebo několik specifických patogenů, natož na vzácné patogeny.

V posledních letech umožnil vznik výkonné technologie NGS nezaujaté sekvenování biologických vzorků díky rychlé době obratu. Wilson et al prezentovali případ neuroleptospirózy, který vedl k dramatickému klinickému zlepšení s intravenózním penicilinem po identifikaci leptospirové infekce v CSF nezaujatou technologií NGS. Neobjektivní NGS by teoreticky mohla usnadnit identifikaci všech potenciálních patogenů v jediném testu. Herpes simplex virus1, herpes simplex virus 2 a lidský herpes virus typu 3 byly detekovány pomocí technologie NGS u čtyř případů s klinicky suspektní virovou meningoencefalitidou, v tomto pořadí. A výsledky byly dále ověřeny pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR). Dále Yao et al detekovali Listeria monocytogenes v CSF u tří pacientů s meningoencefalitidou pomocí NGS. Tyto zprávy zdůrazňují proveditelnost aplikace NGS CSF jako diagnostické metody pro infekci centrálního nervového systému (CNS). Většina zpráv se však skládá z jednotlivých kazuistik a bylo hlášeno jen málo studií o aplikaci NGS pro detekci patogenů ze vzorků CSF pacientů s bakteriální meningitidou, zejména v pediatrické populaci. V této studii bychom chtěli využít technologii NGS k detekci přímo ze vzorků mozkomíšního moku u dětí s bakteriální meningitidou a vyhodnotit proveditelnost a význam techniky NGS pro patogenní identifikaci bakteriální meningitidy.