Application de la technique de séquençage de nouvelle génération dans la méningite bactérienne pédiatrique

La méningite bactérienne, également connue sous le nom de méningite purulente, est causée par une variété d'infections bactériennes. Bien que l'incidence chez les nourrissons et les enfants ait diminué depuis l'utilisation de vaccins conjugués ciblant Haemophilus influenzae de type b (Hib), Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) et Neisseria meningitidis (N. meningitides), la méningite bactérienne continue d'être une cause importante de mortalité et de morbidité chez les nouveau-nés et les enfants dans le monde entier. Les agents pathogènes responsables de la méningite bactérienne dépendent de l'âge différent du patient et des facteurs prédisposants.

L'identification du pathogène est d'une importance primordiale pour la méningite bactérienne. À l'heure actuelle, l'agent pathogène de la méningite bactérienne est encore principalement basé sur la coloration de Gram et la culture bactérienne. Cependant, la culture du LCR peut être négative chez les enfants qui reçoivent un traitement antibiotique avant l'examen du LCR. En raison des limites des tests de laboratoire clinique, plus de la moitié des cas d'infection du système nerveux central ne peuvent pas être clairement diagnostiqués. Bien que des méthodes sans culture telles que la PCR multiplex et l'agglutination au latex, etc. aient été utilisées en microbiologie clinique, seuls un ou plusieurs agents pathogènes spécifiques pourraient être ciblés par ce type de technologie, sans parler des agents pathogènes rares.

Ces dernières années, l'émergence d'une puissante technologie NGS a permis un séquençage impartial d'échantillons biologiques en raison de son délai d'exécution rapide. Wilson et al ont présenté un cas de neuroleptospirose, entraînant une amélioration clinique spectaculaire avec la pénicilline intraveineuse après avoir identifié une infection à leptospira dans le LCR par une technologie NGS impartiale. Un NGS impartial pourrait faciliter l'identification de tous les agents pathogènes potentiels dans un seul test théorique. Le virus de l'herpès simplex1, le virus de l'herpès simplex 2 et le virus de l'herpès humain de type 3 ont été détectés à l'aide de la technologie NGS à partir de quatre cas de méningo-encéphalite virale cliniquement suspectés respectivement. Et les résultats ont ensuite été validés à l'aide de la réaction en chaîne par polymérase (PCR). En outre, Yao et al ont détecté Listeria monocytogenes dans le LCR de trois patients atteints de méningo-encéphalite par NGS. Ces rapports mettent en évidence la faisabilité de l'application du NGS du LCR comme méthode de diagnostic de l'infection du système nerveux central (SNC). Cependant, la majorité des rapports sont composés de rapports de cas uniques et peu d'études ont été rapportées dans l'application du NGS pour la détection d'agents pathogènes à partir d'échantillons de LCR de patients atteints de méningite bactérienne, en particulier dans les populations pédiatriques. Dans cette étude, nous aimerions utiliser la technologie NGS pour détecter directement à partir des échantillons de LCR d'enfants atteints de méningite bactérienne et évaluer la faisabilité et l'importance de la technique NGS sur l'identification pathogénique de la méningite bactérienne.