Anvendelse af næste generations sekvenseringsteknik ved pædiatrisk bakteriel meningitis

Bakteriel meningitis, også kendt som purulent meningitis, er forårsaget af en række bakterielle infektioner. Selvom forekomsten hos spædbørn og børn er faldet siden brugen af ​​konjugerede vacciner rettet mod Haemophilus influenzae type b (Hib), Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) og Neisseria meningitides (N. meningitides), er bakteriel meningitis fortsat en vigtig årsag til dødelighed og sygelighed hos nyfødte og børn over hele verden. De forårsagende patogener af bakteriel meningitis afhænger af patientens forskellige alder og disponerende faktorer.

Patogenidentifikation er af afgørende betydning for bakteriel meningitis. På nuværende tidspunkt er patogenet af bakteriel meningitis stadig hovedsageligt baseret på Gram-farvning og bakteriekultur. CSF-dyrkning kan dog være negativ hos børn, der modtager antibiotikabehandling forud for CSF-undersøgelse. På grund af begrænsningerne ved klinisk laboratorietestning kan mere end halvdelen af ​​tilfældene af infektion i centralnervesystemet ikke diagnosticeres klart. Selvom ikke-dyrkningsmetoder, herunder multipleks PCR og latexagglutination osv. er blevet brugt i klinisk mikrobiologi, kunne kun én eller flere specifikke patogener blive målrettet af denne slags teknologi, endsige sjældne patogener.

I de senere år har fremkomsten af ​​kraftfuld NGS-teknologi muliggjort objektiv sekventering af biologiske prøver på grund af dens hurtige ekspeditionstid. Wilson et al præsenterede et tilfælde af neuroleptospirose, hvilket resulterede i en dramatisk klinisk forbedring med intravenøs penicillin efter at have identificeret leptospira-infektion i CSF ved hjælp af upartisk NGS-teknologi. Uvildig NGS kunne teoretisk lette identifikation af alle de potentielle patogener i et enkelt assay. Herpes simplex virus 1, herpes simplex virus 2 og human herpes virus type 3 blev påvist ved hjælp af NGS teknologi fra fire tilfælde med henholdsvis klinisk mistænkt viral meningoencephalitis. Og resultaterne blev yderligere valideret ved hjælp af polymerasekædereaktion (PCR). Ydermere påviste Yao et al Listeria monocytogenes i CSF fra tre patienter med meningoencephalitis af NGS. Disse rapporter fremhæver muligheden for at anvende NGS af CSF som en diagnostisk metode til infektion i centralnervesystemet (CNS). Imidlertid består hovedparten af ​​rapporterne af enkelttilfælderapporter, og få undersøgelser er blevet rapporteret i anvendelsen af ​​NGS til patogendetektion fra CSF-prøver fra bakteriel meningitispatienter, især i pædiatriske populationer. I denne undersøgelse vil vi gerne bruge NGS-teknologien til at detektere direkte fra CSF-prøver af børn med bakteriel meningitis og evaluere gennemførligheden og betydningen af ​​NGS-teknikken på den patogene identifikation af bakteriel meningitis.