Diagnostics de précision dans les maladies inflammatoires de l'intestin, la thérapie cellulaire et la transplantation (l'essai PREDICT) (PREDICT)

Hypothèses:

Hypothèse n ° 1 : Les enquêteurs émettent l'hypothèse qu'ils peuvent définir les mécanismes moléculaires responsables de la maladie inflammatoire de l'intestin (MICI) et de la GVHD aiguë gastro-intestinale (GI) et les différencier des autres troubles inflammatoires en utilisant une analyse immunologique avancée, y compris la cytométrie en flux, le séquençage profond du TCR et la transcriptomique .

Hypothèse n ° 2 : Les enquêteurs émettent en outre l'hypothèse que l'analyse immunologique longitudinale basée sur les systèmes permettra la détermination spécifique au patient de l'évolution moléculaire des MII ainsi que de la GVHD aiguë et chronique ainsi que des défauts post-transplantation de l'immunité protectrice, et déterminer quelles voies, lorsqu'il est perturbé, peut provoquer une maladie clinique. La découverte de ces voies conduira à de meilleures approches diagnostiques, pronostiques et thérapeutiques, ainsi qu'à une prise de décision thérapeutique personnalisée pour les patients subissant une greffe de cellules souches hématopoïétiques (HCT).

Hypothèse #3 : Nous émettons l'hypothèse que nous pouvons définir les mécanismes moléculaires, les caractéristiques immunologiques phénotypiques et fonctionnelles impliquées dans des déterminants distincts des thérapies cellulaires adoptives, notamment l'efficacité, la longévité et la toxicité associées à la thérapie cellulaire. La caractérisation longitudinale des thérapies cellulaires et de la réponse immunitaire endogène qu'elles suscitent à l'aide d'une analyse immunologique avancée, notamment la cytométrie en flux, la spectrométrie de masse, le séquençage profond du TCR et la transcriptomique unicellulaire, permettra l'identification et la distinction des voies critiques pour l'efficacité et la toxicité et permettra une modulation thérapeutique ultérieure.

Hypothèse n°4 : Nous émettons l'hypothèse que les différences dans le microbiote intestinal des patients atteints de MICI et des receveurs de HCT jouent un rôle majeur dans la gravité de la maladie et les résultats cliniques globaux dans les deux maladies (par ex. bactériémie, fièvres inexpliquées, mortalité). La caractérisation longitudinale des communautés microbiennes intestinales par séquençage de nouvelle génération permettra la détection de changements microbiens séquentiels qui coïncident avec les changements cliniques observés. la découverte de changements significatifs dans le microbiome qui sont observés à plusieurs reprises avec un résultat clinique particulier conduira à une meilleure compréhension mécaniste de sa physiopathologie et éclairera les futures approches diagnostiques et préventives.

Hypothèse n° 5 : Nous émettons l'hypothèse que la dérégulation immunitaire associée à un large éventail de troubles modifiera la réponse immunitaire aux vaccins, aggravant la sensibilité aux maladies infectieuses dans ces populations. Plus précisément, les receveurs de HCT et d'organes solides, ainsi que les patients ayant des antécédents actifs ou récents de malignité, ou de maladies auto-immunes peuvent avoir des réponses réduites des cellules T et B à la vaccination contre le SRAS-CoV-2 en raison de l'effet de la physiopathologie de la maladie ou des schémas thérapeutiques sur fonction immunitaire. L'analyse sérologique complète, la cytométrie en flux à paramètres élevés et le séquençage de l'ARN des cellules T et B permettront une analyse longitudinale des titres d'anticorps neutralisants et de l'expansion, du phénotype, de la diversité et de la survie des cellules T et B spécifiques à l'antigène après la vaccination dans ces populations de patients, ainsi que chez des témoins sains apparentés et non apparentés. Ces données fourniront un aperçu mécaniste de la façon dont l'affaiblissement immunitaire dans ces troubles contribue à de mauvaises réponses aux infections. comme le SRAS-CoV-2 est un agent pathogène auquel une grande partie de la population reste naïve, cela représente une opportunité unique d'étudier la réponse immunitaire à un nouveau défi chez les individus immunodéprimés. De plus, ces résultats éclaireront les directives de santé publique sur la façon d'améliorer les mesures visant à protéger les populations vulnérables contre les maladies évitables.

Objectifs :

Objectif spécifique #1 : Identifier les mécanismes spécifiques des MICI et de la GVHD aiguë gastro-intestinale et les distinguer des autres troubles inflammatoires.

Objectif 1 : effectuer une cytométrie en flux, un séquençage profond du TCR et une analyse du transcriptome entier sur des cellules T purifiées à partir d'échantillons de tissus gastro-intestinaux prélevés sur des patients qui subissent une endoscopie pour une GVHD présumée, une maladie inflammatoire de l'intestin (MII) et une maladie gastro-intestinale fonctionnelle (FGID).

Objectif 2 : Effectuer une cytométrie en flux, un séquençage profond du TCR et une analyse du transcriptome sur les cellules T du sang périphérique au moment de l'endoscopie chez les patients diagnostiqués avec GI GVHD, IBD et FGID.

Objectif spécifique #2 : Caractériser la dérégulation immunologique responsable des MII, de la GVHD aiguë, de la GVHD chronique et des défauts de l'immunité protectrice chez les patients subissant une HCT.

Objectif 1 : Effectuer une analyse immunitaire longitudinale sur les lymphocytes T et les lymphocytes B purifiés de patients atteints de MII et de ceux subissant une HCT allogénique. Pour les patients transplantés, nous comparerons l'immunité des cellules T et B chez les patients qui développent une GVHD aiguë et chronique, une rechute et des complications infectieuses post-transplantation et la comparerons aux patients sans ces complications.

Objectif 2 : Effectuer une analyse longitudinale du microbiome chez les patients atteints de MII et ceux qui subissent une HCT pour déterminer l'impact des altérations du microbiome dans le développement de complications post-transplantation.

Objectif spécifique #3 : Identifier les mécanismes immunologiques moléculaires et cellulaires impliqués dans la détermination de la réponse clinique aux thérapies cellulaires et distinguer les voies essentielles à une réponse anti-tumorale réussie de celles impliquées dans les effets indésirables.

Objectif 1 : Caractériser le produit cellulaire avant administration et suivre sa distribution, sa cinétique, sa persistance et sa fonction longitudinalement in vivo dans le sang périphérique du patient et, le cas échéant, la moelle osseuse, le LCR et d'autres tissus, en utilisant la détection de transgène par qPCR (le cas échéant), cytométrie en flux, cytométrie de masse, séquençage profond du TCR et analyse du transcriptome entier sur les cellules T et d'autres cellules immunitaires contenues dans le produit cellulaire.

Objectif 2 : Interroger longitudinalement l'interaction de la thérapie cellulaire avec le système immunitaire endogène et délimiter le rôle de la réponse immunitaire endogène dans l'efficacité, la persistance et la toxicité de la thérapie cellulaire, en utilisant la cytométrie en flux, la cytométrie de masse, le séquençage profond TCR, l'analyse du transcriptome entier sur les cellules immunitaires endogènes et l'analyse des facteurs solubles et des anticorps.

Objectif spécifique #4 : Caractériser la réponse immunitaire adaptative spécifique à l'antigène à la vaccination contre le SRAS-CoV-2 chez les patients présentant un dérèglement immunitaire dû à un cancer, une transplantation ou une maladie auto-immune et identifier les mécanismes sous-jacents à la génération altérée d'une immunité durable.

Objectif 1 : Effectuer une analyse longitudinale complète de l'immunité sérologique avant et après la vaccination, y compris aux vaccins de rappel, chez les patients et les témoins sains, y compris l'évaluation des niveaux d'anticorps spécifiques au SRAS-CoV-2 et des titres d'anticorps neutralisants.

Objectif 2 : Utiliser la cytométrie en flux à paramètres élevés, le séquençage d'ARN unicellulaire (scRNAseq) et l'analyse du répertoire des cellules T et B pour caractériser le développement longitudinal de la mémoire des cellules T et B spécifiques à l'antigène pour le SRAS-CoV-2 après la vaccination et les vaccins de rappel ultérieurs chez les patients et les témoins sains.

Objectif 3 : Évaluer la capacité des sérums et des anticorps clonés des patients à répondre pour lier et neutraliser les variantes virales, par rapport à celle des témoins sains.

Contexte et signification :

MII : la maladie intestinale inflammatoire (MII), qui comprend la maladie de Crohn (MC) et la colite ulcéreuse (CU), est une maladie auto-immune chronique complexe gastro-intestinale (GI) qui touche 1,4 million de personnes aux États-Unis1. L'incidence et la prévalence de la MC et de la CU augmentent au fil du temps et englobent de plus grandes régions du monde1,2. De plus, les MII pédiatriques représentent 25 % de toutes les MII diagnostiquées, reléguant l'enfant à une vie entière de maladie gastro-intestinale et d'exposition à l'immunosuppression, en particulier pendant une période destinée à la croissance et au développement. Malgré les recherches en cours sur la pathogenèse et les anomalies génétiques, le mécanisme derrière le développement et la progression des MII n'est pas bien compris. Les thérapies standard reposent toujours sur les stéroïdes, d'autres immunosuppresseurs non spécifiques (tels que le méthotrexate et l'azathioprine) et les produits biologiques anti-TNF. Bien que de nouvelles thérapies telles que des agents qui bloquent les cytokines et le trafic des leucocytes émergent, aucun traitement universellement efficace n'a été identifié. Ainsi, les formes récurrentes de MII continuent de conduire à une atteinte systémique de la capacité d'absorption nutritionnelle, à l'anémie et souvent à la nécessité d'interventions chirurgicales. Déchiffrer les mécanismes à l'origine des sous-types uniques de MII (même au sein de la CU et de la CD), puis optimiser le traitement en fonction de la dérégulation systémique sous-jacente est un besoin critique non satisfait dans le domaine. Alors que le mécanisme immunitaire sous-jacent des MII reste indéterminé, il existe des données significatives suggérant que les MICI peuvent représenter une réponse immunitaire inappropriée envers les antigènes du soi et le microbiote commensal chez un hôte génétiquement sensible3. Ainsi, les modèles de colite murine suggèrent que l'inflammation des muqueuses résulte de réponses pathologiques des cellules T auxiliaires (Th), ainsi que d'anomalies cellulaires régulatrices. Ces données ont émergé d'expériences chez des souris déficientes en IL-24, des souris déficientes en IL-105, des souris transgéniques négatives à dominante TGF-bêta6 et TGF-bêtaGRII7. La pathogenèse comprend également une exagération des réponses des cellules effectrices, qui ont émergé d'expériences chez des souris transgéniques Stat48 et des souris mutantes TNFARE9. Plus récemment, l'analyse des cytokines humaines suggère que malgré les similitudes cliniques, chaque sous-type de MICI présente des profils de cytokines distincts10. Bien que les premières études aient commencé à cibler des voies spécifiques des lymphocytes T effecteurs11, l'application de la transcriptomique des organes cibles en est à ses balbutiements et les voies ciblables individuelles sont encore insaisissables.

HCT : HCT allogénique est un traitement efficace pour les patients atteints de maladies hématologiques malignes et non malignes. Cependant, ce traitement est compliqué avec des taux élevés de morbidité et de mortalité limitant son application plus large. Les principales causes de morbidité et de mortalité post-transplantation comprennent la GVHD aiguë et chronique, les rechutes et les maladies infectieuses. L'objectif de l'essai PREDICT est d'appliquer une approche systémique pour comprendre les mécanismes à l'origine de ces complications, de sorte que des stratégies de traitement fondées sur des preuves puissent être conçues.

GVHD aiguë : La GVHD aiguë est médiée par l'activation des cellules T allo-réactives dérivées du donneur et entraînant une cytotoxicité contre les cellules hôtes12,13 ainsi que des lésions tissulaires induites par les cytokines. Une GVHD aiguë modérée à sévère peut survenir chez jusqu'à 60 % des patients subissant une HCT et les formes les plus sévères ont été associées à des taux de mortalité > 50 %14-17. Les sites les plus courants de lésions tissulaires à médiation immunitaire sont le foie, la peau et le tractus gastro-intestinal (GI). La GVHD GI survient chez 40 à 50 % des patients HCT et est la principale cause de morbidité et de mortalité due à cette maladie17.

Le diagnostic de GVHD GI est dérivé des résultats cliniques et histopathologiques. La GVHD peut survenir à la fois dans le tractus gastro-intestinal supérieur et inférieur et entraîner des symptômes de diarrhée, de douleurs abdominales, de nausées, de vomissements et/ou d'anorexie12. Les critères de diagnostic histopathologique de la GVHD GI comprennent l'identification de l'apoptose des cellules cryptiques, la destruction des cryptes et/ou la dénudation de la muqueuse18. Malheureusement, la sévérité de la GVHD sur l'histologie est peu corrélée avec l'évolution clinique de la maladie.

Bien que la GVHD gastro-intestinale soit une complication courante après le HCT, il reste de nombreux obstacles à son diagnostic cohérent et précis. Premièrement, le diagnostic dépend d'un prélèvement tissulaire approprié. Les lésions visibles sont souvent absentes19 et les découvertes endoscopiques peuvent être diffuses et non spécifiques. Il n'y a pas non plus de consensus sur l'emplacement optimal du tractus gastro-intestinal pour les biopsies ou le nombre de biopsies nécessaires pour garantir un diagnostic. Il existe également une discordance fréquente entre les échantillons de biopsie du tractus gastro-intestinal supérieur et inférieur20. Deuxièmement, les patients se présentant tôt au cours de la GVHD peuvent présenter des résultats histopathologiques subtils qui peuvent être manqués ou pas encore présents. Au début de la GVHD, peu de cellules apoptotiques peuvent être observées et la perte de cryptes et les dommages aux muqueuses peuvent encore ne pas avoir eu lieu18. Enfin, il existe également des facteurs de confusion qui peuvent conduire à un diagnostic erroné de GVHD, notamment la toxicité liée au régime de conditionnement, les infections concomitantes et les médicaments qui peuvent tous provoquer une inflammation focale du tractus gastro-intestinal. Au cours des 20 premiers jours suivant un régime de conditionnement myéloablatif, une apoptose diffuse peut être observée imitant la GVHD21 aiguë. Les infections à Clostridium difficile et à cytomégalovirus peuvent également avoir des présentations cliniques et histopathologiques similaires22. L'utilisation de mycophénolate mofétil23 et d'inhibiteurs de la pompe à protons24 a également été associée à l'apoptose du tractus gastro-intestinal qui peut être diagnostiquée à tort comme une GVHD. Tous ces facteurs conduisent au degré élevé de variabilité inter-observateur dans le diagnostic histologique de la GVHD18,25 et à une faible corrélation avec les observations cliniques, illustrant la nécessité de méthodes de diagnostic plus sensibles et spécifiques.

Il y a eu des progrès récents dans l'identification de biomarqueurs de la GVHD qui ont une signification diagnostique et pronostique. IL-8, récepteur alpha de l'IL-2, récepteur 1 du facteur de nécrose tumorale (TNF-1), facteur de croissance des hépatocytes (HGF), élafine, 3-alpha dérivé des îlots régénérants (reg-3alpha), TIM3, IL-6 , ST2, facteur d'activation des cellules B (BAFF), IL-33, CXCL10 et CXCL11 se sont tous avérés utiles pour prédire le développement de GVHD26-28. Bien que ces biomarqueurs aient été identifiés, ils n'ont pas été largement validés et doivent encore être cliniquement adoptés comme guide pour modifier le traitement. De plus, les biomarqueurs découverts jusqu'à présent sont souvent le résultat de perturbations des voies en aval et la découverte de la dérégulation en amont qui se produit plus tôt au cours de la maladie peut être utile pour développer des modèles diagnostiques ou pronostiques qui pourraient conduire à des essais visant à modifier le cours naturel de la maladie. la maladie.

Notre groupe a déjà montré qu'en utilisant une analyse immunologique avancée, y compris la cytométrie en flux et l'analyse du transcriptome entier, nous pouvons identifier des voies moléculaires jusque-là non reconnues actives dans la GVHD29-31. Nous prévoyons qu'en utilisant une approche d'immunologie systémique chez les patients atteints de GVHD aiguë, nous serons en mesure d'identifier les voies qui ont une valeur diagnostique et pronostique. Cela peut améliorer notre capacité de diagnostic et, surtout, nous permettre d'individualiser la prise en charge des patients en fonction de leurs profils immunologiques spécifiques.

GVHD chronique : la CGVHD survient chez 40 à 60 % des patients transplantés32-35, l'incidence de cette maladie ayant augmenté au cours des 2 dernières décennies36. La GVHD chronique entraîne une mortalité importante et, chez les patients qui survivent, elle peut entraîner des effets profonds sur la qualité de vie37. -40. Malgré la fréquence accrue de la GVHD chronique, un diagnostic précis et un traitement fondé sur des preuves font encore défaut. Ainsi, bien que des biomarqueurs de la GVHD chronique aient été identifiés, il n'y en a encore aucun qui se qualifie pour une application clinique41. De plus, ces biomarqueurs représentent souvent des perturbations des voies en phase terminale et peuvent résulter d'une inflammation non spécifique et de lésions tissulaires ainsi que de mécanismes de contre-régulation. En plus des défis posés par le diagnostic, il existe également d'importants défis thérapeutiques : ainsi, le traitement de la GVHD chronique n'a pas changé de manière significative au cours des dernières décennies. Le traitement de première ligne reste les corticostéroïdes avec ou sans inhibiteurs de la calcineurine (ICN)42-44 et malheureusement, environ 50 % des patients échoueront et nécessiteront un traitement de deuxième ligne45,46 avec une survie sans échec à 2 ans après le traitement de deuxième ligne n'étant que de 25 % 47. Ces données soulignent les importants besoins non satisfaits dans ce domaine, tant pour les diagnostics moléculaires que pour les paradigmes de traitement fondés sur des preuves.

Immunité protectrice : En plus des défis de la GVHD aiguë et chronique, les patients subissant une HCT et ceux atteints de MII sont également confrontés à d'autres toxicités, dont beaucoup sont liées à une reconstitution immunitaire dysfonctionnelle après la greffe. Cependant, bien que la phénoménologie des nombreux défauts de l'immunité protectrice (à la fois contre les agents pathogènes infectieux et contre les rechutes de leucémie) soit bien documentée, les mécanismes moléculaires responsables restent inconnus. Pour répondre à ces questions, notre groupe et d'autres ont commencé à effectuer des évaluations détaillées de la reconstitution immunologique après HCT, y compris l'application de nouvelles technologies de séquençage en profondeur des récepteurs de cellules T (TCR) et des récepteurs de cellules B (BCR)30,48-54. Ces technologies permettent d'étudier l'étendue et la profondeur de la reconstitution immunitaire post-transplantation à un niveau de détail moléculaire qui n'était pas possible auparavant et promettent d'approfondir notre compréhension de l'impact des agents pathogènes infectieux sur la santé immunitaire mondiale et la reconstitution immunitaire. L'application généralisée de ces technologies et leur intersection avec une évaluation détaillée du phénotype et de la fonction immunitaires peuvent fournir de nouvelles informations sur l'état de la santé immunitaire des patients transplantés et promettent d'identifier les patients nécessitant de nouvelles interventions pour améliorer leur post-transplantation. reconstitution immunitaire.

L'objectif de l'essai PREDICT est d'appliquer une approche de biologie systémique pour permettre des diagnostics de précision pour les principaux résultats immunologiques post-transplantation. Cette approche approfondira notre compréhension des mécanismes moléculaires à l'origine des complications post-transplantation les plus mortelles et servira de plate-forme essentielle sur laquelle concevoir des paradigmes de traitement fondés sur des preuves pour les patients transplantés.

Thérapie cellulaire : De nouvelles thérapies cellulaires adoptives entrent de plus en plus dans les essais cliniques et sont disponibles en tant que produits biologiques approuvés par la FDA, offrant ainsi une option thérapeutique pour les patients auparavant réfractaires. Ce domaine vaste et passionnant comprend les lymphocytes T récepteurs d'antigènes chimériques (CAR) dirigés contre une variété d'antigènes55, les lymphocytes T génétiquement modifiés pour exprimer les TCR56,57, les cellules NK stimulées par les cytokines58, ainsi que les approches vaccinales contre les tumeurs endogènes et irradiées. des échantillons59 ou des cellules immunitaires pulsées avec un antigène tumoral.60 Les lymphocytes T chimériques récepteurs d'antigènes ont entraîné des réponses spectaculaires, en particulier chez les patients atteints de tumeurs malignes à cellules B CD19+61-64, ce qui a conduit à l'approbation par la FDA de plusieurs produits. Alors que des rémissions cliniques sans précédent peuvent être obtenues initialement, l'approche est souvent limitée par la durabilité de la réponse et la persistance des cellules CAR T avec une SSE de 50 % à 12 mois après la perfusion61, les mécanismes d'échappement tumoral65 et une toxicité importante impliquant le syndrome de libération de cytokines, la toxicité neurologique66 . Dans le contexte de la thérapie cellulaire CAR T, les facteurs clés d'une application réussie ont été identifiés et comprennent l'incorporation d'un mécanisme de signalisation costimulatoire67,68, l'association de l'expansion in vivo des cellules CAR T avec la réponse69 et la contribution des sous-groupes phénotypiques de cellules T avec la capacité de proliférer et persistent à long terme70. De plus, des informations importantes sur les rôles de l'IL-6 et de l'IL-1 dans le syndrome de libération de cytokines et la neurotoxicité71,72 et la contribution d'un infiltrat de cellules pan-T et de niveaux élevés de cytokines dans le SNC en tant que médiateurs de la neurotoxicité 73, ont été acquises par notre groupe et d'autres. Cependant, il existe un besoin important non satisfait d'appliquer une approche systématique interrogeant les déterminants d'une réponse réussie, la toxicité, l'interaction avec le système immunitaire endogène et les effets à court et à long terme des interventions visant à réduire la toxicité telles que l'administration de l'IL6R- antagoniste Tocilizumab ou blocage de l'IL-174.

Dans cette étude, nous visons à interroger systématiquement les caractéristiques des produits de thérapie cellulaire, leur évolution après administration in vivo et leur comportement dans différents compartiments tels que le sang périphérique, la moelle osseuse, le SNC et le cas échéant les tissus et leur interaction avec le système immunitaire endogène. La transcriptomique unicellulaire, couplée au séquençage TCR (le cas échéant au séquençage BCR) et à la caractérisation phénotypique des cellules immunitaires transférées et endogènes ainsi qu'à l'analyse des facteurs immunitaires sécrétés tels que les cytokines, les chimiokines et les anticorps dans le plasma seront utilisées et corrélées avec les réponses cliniques . Cette approche de diagnostic de précision systématique et impartiale permettra d'identifier les voies critiques qui sont communes ou distinctes selon la nature de l'approche thérapeutique cellulaire, les entités cibles et pathologiques et associées ou séparables des toxicités indésirables. Cela éclairera de manière critique la conception rationnelle future de la thérapeutique cellulaire et éclairera les interventions thérapeutiques possibles après l'administration de la thérapie cellulaire.

Réponses aux vaccins : un thème commun chez les receveurs de cellules souches et d'organes solides, les patients atteints d'une tumeur maligne actuelle ou antérieure et les patients atteints d'une maladie auto-immune ou rhumatologique, y compris les MICI, est une régulation immunitaire altérée, qui est souvent aggravée par l'effet des traitements immunomodulateurs , y compris la radiothérapie, la chimiothérapie et l'immunosuppression à long terme. 15 % des receveurs d'une greffe d'organe solide sont hospitalisés pour une maladie évitable par la vaccination au cours des cinq premières années suivant la greffe malgré les mesures visant à immuniser ces patients (Feldman et al., 2019), ce qui est cohérent avec les études montrant des réponses altérées aux vaccins dans ces patients (Madan et al., 2008 ; Mazzone et al., 2004). Les receveurs de HCT répondent à des degrés variables à la vaccination, mais ne présentent pas la même ampleur de réponse que chez les témoins sains, et peuvent avoir des réponses encore plus modifiées s'ils ont également la GVHD (Avetisyan et al., 2008 ; Shalabi et al., 2019). Il a également été démontré que les patients atteints de maladies rhumatologiques ou auto-immunes présentent des réponses altérées à des vaccins particuliers, en particulier s'ils reçoivent des agents immunomodulateurs tels que le blocage du TNFalpha (Dell' Era et al., 2011). Des études sur des survivants de cancers infantiles suggèrent que l'affaiblissement immunitaire peut persister au-delà de la résolution de la maladie ; les survivants de leucémie pédiatrique qui ne reçoivent pas de HCT ont une immunité humorale et adaptative altérée à la fin du traitement (Perkins et al., 2017; Top et al., 2020), et certains patients ne répondent pas, et d'autres peuvent avoir une immunité décroissante (Nilsson et al. ., 2002 ; Top et al., 2020) malgré les tentatives de revaccination. Alors que les efforts de vaccination contre le SRAS-CoV-2 se généralisent, un aperçu de la réponse vaccinale chez les patients immunodéprimés sera essentiel pour éclairer des stratégies plus efficaces pour protéger cette population contre le COVID-19 sévère, qui peut être extrapolé à d'autres agents pathogènes évitables par la vaccination.

Dans cette étude, nous proposons d'utiliser une approche systématique pour profiler longitudinalement les réponses des cellules T et B humorales et spécifiques à l'antigène après la vaccination contre le SRAS-CoV-2 chez des patients atteints d'un large éventail de maladies immunomodificatrices. Des échantillons de sang des patients seront prélevés avant et à intervalles réguliers après la vaccination. Nous évaluerons la durabilité et l'ampleur des réponses anticorps à long terme à l'aide d'ELISA spécifiques à l'isotype et de dosages d'anticorps neutralisants. La cytométrie en flux à haut paramètre et le scRNAseq permettront le phénotypage à haute résolution des cellules mémoires des cellules T et B spécifiques à l'antigène, ainsi que l'analyse du répertoire, ce qui peut avoir un impact sur la probabilité d'évasion immunitaire chez les patients vaccinés. Enfin, cette étude nous permettra de déterminer si les anticorps clonés ou le sérum de patients présentant un dérèglement immunitaire sont moins capables de neutraliser les variants viraux, ce qui permettra de déterminer si une diversité clonale réduite chez les patients peut entraîner une protection moindre contre les variants viraux.