Détection de l'ADN plasmatique d'origine rénale chez les patients transplantés rénaux (DART-REIN)

Au niveau diagnostique, la surveillance systématique de la fonctionnalité du greffon après une transplantation rénale repose sur l'utilisation de marqueurs non spécifiques, tels que la créatinine sérique (permettant d'estimer le débit de filtration glomérulaire ou DFG) et la protéinurie. Le diagnostic définitif du dysfonctionnement de l'allogreffe rénale nécessite toujours une biopsie invasive de l'allogreffe, qui reste la référence en matière d'évaluation de l'état du greffon. Le diagnostic histopathologique du dysfonctionnement du greffon rénal repose sur la classification de Banff et permet d'examiner l'infiltrat immunitaire et les lésions cellulaires du greffon pour poser un diagnostic précis. La biopsie rénale présente cependant certaines limites : 1/ Elle est invasive pour le patient, avec des complications associées, principalement hémorragiques dans 1 à 3,5 % des cas ; 2/ Son efficacité pour prédire un rejet précoce (3 mois) post-greffe reste controversée. Un manque de bénéfice pour le patient a été prouvé par plusieurs études sur la biopsie de dépistage ; 3/ L'analyse histologique est sujette à des variations intra- et inter-observateurs ; et 4/ c'est un examen coûteux en raison du temps médical nécessaire pour réaliser et interpréter la biopsie.

Le « donneur d'ADN sans cellules (dd-cfDNA) » a été proposé comme outil de diagnostic au service du greffon. Des analyses basées sur des signatures moléculaires sur l'ADN circulant du donneur (Single Polymorphism Nucleotide (SNP)) ont permis de discriminer l'ADN acellulaire circulant du rein transplanté (du donneur) de l'ADN acellulaire circulant spécifique de le destinataire. Les données de plusieurs études suggèrent que les taux sanguins dd-cfDNA peuvent détecter le rejet des allogreffes de cœur, de poumon, de foie et de rein. D’abord étudiés par les technologies multiplex qPCR puis NGS, les SNP présents sur le dd-cfDNA ont ensuite été quantifiés par des techniques de PCR numérique.

Dans cette étude, les chercheurs ont proposé une approche différente pour prédire et caractériser le rejet/dysfonctionnement d’une greffe de rein, basée sur la quantification des signatures épigénétiques présentes sur l’ADN acellulaire du donneur. En 2018, Moss et coll. développe un modèle de déconvolution capable d'identifier l'origine tissulaire de l'ADN circulant en tirant parti de ses propriétés épigénétiques. L’étude a confirmé que l’ADN acellulaire circulant chez les sujets sains provient principalement des cellules sanguines et des cellules endothéliales, mais pas des cellules rénales. En 2023, Loyfer et al. a proposé un atlas de méthylation de plus de 200 types de cellules et a suggéré que chaque cellule possède sa propre signature épigénétique qui peut être étudiée dans l'ADN acellulaire.

Dans cette étude, les chercheurs étudient l’évolution de la quantité d’ADN acellulaire spécifique aux reins chez des patients atteints d’insuffisance rénale chronique avant et après la chirurgie de transplantation en testant un ensemble de marqueurs épigénétiques spécifiques aux reins. Le but de cette étude est d'identifier le bruit biologique du « rein natif » sur l'ADN acellulaire spécifique du rein et de le comparer avec le signal provenant du « rein transplanté ». Les chercheurs émettent l'hypothèse que le bruit biologique du « rein natif » dans les maladies rénales chroniques est négligeable par rapport à celui du greffon post-transplantation.

Pour étudier cette hypothèse, les enquêteurs prélèvent des échantillons de sang avant et après une greffe pour quantifier les marqueurs d'ADN acellulaire spécifiques aux reins. Ils ont également proposé de quantifier les marqueurs d'ADN acellulaire du liquide de perfusion du greffon pour valider la spécificité des marqueurs rénaux et d'étudier les dommages causés aux tissus du greffon pendant le transport des organes. Chaque échantillon d'ADN sans cellules rénales est quantifié par une technologie exclusive utilisant un test PCR numérique multiplex.